چاپ صفحه |  صفحه نخست سامانه |  مجری و همکاران |  اطلاعات تفضیلی |  دانلود | علوم پزشکی زاهدان |
| کد طرح | 5467 |
| عنوان فارسی طرح | بررسی پلی مورفیسم CCL5 در موقعیت 28G/C- و 403A/G- و حذف 32 جفت باز در ژن CCR5 در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان |
| عنوان لاتین طرح | Survey of CCL5 polymorphism in situation -28G/C & -403A/Gand delition of 32 pairs of baz in CCR5 gene in patient with pulmonary Tuberculosis and healthy control in Zahedan |
| نوع طرح | |
| محل اجرای طرح | مرکز تحقیقات بیماریهای عفونی و گرمسیری |
| رسته مطالعاتی | بنیادی- کاربردی |
| دانشکده/مرکز | مرکز تحقیقات بیماریهای عفونی و گرمسیری |
| زمان اجرا -روز |
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح | نوع همکاری | درجهتحصیلی | پست الکترونیک |
|---|---|---|---|---|
| مانا بازی برون | همکار | اجراء طرح | متخصص | manabaziboron@gmail.com |
| حمیدرضا کوهپایه | مجری اول | استاد راهنما | دکترای تخصصی | hkouhpayeh@yahoo.com |
| محسن طاهری | مجری دوم | استاد مشاور | دکترای تخصصی | taheri@zaums.ac.ir |
| محمد هاشمی | مشاور | مشاوره ایمونوهیستوشیمی نمونه ها | دکترا - PHD | mhd.hashemi@gmail.com |
| عنوان | متن |
|---|---|
| خلاصه طرح به فارسی | بررسی پلی مورفیسم CCL5 در موقعیت 28G/C- و 403A/G- و حذف 32 جفت باز در ژن CCR5 در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان |
| خلاصه طرح به لاتین | Survey of CCL5 polymorphism in situation -28G/C & -403A/Gand delition of 32 pairs of baz in CCR5 gene in patient with pulmonary Tuberculosis and healthy control in Zahedan |
| بيان مسئله تحقيق/اهمیت پژوهش | در حدود یک سوم انسانها در معرض عفونت مایکوباکتریوم توبرکلوزیس قرار دارند (1 ) و سالانه در دنیا حدود 3/1 میلیون نفر در اثر این بیماری فوت می کنند (2). مدت درمان طولانی، مقاومت دارویی، عدم وجود یک واکسن بسیار موثر و درک ناقص از عوامل پیشرفت دهنده بیماری یا کنترل کننده عفونت، از موانع موجود در کنترل این بیماری می باشد. اگرچه تنها 10 درصد از افراد آلوده به مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به فرم فعال بیماری دچار می شوند، پاسخ های ایمنی مرتبط با حساسیت یا مقاومت در برابر توبرکلوزیس در دسترس نیست. علاوه بر این مشخص نیست که چرا بعضی افراد به سل ریوی یا سل منتشر مبتلا می شوند (3) استعداد ابتلا به توبرکلوزیس مولتی فاکتوریال بوده و فرم فعال بیماری نتیجه برهم کنش بین میزبان و پاتوژن و تحت تاثیر فاکتورهای محیطی و ژنتیکی قرار دارد که در این میان ژن های متعددی از میزبان در این فرایند دخیل می باشند (6-4) مطالعات دوقلویی (twin studies) نشان دادند که عوامل ژنتیکی میزبان در تعیین حساسیت به عفونت با مایکوباکتریوم توبرکولوزیس و پیشرفت بالینی بیماری نقش دارند (7). هنگامی که باسیل سل وارد ریه می شود سیستم ایمنی با تشکیل ساختاری بنام گرانولوما سبب مهار باسیل می گردد این ساختار شامل ماکروفاژ، لنفوسیت B و T و سلولهای دندریتیک می باشد (8) مهاجرت زودرس ماکروفاژ یا منوسیت فعال شده و سایر سلولهای ایمنی به محل تشکیل گرانولوما توسط مولکول های چسبندگی مانند سایتوکین های کموتاکسیک صورت می گیرد (9). در میان سیتوکین های مختلف سیتوکین CC (CC chemokine ligand 5: CCL5) نقش مهمی در پاسخ سیستم ایمنی بر علیه مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بوسیله فراخوانی مونونوکلئرها به محل عفونت ایفا می کند (9). مقدار CCL5 تحت تاثیر پلی مورفیسم ژن کد کننده آن قرار دارد. این ژن بر روی کروموزوم 17 قرار گرفته است و شامل 8883 جفت باز (bp) می باشد که از نوکلئوتید 5001 تا 13883 را شامل می شود (2) و نشان داده شده است که پلی مورفیسم G/A 403- و C/G 28- در ناحیه پروموتور ژن CCL5 با برخی از بیماری های عفونی از قبیل ایدز، هپاتیت و توبرکلوزیس مرتبط می باشد (1،10،11). CCL5 یکی از لیگاندهای CCR5 (chemokine receptor 5) می باشد که شامل 6065 جفت باز بوده که از نوکلئوتید 5001 تا 11065 بر روی کروموزوم 3 قرار دارد (12) که خود CCR5 در مهاجرت و فعال سازی سلولهای ایمنی نقش دارد (13،14). در مطالعه ای که توسط Chu و همکاران با عنوان ارتباط بین پلی مورفیسم عملکردی RANTES و سل در افراد چینی در هنگ هنگ انجام شده بود ارتباط بین پلی مورفیسم ژنتیکی سه سیتوکین بنام های MCP1، RANTESو MIP-1a با سل ریوی بررسی شد که تمامی 5 پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی A/G2518- مربوط به MCP1، G/A403- و C/G 28- و T/C ناحیه اینترون مربوط به RANTES و C/T 459+ مربوط به MIP-1a بین گروه کنترل و بیماران سل ریوی اختلاف معنی داری نداشت ولی توزیع هاپلوتیپ و دیپلوئید های RANTES بین گروه کنترل و بیمار اختلاف معنی داری داشت (1) و یا در مطالعه ای که توسط Selvaraj و همکاران با عنوان پلی مورفیسم CCL5 در بیماران مبتلا به توبرکلوزیس در جنوب هند انجام شده بود پلی مورفیسم در ناحیه پروموتور و ناحیه اینترون ژن CCL5 در 112 فرد مبتلا به سل ریوی و 213 کنترل سالم مورد بررسی قرار گرفت. فراوانی ژنوتیپ و آلل مربوط به پلی مورفیسم ژن CCL5 بین گروه بیمار و شاهد اختلاف نداشت (2). همچنین در مطالعه ای که توسط Sanchez-Castanon و همکاران با عنوان پلی مورفیسم در ناحیه پروموتور ژن CCL5 و ارتباط آن با سل ریوی در شمال اسپانیا انجام شده بود 76 بیمار با سل ریوی و 127 کنترل سالم از نظر پلی مورفیسم G/C 28- و G/A 403- مربوط به ناحیه پروموتور ژن CCL5 مورد بررسی قرار گرفتند که فراوانی پلی مورفیسم تک نوکلوتیدی بین گروه بیماران و کنترل اختلاف معنی داری داشت (16) در مطالعه ای که توسط Santucci و همکاران انجام شده بود بیان CCR5 در بیماران مبتلا به سل ریوی فعال بطور معنی داری بالاتر از بیماران غیر مسلول با درگیری ریوی و نیز کنترل سالم بود (17) و یا در مطالعه ای که توسط Mamtani و همکاران بر روی 114 بیمار مبتلا به سل و 184 کنترل سالم در جنوب آمریکا انجام شده بود در آنالیز آماری رگرسیون هاپلوتیپ CCR5 از فاکتورهای موثر در ابتلا به سل گزارش شده بود (18). با توجه به اهمیت بیماری سل و شیوع قابل ملاحظه آن در منطقه و لزوم تشخیص و درمان به موقع به خصوص در افراد مبتلا به عفونت، و به این دلیل که تاکنون در تعدادی کمی از مطالعات ارتباط مابین پلی مورفیسم در بیماران سل مورد بررسی قرار گرفته است، جهت بررسی وجود ارتباط بین بروز انواع شدید بیماری سل ریوی در افراد مبتلا به این عفونت با پلی مورفیسم ژن CCL5,CCR5، هدف از انجام این مطالعه مقایسه بررسی فراوانی پلی مورفیسم های ژن CCL5,CCR5در بیماران مبتلا به سل و گروه شاهد در شهرستان زاهدان می باشد، تا بتوان با استفاده از نتایج این مطالعه برنامه ریزی های لازم برای اقدامات تشخیصی و درمانی مناسب خصوصا در افراد مستعد موارد شدید بیماری سل اجرا نمود. |
| سوالات و / یا فرضیات پژوهش | 1. توزیع فراوانی ژنوتیپ ژن CCL5 در سل ریوی و گروه کنترل متفاوت است. توزیع فراوانی حذف CCR5 در سل ریوی و گروه کنترل متفاوت است. |
| هدف کلی طرح | بررسی پلی مورفیسم CCL5 در سل ریوی در مقایسه با گروه کنترل بررسی حذف CCR5 در سل ریوی در مقایسه با گروه کنترل |
| اهداف اختصاصی | تعیین توزیع فراوانی ژنوتیپ CCL5 در افراد مبتلا به سل ریوی تعیین توزیع فراوانی ژنوتیپ CCL5 در افراد سالم مقایسه فراوانی پلی مرفیسمهای CCL5 در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم تعیین توزیع فراوانی ژنوتیپ CCL5 در افراد مبتلا به سل ریوی تعیین توزیع فراوانی ژنوتیپ CCL5 در افراد سالم مقایسه فراوانی پلی مرفیسمهای CCL5 در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم تعیین توزیع فراوانی حذف CCR5 در افراد مبتلا به سل ریوی تعیین توزیع فراوانی حذف CCR5 در افراد سالم مقایسه فراوانی حذف CCR5 در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم |
| سازمانها، مراکز و موسسات و سایر بهره برداران بالقوه دستاوردهای طرح | دانشگاه علوم پزشگی زاهدان |
| تعریف واژه های تخصصی | SNP:Single nucleotide polymorphism Delition :حذف یک یا چند نوکلئوتید |
| نوع مطالعه | : مورد - شاهدی |
| جامعه مورد مطالعه(معرفی مشارکت کنندگان)/ محیط پژوهش(معیارهای ورود و خروج ذکر شوند) | کلیه بیماران مبتلا به سل که در سال 1390 جهت ارزیابی و درمان به بیمارستان بوعلی زاهدان مراجعه می کنند معیارورودبه مطالعه:بیماران بالغ (بالای 18 سال) مبتلا به سل ریوی بستری شده در بیمارستان بوعلی زاهدان خواهد بود و سایر معیارهای ورود شامل عدم وجود هر گونه عفونت سیستمیک یا موضعی (با یا بدون درگیری ریوی)، عدم وجود هر گونه بیماری غیر عفونی سیستمیک حاد یا مزمن (با یا بدون درگیری ریوی) و عدم وجود هر گونه نئوپلاسم تشخیص داده شده (با یا بدون درگیری ریوی) بدلیل همراهی ژن های مورد بررسی با هپاتیت، ایدز و دیابت، بیماران مبتلا به هپاتیت، ایدز و دیابت و همچنین نژاد غیر ایرانی و مصرف کننده کورتیکواستروئیداز مطالعه خارج خواهند شد معیار ورود در گروه شاهد نیز سن بالای 18 سال و عدم وجود هر گونه عفونت سیستمیک یا موضعی (با یا بدون درگیری ریوی)، عدم وجود هر گونه بیماری غیر عفونی سیستمیک حاد یا مزمن (با یا بدون درگیری ریوی) و عدم وجود هر گونه نئوپلاسم تشخیص داده شده (با یا بدون درگیری ریوی) خواهد بود |
| حجم نمونه و روش محاسبه آن | تعداد نمونه با در نظر گرفتن 05/0=a و 1/0=B و 57%=p1 و 74%=p2 (احتمال 57% و 74% ژنوتیپ GG مربوط به پلی مورفیسم G/A 403- در گروه بیمار و کنترل بر اساس مطالعه Sanchez-Castanon در سال 2009 ) و با استفاده از فرمول زیر 160 نفر در هر گروه و 320 نفر در کل خواهد بود |
| روش نمونه گیری(نحوه تخصیص تصادفی و همسانسازی در صورت لزوم ذکر شود) | انتخاب بیماران مبتنی بر هدف بصورت آسان و انتخاب گروه شاهد بصورت تصادفی از بین نمونه هایDNA جمعیت زاهدان که در طرح بررسی شیوع سندرم متابولیک در زاهدان جمع آوری شده انتخاب خواهند شد. |
| روش و ابزار جمع آوري داده ها / صحت و استحکام داده ها (پرسشنامه یا فرم اطلاعاتی ضمیمه شود) | انجام آزمایش و ثبت اطلاعات دموگرافیک، کلینیکی و آزمایشگاهی در چک لیست |
| روش اجرای طرح(با جزئیات بطور کامل شرح داده شود) | این مطالعه بر روی بیماران مبتلا به سل ریوی که بر اساس علائم بالینی رادیولوژیک و کشت توسط متخصص عفونی تشخیص سل ریوی در آنها مسجل شده بود انجام خواهد شد. در گروه بیماران سل ریوی در ابتدا از کلیه بیماران مشکوک به سل ریوی (دارای علایم: سرفه همراه با خلط و کاهش وزن، هموپتزی، درد قفسه سینه، بی اشتهایی، خستگی و تعریق شبانه) اسمیر مستقیم خلط و کشت باسیل مایکوباکتریوم توبرکلوزیس (به عنوان روش استاندارد تشخیصی) انجام خواهد شد و با توجه به زمان بر بودن آماده شدن نتایج کشت، در بیمارانی که حداقل دو نمونه اسمیر خلط مثبت داشته باشند نمونه گیری خون انجام شده و بررسی پلی مورفیسم و حذف تنها در بیمارانی انجام خواهد شد که کشت مثبت هم داشته باشند. گروه شاهد نمونه های DNAجمعیت زاهدان در طرح بررسی شیوع متابولیک خواهد بود و دو گروه از نظر جنس همسان سازی خواهند شد. بعد از کسب رضایت از تمامی افراد مورد بررسی 3 میلی لیتر خون وریدی در لوله های حاوی ماده ضد انعقاد EDTA جمع آوری خواهد شد و در دمای 20- درجه سانتی گراد نگهداری خواهد شد. DNA توسط روش Salting out استخراج خواهد شد. DNA استخراج شده با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ARMS و روش PCR تکثیر خواهد شد محصول واکنش در ژل آگاروز 2 درصد با اتیدیوم بروماید رنگ امیزی گردیده بارگذاری خواهد شد و آلل و ژنوتیپ در دو گروه مشخص خواهد شد. |
| روش تجزیه، تحليل و توصیف دادهها (نمونهاي از جدول توخالي ضميمه شود و روش هاي آماري مورد استفاده به طور كامل توضيح داده شود)(کیفی و کمی) | اطلاعات توسط نرم افزار آماری SPSS تجزیه و تحلیل خواهد شد. برای مقایسه آلل و ژنوتیپ در دو گروه از آزمون Fisher's exact و برای مقایسه پارامترهای دموگرافیک کیفی مثل جنس در دو گروه نیز از آزمون Fisher's exact و برای مقایسه پارامترهای دموگرافیک کمی مثل سن در دو گروه از آزمون t-test استفاده خواهد شد و p کمتر از 05/0 بعنوان سطح معنی داری در نظر گرفته خواهد شد. همچنین Odds Ratio با محدوده اطمینان 95 درصد (CI 95%) نیز برای افراد دارای اختلال ژنی برای ابتلا به سل ریوی محاسبه خواهد شد. جدول فراوانی آلل و ژنوتیپ پلی مورفیسم CCL5 و دلیشن CCR5 در بیماران مبتلا به سل ریوی و گروه کنترل متغیر آلل/ژنوتیپ بیماران فراوانی (%) شاهد فراوانی (%) سطح معنی داری پلی مورفیسم CCL5 آلل ژنوتیپ دلیشن CCR5 آلل ژنوتیپ |
| ملاحظات اخلاقی | تمامی افراد مورد بررسی با رضایت آگاهانه در مطالعه شرکت خواهند کرد. اطلاعات بیماران در تمام طول مدت طرح و پس از آن بصورت محرمانه حفظ خواهد شد. تعهد میشود نام و مشخصات بیماران در هیچ گزارشی قید نشود و انجام آزمایشات هیچگونه هزینهای برای بیمار نخواهد داشت. نتایج آزمایشات به اطلاع بیمار رسانده خواهد شد. به عبارت دیگر کدهای 1، 3، 5، 7، 11، و 17 در این مطالعه رعایت خواهد شد |
| محدودیتهای اجرائی طرح و پیش بینی جهت حل آنها | محدودیت اجرایی خاصی وجود نخواهد داشت |
| کلمات کلیدی | سل ریوی (Pulmonary Tuberculosis)، استعداد ژنتیکی (Genetic Susceptibility)، پلی مورفیسم (Polymorphism)، CCL5، CCR5 |
| فهرست منابع و مراجع | 1- Chu SF, Tam CM, Wong HS, Kam KM, Lau YL, Chiang AK. Association between RANTES functional polymorphisms and tuberculosis in Hong Kong Chinese. Genes Immun 2007;8(6):475-9. 2- Selvaraj P, Alagarasu K, Singh B, Afsal K. CCL5 (RANTES) gene polymorphisms in pulmonary tuberculosis patients of south India. Int J Immunogenet 2011; 38(5):397-402. 3- Berrington WR, Hawn TR. Mycobacterium tuberculosis, macrophages, and the innate immune response: does common variation matter? Immunol Rev. 2007; 219:167-86. 4- Tso HW, Lau YL, Tam CM, Wong HS, Chiang AK. Associations between IL12B polymorphisms and tuberculosis in the Hong Kong Chinese population. J Infect Dis 2004; 190(5): 913–919. 5- Tso HW, Ip WK, Chong WP, Tam CM, Chiang AK, Lau YL. Association of interferon gamma and interleukin 10 genes with tuberculosis in Hong Kong Chinese. Genes Immun 2005; 6(4):358–363. 6- Jamieson SE, Miller EN, Black GF, Peacock CS, Cordell HJ, Howson JM et al. Evidence for a cluster of genes on chromosome 17q11–q21 controlling susceptibility to tuberculosis and leprosy in Brazilians. Genes Immun 2004; 5(1): 46–57. 7- Bellamy R, Ruwende C, Corrah T, McAdam KP, Whittle HC, Hill AV. Variations in the NRAMP1 gene and susceptibility to tuberculosis in West Africans. N Engl J Med 1998; 338(10):640-4. 8- Uehira K, Amakawa R, Ito T, Tajima K, Naitoh S, Ozaki Y, et al. Dendritic cells are decreased in blood and accumulated in granuloma in tuberculosis. Clin Immunol 2002; 105(3):296-303. 9- Mendez-Samperio P. Expression and regulation of chemokines in mycobacterial infection. J infec 2008; 57(5):374-84. 10- Ahlenstiel G, Iwan A, Nattermann J, Bueren K, Rockstroh JK, Brackmann HH, et al. Distribution and effects of polymorphic RANTES gene alleles in HIV/HCV coinfection – a prospective cross-sectional study. World J Gastroenterol 2005; 11(48):7631-8. 11- An P, Nelson GW, Wang L, Donfield S, Goedert JJ, Phair J, et al. Modulating influence on HIV/AIDS by interacting RANTES gene variants. Proc Natl Acad Sci USA 2002; 99(15):10002-7. 12- Mamtani M, Mummidi S, Ramsuran V, Pham MH, Maldonado R, Begum K, et al. Influence of variations in CCL3L1 and CCR5 on tuberculosis in a northwestern Colombian population. J Infect Dis 2011; 203(11):1590-4. 13- Roach DR, Bean AGD, Dermangel C, France MP, Briscoe H, Britton WJ. TNF regulates chemokine induction essential for cell recruitment, granuloma formation and clearance of mycobacterial infection. J Immunol 2002;168(9):4620–7. 14- Saunders BM, Cooper AM. Restraining mycobacteria: role of granuloma in mycobacterial infections. Immunol Cell Biol 2000;78(4):334–41. 15- Stead WW. Genetics and resistance to tuberculosis: could resistance be enhanced by genetic engineering? Ann Intern Med 1992; 116(11): 937941. 16- Sanchez-Castanon M, Baquero IC, Sanchez-Velasco P, Farins MC, Ausin F, Leyva-Cobian F, et al. Polymorphisms in CCL5 promoter are associated with pulmonary tuberculosis in northern Spain. Int J Tuberc Lung Dis 2009; 13(4):480–485 17- Santucci MB, Bocchino M, Garg SK, Marruchella A, Colizzi V, Saltini C, et al. Expansion of CCR5+ CD4+ T-lymphocytes in the course of active pulmonary tuberculosis. 18- Mamtani M, Mummidi S, Ramsuran V, Pham MH, Maldonado R, Begum K, et al. Influence of Variations in CCL3L1 and CCR5 on Tuberculosis in a Northwestern Colombian Population. J Infect Dis 2011; 203(11): 1590-4. - 19- تامسون و تامسون، ژنتیک درپزشکی؛ ترجمه ی دکترفرهاد همت خواه1373.ص 158و176 |
| نام فایل | تاریخ درج فایل | اندازه فایل | دانلود |
|---|---|---|---|
| scan0002.jpg | 1391/02/27 | 418913 | دانلود |
| scan0003.jpg | 1391/02/27 | 366824 | دانلود |
| Badewa-2005-Chemokine receptor 5.pdf | 1391/02/31 | 800256 | دانلود |
| Salam-2008-Protective immunity.pdf | 1391/02/31 | 503941 | دانلود |
| Stegelmann-2005-Coordinate expressio.pdf | 1391/02/31 | 795883 | دانلود |
| Vesosky-2010-CCL5 participates in.pdf | 1391/02/31 | 1344159 | دانلود |
| Wickremasinghe-2004-Transcriptional mech.pdf | 1391/02/31 | 525970 | دانلود |
| 120 001.jpg | 1391/04/03 | 191890 | دانلود |
| 120 002.jpg | 1391/04/03 | 82014 | دانلود |
| NAHAEEEEEEEEEEE.doc | 1391/05/22 | 395264 | دانلود |
| 91.4.19.doc | 1391/05/22 | 75264 | دانلود |
