بررسی پلی مورفیسم های IFN-γ R1(rs 137854905,rs 13272474,rs7749390 ,rs 11914) در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان

Survey of IFN-γR1(rs 13272474,rs 7749390 ,rs 11914, rs137854905) in patient with pulmonary Tuberculosis and healthy control in Zahedan


چاپ صفحه 		پژوهان
صفحه نخست سامانه		 مجری و همکاران
مجری و همکاران		 اطلاعات تفضیلی
اطلاعات تفضیلی		 دانلود
دانلود 		علوم پزشکی زاهدان
علوم پزشکی زاهدان

مجریان: محمد نادری

کلمات کلیدی:

اطلاعات کلی طرح
hide/show

کد طرح 6924
عنوان فارسی طرح بررسی پلی مورفیسم های IFN-γ R1(rs 137854905,rs 13272474,rs7749390 ,rs 11914) در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان
عنوان لاتین طرح Survey of IFN-γR1(rs 13272474,rs 7749390 ,rs 11914, rs137854905) in patient with pulmonary Tuberculosis and healthy control in Zahedan
نوع طرح کاربردی
محل اجرای طرح مدیریت توسعه فناوری سلامت
رسته مطالعاتی مورد شاهدی
دانشکده/مرکز دانشکده پزشکی زاهدان
زمان اجرا -روز 365

اطلاعات مجری و همکاران
hide/show

نام و نام‌خانوادگی سمت در طرح نوع همکاری درجه‌تحصیلی پست الکترونیک
محمد نادریمجری دکترای تخصصی naderi597@gmail.com
محمد هاشمیهمکار دکترا - PHDmhd.hashemi@gmail.com
محسن طاهریهمکار دکترای تخصصی taheri@zaums.ac.ir
غلامرضا بهاریهمکار دکترای تخصصی r_b_1333@yahoo.com

اطلاعات تفضیلی
hide/show

عنوان متن
خلاصه طرح به فارسی بررسی پلی مورفیسم های IFN-γ R1(rs 137854905,rs 13272474,rs7749390 ,rs 11914) در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان
خلاصه طرح به لاتینSurvey of IFN-γR1(rs 13272474,rs 7749390 ,rs 11914, rs137854905) in patient with pulmonary Tuberculosis and healthy control in Zahedan
بيان مسئله تحقيق/اهمیت پژوهشدر حدود یک سوم انسانها در معرض عفونت مایکوباکتریوم توبرکلوزیس قرار دارند (1) در سال 2008 حدود 9.9-8.9 میلیون مورد ابتلا به توبرکلوزیس و 2.3-1.5 میلیون موردمرگ ناشی از ابتلا به این عامل گزارش شد(2). مدت درمان طولانی، مقاومت دارویی، عدم وجود یک واکسن بسیار موثر و درک ناقص از عوامل پیشرفت دهنده بیماری یا کنترل کننده عفونت، از موانع موجود در کنترل این بیماری می باشد. اگرچه تنها 10 درصد از افراد آلوده به مایکوباکتریوم توبرکلوزیس به فرم فعال بیماری دچار می شوند، پاسخ های ایمنی مرتبط با حساسیت یا مقاومت در برابر توبرکلوزیس در دسترس نیست. علاوه بر این مشخص نیست که چرا بعضی افراد به سل ریوی یا سل منتشر مبتلا می شوند (3) استعداد ابتلا به توبرکلوزیس مولتی فاکتوریال بوده و فرم فعال بیماری نتیجه برهم کنش بین میزبان و پاتوژن و تحت تاثیر فاکتورهای محیطی و ژنتیکی قرار دارد که در این میان ژن های متعددی از میزبان در این فرایند دخیل می باشند (4, 5)مطالعات دوقلویی (twin studies) نشان دادند که عوامل ژنتیکی میزبان در تعیین حساسیت به عفونت با مایکوباکتریوم توبرکولوزیس و پیشرفت بالینی بیماری نقش دارند(6).
از جمله عوامل ژنتیکی که در این بیماری دخالت دارند میتوان پلی مورفیسم ها را نام برد که میتوانند اثرات متفاوتی روی ژن های کد کننده ی پروتئین هاداشته باشند، ژن ها و پروتئین های متنوعی تحت تاثیر این تغییرات ژنتیکی قرار میگیرندکه از بینشان میتوان به ژن های ifng و ifngr1 اشاره کردکه به ترتیب کد کننده ی پروتئین IFN-γ و IFN-γ R1 (گیرنده ی 1اینترفرون گاما)میباشند(3).
ژن ifng بر روی کروموزوم 12q24.1 واقع است و محصول پروتئینی ان اینترفرون گاما (IFN-γ) میباشد که توسط لنفوسیت های فعال شده توسط انتی ژن ها یا میتوژن های خاص تولید میشوند ، این پروتئین فعالیت انتی ویروسی دارد ونیز یک فعال کننده ی ماکروفاژی میباشد که اثرات ضد تکثیری روی سلول های تغییر شکل یافته دارد و میتواند پتانسیلی برای خاصیت انتی توموری باشد.این پروتئین توسط سلولهای T و NK تولید میشوند و یک سیتوکاین کلیدی برای فعال سازی مکانیسم میکروب کشی ماکروفاژی میباشد و از طرفی در ماکروفاژهای فعال شده توسط IFN-γ الحاق لیزوزومی ،فاگوزومی واندوزمی افزایش می یابد که منجر به ممانعت از رشد مایکو باکتریوم توبرکلوزیس میگردد؛مسیر دیگری که این مولکول رااهمیت بخشیده است ،فعال کردن انزیم NO سنتاز(NOS2) میباشد که خود منجر به افزایش NO میشودو این گاز خاصیت میکروب کشی دارد. در موش های دچار نقص IFN-γ ،تکثیر M.Tuberculosis غیر قابل کنترل میباشد که ممکن است به علت عدم فعال سازی ماکروفاژِی و نیز عدم بیان NOS2 باشد. بررسی های زیادی نقش این پروتئین را در اختلالات عفونی خاصی مثل ایدز، هپاتیت و توبرکلوزیس نشان داده است.(7, 8)
ژن دیگری که کاندیدای خوبی برای استعداد ابتلا به توبرکلوزیس میباشد ،ifngr1 میباشد که در موقعیت 13q31.3-32.1 واقع است . گیرنده ی اینترفرون گاما پروتئینی هترودایمری بوده که از دو زیر واحد α(IFN-γ R1)و β (IFN-γ R2) تشکیل شده است .زیر واحد α واحد اتصال شونده به لیگاند میباشد و زیر واحد β عمل سیگنالینگ را بر عهده دارد، این گیرنده در سلولهای لمفوئیدی (مونوسیت ،ماکروفاژها ،سلولهای T,B ,NK) و نیز سلولهای غیر لنفوئیدی (فیبروبلاست ها وسلولهای اندوتلیال )بیان میشوند (9)با اتصال لیگاند به IFN-γ R1 ،گیرنده بازآرایی شده و اتو فسفریلاسیون یا ترانس فسفوریلاسیون رخ میدهد که منجر به فعال سازی JAK میشود در پی ان STAT1 فسفریله شده دیمر تشکیل میدهد که این دیمر STAT1 ازاد شده و به هسته می رود تا بتواند رونویسی را با اتصال به توالی GAS (توالی فعال شونده توسط γ)فعال کند (10).بنابرین اختلالاتی که در این گیرنده رخ می دهد میتواند منجر به اختلال در عملکرد IFN-γ شود.
rs 13272474 : در بررسی های انجام شده توسط LEUNG D.Y در سال 2011 روی موش انجام شد ارتباط قوی بین این پلیمورفیسم و Atopic Dermatitis یافت شد (11)و نیز در مطالعه ای که روی جمعیت افریقای جنوبی انجام شد بین این پلی مورفیسم و توبرکلوزیس رابطه ی معنی داری مشاهده گشت.(12)
: rs 7749390 در مطالعه ای که در چین انجام شد،بین این جایگاه و توبرکلوزیس رابطه ی معناداری مشاهده شد(2) و نیز در مطالعه ای دیگر که در سودان انجام شده است بین این پلیمورفیسم و لیشمانیوز رابطه دیده شد(13).
rs 11914 :در مطالعه ای که در اسپانیا انجام شد بین این پلیمورفیسم و بیماری giant cell arteritis (GCA) هیچ ارتباط معناداری یافت نشد(14).
rs 137854905: دلیسیونی 27bp میباشد و در مطالعه ای که در نترلند انجام شد بین این دلیسیون و سرطان معده رابطه ی معناداری وجود داشت(15).
با توجه به اهمیت پروتئین IFN-γ R1 ، توزیع متفاوت پلی مورفیسم های یکسان در جمعیت های متفاوت و نیز شیوع نسبتا زیاد توبرکلوزیس در زاهدان ما برآنیم پلیمورفیسم های فوق رادر بیماری سل در جمعیت زاهدانی مورد بررسی قرار دهیم .
سوالات و / یا فرضیات پژوهش- توزیع فراوانی پلی مورفیسم rs 13272474) )در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
- توزیع فراوانی پلی مورفیسم ( rs 7749390) در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
- توزیع فراوانی پلی مورفیسم (rs 11914 ) در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
- وضعیت حذف ژنی ( ( rs 137854905در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.

هدف کلی طرحتعیین توزیع فراوانی پلی مورفیسم IFN-γ R1(rs 13272474,rs 7749390 ,rs 11914) وحذف ژنی IFN-γ R1(rs 137854905) در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان
اهداف اختصاصیمقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم (rs 13272474) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
-مقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم ( rs 7749390) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
-مقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم) rs 11914 ) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
-مقایسه ی وضعیت حذف ژنی (rs 137854905 ) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
سازمانها، مراکز و موسسات و سایر بهره برداران بالقوه دستاوردهای طرح
تعریف واژه های تخصصیپلی مورفیسم: بسیاری از لکوس ها با تعدادی آلل نسبتا معمولی مشخص می شود بطوری که می توان اعضای یک جمعیت مورد نظر را به فنوتپ های کاملا مجزا دسته بندی کرد .پلی مورفیسم ژنتیکی به صورت بروز آلل های متعدد تعریف می شود،که در این لکوس حداقل دو آلل با وقوع بیش از یک درصد ظاهر شون در یک لوکوس (16).
دلیسیون : موتاسیون ها میتوانند از طریق حذف (دلیسیون) یک یا چند جفت باز نیز بوجود آیند.بعضی حذف ها فقط چند نوکلئوتید را درگیر میکنند و در موارد دیگر یک قطعه اساسی ژن یا تمام یک ژن حذف میشود .(17)
نوع مطالعهمورد-شاهدی
جامعه مورد مطالعه(معرفی مشارکت کنندگان)/ محیط پژوهش(معیارهای ورود و خروج ذکر شوند)معیارهای ورود به مطالعه بیماران بالغ (بالای 18 سال) مبتلا به سل ریوی بستری شده در بیمارستان بوعلی زاهدان خواهد بود و سایر معیارهای ورود شامل عدم وجود هر گونه عفونت سیستمیک یا موضعی (با یا بدون درگیری ریوی)، عدم وجود هر گونه بیماری غیر عفونی سیستمیک حاد یا مزمن (با یا بدون درگیری ریوی) و عدم وجود هر گونه نئوپلاسم تشخیص داده شده (با یا بدون درگیری ریوی).
معیارهای خروج: بدلیل همراهی ژن های مورد بررسی با هپاتیت، ایدز و دیابت، بیماران مبتلا به هپاتیت، ایدز و دیابت و همچنین نژاد غیر ایرانی و مصرف کننده کورتیکواستروئید از مطالعه خارج خواهند شد
معیار ورود در گروه شاهد نیز سن بالای 18 سال و عدم وجود هر گونه عفونت سیستمیک یا موضعی (با یا بدون درگیری ریوی)، عدم وجود هر گونه بیماری غیر عفونی سیستمیک حاد یا مزمن (با یا بدون درگیری ریوی) و عدم وجود هر گونه نئوپلاسم تشخیص داده شده (با یا بدون درگیری ریوی) خواهد بود
حجم نمونه و روش محاسبه آنحجم نمونه حد اقل 150 نفر افراد مبتلا به سل ریوی و به همان تعداد نیز افراد سالم به‌‌عنوان گروه شاهد وارد مطالعه می‌شوند.
روش نمونه گیری(نحوه تخصیص تصادفی و همسانسازی در صورت لزوم ذکر شود)انتخاب بیماران مبتنی بر هدف بصورت آسان و انتخاب گروه شاهد بصورت تصادفی از همراهان و پرسنل بیمارستان که از نظر جنس با گروه مورد همسان می باشند انجام خواهد شد.
روش و ابزار جمع آوري داده ها / صحت و استحکام داده ها (پرسشنامه یا فرم اطلاعاتی ضمیمه شود)مشاهده و بررسی‌های آزمایشگاهی
روش اجرای طرح(با جزئیات بطور کامل شرح داده شود)این مطالعه بر روی بیماران مبتلا به سل ریوی که بر اساس علائم بالینی رادیولوژیک و کشت توسط متخصص عفونی تشخیص سل ریوی در آنها مسجل شده بود انجام خواهد شد. در گروه بیماران سل ریوی در ابتدا از کلیه بیماران مشکوک به سل ریوی (دارای علایم: سرفه همراه با خلط و کاهش وزن، هموپتزی، درد قفسه سینه، بی اشتهایی، خستگی و تعریق شبانه) اسمیر مستقیم خلط و کشت باسیل مایکوباکتریوم توبرکلوزیس (به عنوان روش استاندارد تشخیصی) انجام خواهد شد و با توجه به زمان بر بودن آماده شدن نتایج کشت، در بیمارانی که حداقل دو نمونه اسمیر خلط مثبت داشته باشند نمونه گیری خون انجام شده و بررسی پلی مورفیسم تنها در بیمارانی انجام خواهد شد که کشت مثبت هم داشته باشند. گروه شاهد همراهان افراد مراجعه کننده غیر مبتلا به سل که از نظر معاینات پزشکی نرمال باشند خواهد بود و دو گروه از نظر جنس همسان سازی خواهند شد. بعد از کسب رضایت از تمامی افراد مورد بررسی 3 میلی لیتر خون وریدی در لوله های حاوی ماده ضد انعقاد EDTA جمع آوری خواهد شد و در دمای 20- درجه سانتی گراد نگهداری خواهد شد. DNA توسط روش Salting out استخراج خواهد شد. DNA استخراج شده با استفاده از پرایمرهای اختصاصی ARMS و روش PCR تکثیر خواهد شد محصول واکنش در ژل آگاروز 2 درصد با اتیدیوم بروماید رنگ امیزی گردیده بارگذاری خواهد شد و آلل و ژنوتیپ در دو گروه مشخص خواهد شد..
روش تجزیه، تحليل و توصیف داده‌ها (نمونه‌اي از جدول توخالي ضميمه شود و روش هاي آماري مورد استفاده به طور كامل توضيح داده شود)(کیفی و کمی)اطلاعات توسط نرم افزار آماری SPSS تجزیه و تحلیل خواهد شد. برای مقایسه آلل و ژنوتیپ در دو گروه از آزمون Fisher's exact و برای مقایسه پارامترهای دموگرافیک کیفی مثل جنس در دو گروه نیز از آزمون Fisher's exact و برای مقایسه پارامترهای دموگرافیک کمی مثل سن در دو گروه از آزمون t-test استفاده خواهد شد و p کمتر از 05/0 بعنوان سطح معنی داری در نظر گرفته خواهد شد. همچنین Odds Ratio با محدوده اطمینان 95 درصد (CI 95%) نیز برای افراد دارای اختلال ژنی برای ابتلا به سل ریوی محاسبه خواهد شد.
ملاحظات اخلاقی کدهای 1(هدف اصلی پژوهش ارتقای سلامت انسانها توأم با رعایت کرامت و حقوق ایشان است)

2(در پژوهش بر آزمودنی انسانی، سلامت و ایمنی فرد فرد آزمودنی‎ها در طول و بعد از اجرای پژوهش، بر تمامی مصالح دیگر اولویت دارد )

14و15و16و13(کسب رضایت آگاهانه و آزادانه و موارد مربوط به آن)

25( حفظ رازداری)

در طرح رعایت می شود.
محدودیتهای اجرائی طرح و پیش بینی جهت حل آنهامحدودیت اجرایی که برای طرح حاضر قابل پیش‌بینی است، عدم همکاری بیماران می‌باشد که در صورت بروز این مسئله فرد دیگری با خصوصیات مشابه جایگزین خواهد شد.
کلمات کلیدیسل ریوی (Pulmonary Tuberculosis)، استعداد ژنتیکی (Genetic Susceptibility)، پلی مورفیسم (Polymorphism)
فهرست منابع و مراجع1. Chu SF, Tam CM, Wong HS, Kam KM, Lau YL, Chiang AK. Association between RANTES functional polymorphisms and tuberculosis in Hong Kong Chinese. Genes Immun. 2007 Sep;8(6):475-9.
2. He J, Wang J, Lei D, Ding S. Analysis of functional SNP in ifng/ifngr1 in Chinese Han population with tuberculosis. Scand J Immunol. 2010 Jun;71(6):452-8.
3. Berrington WR, Hawn TR. Mycobacterium tuberculosis, macrophages, and the innate immune response: does common variation matter? Immunol Rev. 2007 Oct;219:167-86.
4. Jamieson SE, Miller EN, Black GF, Peacock CS, Cordell HJ, Howson JM, et al. Evidence for a cluster of genes on chromosome 17q11-q21 controlling susceptibility to tuberculosis and leprosy in Brazilians. Genes Immun. 2004 Jan;5(1):46-57.
5. Tso HW, Ip WK, Chong WP, Tam CM, Chiang AK, Lau YL. Association of interferon gamma and interleukin 10 genes with tuberculosis in Hong Kong Chinese. Genes Immun. 2005 Jun;6(4):358-63.
6. Bellamy R, Ruwende C, Corrah T, McAdam KP, Whittle HC, Hill AV. Variations in the NRAMP1 gene and susceptibility to tuberculosis in West Africans. N Engl J Med. 1998 Mar 5;338(10):640-4.
7. Torrado E, Fraga AG, Logarinho E, Martins TG, Carmona JA, Gama JB, et al. IFN-gamma-dependent activation of macrophages during experimental infections by Mycobacterium ulcerans is impaired by the toxin mycolactone. J Immunol. 2010 Jan 15;184(2):947-55.
8. Hashemi M, Sharifi-Mood B, Nezamdoost M, Moazeni-Roodi A, Naderi M, Kouhpayeh H, et al. Functional polymorphism of interferon-gamma (IFN-gamma) gene +874T/A polymorphism is associated with pulmonary tuberculosis in Zahedan, Southeast Iran. Prague Med Rep. 2011;112(1):38-43.
9. Singhal A, Jaiswal A, Arora VK, Prasad HK. Modulation of gamma interferon receptor 1 by Mycobacterium tuberculosis: a potential immune response evasive mechanism. Infect Immun. 2007 May;75(5):2500-10.
10. Takaki H, Minoda Y, Koga K, Takaesu G, Yoshimura A, Kobayashi T. TGF-beta1 suppresses IFN-gamma-induced NO production in macrophages by suppressing STAT1 activation and accelerating iNOS protein degradation. Genes Cells. 2006 Aug;11(8):871-82.
11. Leung DY, Gao PS, Grigoryev DN, Rafaels NM, Streib JE, Howell MD, et al. Human atopic dermatitis complicated by eczema herpeticum is associated with abnormalities in IFN-gamma response. J Allergy Clin Immunol. 2011 Apr;127(4):965-73 e1-5.
12. Velez DR, Hulme WF, Myers JL, Weinberg JB, Levesque MC, Stryjewski ME, et al. NOS2A, TLR4, and IFNGR1 interactions influence pulmonary tuberculosis susceptibility in African-Americans. Hum Genet. 2009 Nov;126(5):643-53.
13. Salih MA, Ibrahim ME, Blackwell JM, Miller EN, Khalil EA, ElHassan AM, et al. IFNG and IFNGR1 gene polymorphisms and susceptibility to post-kala-azar dermal leishmaniasis in Sudan. Genes Immun. 2007 Jan;8(1):75-8.
14. Torres O, Palomino-Morales R, Vazquez-Rodriguez T, Castaneda S, Morado IC, Miranda-Filloy JA, et al. Lack of association between IFNGR1 gene polymorphisms and biopsy-proven giant cell arteritis. Clin Exp Rheumatol. 2010 Jan-Feb;28(1 Suppl 57):31-4.
15. de Araujo RM, de Melo CF, Neto FM, da Silva JN, Soares LF, de Arruda Cardoso Smith M, et al. Association study of SNPs of genes IFNGR1 (rs137854905), GSTT1 (rs71748309), and GSTP1 (rs1695) in gastric cancer development in samples of patient in the northern and northeastern Brazil. Tumour Biol. 2014 May;35(5):4983-6.
16. Sobrino B, Brion M, Carracedo A. SNPs in forensic genetics: a review on SNP typing methodologies. Forensic Sci Int. 2005 Nov 25;154(2-3):181-94.
17. Dohner H, Fischer K, Bentz M, Hansen K, Benner A, Cabot G, et al. p53 gene deletion predicts for poor survival and non-response to therapy with purine analogs in chronic B-cell leukemias. Blood. 1995 Mar 15;85(6):1580-9.

پیوست ها
hide/show

نام فایل تاریخ درج فایل اندازه فایل دانلود
IFNGR1 SNPs TB grant .doc1393/03/17363520دانلود
ethic com.doc1393/03/1759392دانلود
eslah shode.docx1393/04/29141933دانلود
pasokh.docx1393/04/2914878دانلود