بررسی ارتباط پلی مورفیسم ژنی CD1A (rs411089 C/T, rs366316 A/G) و CD1D (rs973742 A/G, rs859010 A/T) و (CD1E(rs10797007 A/G در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان

survey of the association of CD1A (rs411089 C/T, rs366316 A/G) and CD1D (rs973742 A/G, rs859010 A/T) and CD1E(rs10797007 A/G) gene polymorphism with pulmonary tuberculosis


چاپ صفحه 		پژوهان
صفحه نخست سامانه		 مجری و همکاران
مجری و همکاران		 اطلاعات تفضیلی
اطلاعات تفضیلی		 دانلود
دانلود 		علوم پزشکی زاهدان
علوم پزشکی زاهدان

مجریان: محسن طاهری

کلمات کلیدی:

اطلاعات کلی طرح
hide/show

کد طرح 7033
عنوان فارسی طرح بررسی ارتباط پلی مورفیسم ژنی CD1A (rs411089 C/T, rs366316 A/G) و CD1D (rs973742 A/G, rs859010 A/T) و (CD1E(rs10797007 A/G در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان
عنوان لاتین طرح survey of the association of CD1A (rs411089 C/T, rs366316 A/G) and CD1D (rs973742 A/G, rs859010 A/T) and CD1E(rs10797007 A/G) gene polymorphism with pulmonary tuberculosis
نوع طرح کاربردی
محل اجرای طرح مدیریت توسعه فناوری سلامت
رسته مطالعاتی مورد شاهدی
دانشکده/مرکز دانشکده پزشکی زاهدان
زمان اجرا -روز 93

اطلاعات مجری و همکاران
hide/show

نام و نام‌خانوادگی سمت در طرح نوع همکاری درجه‌تحصیلی پست الکترونیک
محسن طاهریمجری دکترای تخصصی taheri@zaums.ac.ir
محمد هاشمیهمکار دکترا - PHDmhd.hashemi@gmail.com
محمد نادریهمکار دکترای تخصصی naderi597@gmail.com
شادی امینی نیاهمکار کارشناس ارشدshadi_am65@yahoo.com
مهدیه مودیهمکارتدوین طرحکارشناسی ارشدmahdiyehmodi@yahoo.com
حسنا سارانیهمکارتدوین طرحکارشناسی ارشدhosna.sarani@gmail.com

اطلاعات تفضیلی
hide/show

عنوان متن
خلاصه طرح به فارسی بررسی ارتباط پلی مورفیسم ژنی CD1A (rs411089 C/T, rs366316 A/G) و CD1D (rs973742 A/G, rs859010 A/T) و (CD1E(rs10797007 A/G در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان
خلاصه طرح به لاتینsurvey of the association of CD1A (rs411089 C/T, rs366316 A/G) and CD1D (rs973742 A/G, rs859010 A/T) and CD1E(rs10797007 A/G) gene polymorphism with pulmonary tuberculosis
بيان مسئله تحقيق/اهمیت پژوهشبا 1.4 میلیون مرگ و نیز 8.7 میلیون مورد جدید ابتلابه توبرکلوزیس در سال 2011 ، TB به صورت یک مشکل جهانی مطرح شد و به همراه HIV و مالاریا به عنوان یکی از سه بیماری عفونی جهانی مورد توجه قرار گرفت(1). کنترل جهانی اپیدمی TB به دلیل عدم وجود یک واکسن موثر ،به صورت چالشی دشوار باقی مانده است که این موضوع به دلیل گونه هایM.tb مقاوم به داروهای ضروری و نیز عدم تشخیص سریع بیماری لاینحل باقی مانده است(1) . گزارشهای اپیدمیولوژیک نشان می دهند هم اکنون 1/3 (یک سوم) جمعیت جهان توسط M.tb آلوده شده اند که در اکثر این افراد مشکلی وجود ندارد . پیشرفت TB در نتیجه ی تعامل بین فاکتورهای محیطی ،میزبان،پاتوژن و نیز ریسک فاکتورهایی از جمله عفونت همراه با HIV ،نقص سیستم ایمنی ،دیابت ملیتوس ،تراکم زیاد جمعیت ،سوء تغذیه و فقر عمومی میباشد . با این حال هنوز هم دلیل اینکه چرا بعضی افراد به TB مبتلا می شوند و برخی دیگر نه ؛مشخص نمیباشد (1). مایکو باکتریوم توبرکلوزیس،M.tb، یک پاتوژن داخل سلولی است که منجر به تخریب سلول آلوده می شود . دیواره ی سلولی این ارگانیسم نقش حیاتی در بقا و بیماری زایی آن ایفا میکند زیرا منبعی غنی از آنتی ژن های لیپیدی مختلف میباشد که برای شناسایی شدن توسط سیستم ایمنی بدن ضروری میباشند(2, 3).در بدن انسان قطعات آنتی ژن های پپتیدی توسط خانواده ی MHC به سلول T عرضه میشوند اما آنتی ژن های لیپیدی (همانند مایکوباکتریوم) و گلیکولیپیدی توسط خانواده ی CD1 به سلول های T عرضه میگردند تا شناسایی شده و با انها مقابله شود (3). لوکوس CD1 انسانی 5 پروتئین را کد میکند (cd1 a,b,c,d,e) که با بتا دو میکروگلوبولین در ارتباط میباشند و با پروتئین های MHC-I هومولوژی دارد (4, 5) این لوکوس روی کروموزوم 11q22-q23 واقع میباشد و دوگروه مختلف از خانواده CD1 را میسازد که گروه اول شامل a,b,c و گروه دوم شامل e , d میباشند ،که گروه اول آنتی ژن های مایکوباکتریایی مثل Mycolic Acid, glucose Mono mycolat, Lipoarabinomannan(LAM), phosphatidylinositol mannoside (PIM) را به سلول T انسانی عرضه میکنند (4, 5) اما CD1d انسانی گلیکولیپید α- galactosylphytosphingosine را به سلول T عرضه می دارد(6) سلول های T محدود به CD1 (CD1-restricted T cells ) میتوانند ماکروفاژهای آلوده به M.tb را لیز کند و بعضی از کلون های سلول T محدود به CD1 اثر باکتری کشی دارند که به صورت گرانولیزین این نقش را ایفا میکنند (5). با توجه به ضروری بودن همه فاکتورهای فوق در مسیر دفاع در برابر ارگانیسم مذکور ،لازم می باشد که همه ی مولکول ها به درستی نقششان را ایفا کنند و لازمه ی این کار سالم بودن مولکولهای دخیل در این کار می باشد. از این رو تغییراتی ژنتیکی که منجر به تغییر در ساختار ویا عملکرد ماکرومولکول ها می شوند برای تحقیقات حائز اهمیت میباشند ؛از جمله ی این تغییرات میتوان به پلی مورفیسم ها اشاره کرد که گفته شده است نقش بسزایی به عنوان ریسک فاکتور در تنوع ژنتیکی ، پاسخ به درمان و ابتلا به انواع بیماری ها دارند (7, 8) .
پلی مورفیسم در ژن های CD1 منجر به تغییر در اتصال لیگاند مولکولهای CD1 میشود بنابراین این تغییرات توانایی عرضه ی آنتی ژنی این مولکول ها را تغییر میدهند(9)از جمله پلی مورفیسم های رایج در این پروتئین به انواع زیر میتوان اشاره کرد:
rs411089 C/T CD1A : در مطالعه ای که بر روی بزرگسالان ویتنامی انجام شد بین این پلی مورفیسم و بیماری توبرکلوزیس رابطه ی معنی داری مشاهده شد(10).
rs366316 A/G) CD1A : ارتباط این پلی مورفیسم با سطح پایین CD1 در مطالعه ای که در واشنگتن انجام شد، بررسی گردید و رابطه ی معنا داری بینشان دیده شد(11) اما تاکنون رابطه ی این جایگاه با هیچ بیماری بررسی نشده است.
CD1D rs973742 A/G : در مطالعه ای که در پاریس انجام شد بین این پلی مورفیسم و بیماری x-ALD(X-linked adrenoleukodystrophy) رابطه ی معناداری یافت شد(4) اما هیچ مطالعه ای در ارتباط با پلی مورفیسم مذکور و بیماریهای عفونی انجام نشده است.

با توجه به اهمیت این پروتئین و نیز توزیع متفاوت پلی مورفیسم های یکسان در جمعیت های متفاوت ،ما برآنیم پلی مورفیسم های فوق رادر بیماری سل در جمعیت ایرانی مورد بررسی قرار دهیم .
سوالات و / یا فرضیات پژوهش- توزیع فراوانی پلی مورفیسم(rs411089 C/T) CD1A در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
- توزیع فراوانی پلی مورفیسم (rs366316 A/G) CD1A در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
- توزیع فراوانی پلی مورفیسم CD1D (rs973742 A/G) در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
- توزیع فراوانی پلی مورفیسم CD1D (rs859010 A/T) در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
- توزیع فراوانی پلی مورفیسم CD1E (rs10797007 A/G) در بیماران مبتلا به سل ریوی با افراد سالم متفاوت است.
هدف کلی طرحتعیین ارتباط پلی مورفیسم ژنی CD1A (rs411089 C/T, rs366316 A/G) و CD1D (rs973742 A/G, rs859010 A/T) و( CD1E(rs10797007 A/G در افراد مبتلا به سل ریوی و افراد سالم در زاهدان
اهداف اختصاصی- مقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم(rs411089 C/T) CD1A در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
-مقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم CD1A (rs366316 A/G) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
-مقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم CD1D (rs973742 A/G) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
-مقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم CD1D (rs859010 A/T) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
-مقایسه ی فراوانی پلی مورفیسم CD1E (rs10797007 A/G) در بیماران مبتلا به سل ریوی و افراد سالم
سازمانها، مراکز و موسسات و سایر بهره برداران بالقوه دستاوردهای طرح
تعریف واژه های تخصصیپلی مورفیسم:بسیاری از لکوس ها با تعدادی آلل نسبتا معمولی مشخص می شود بطوری که می توان اعضای یک جمعیت مورد نظر را به فنوتپ های کاملا مجزا دسته بندی کرد .پلی مورفیسم ژنتیکی به صورت بروز آلل های متعدد تعریف می شود،که در این لکوس حداقل دو آلل با وقوع بیش از یک درصد ظاهر شوند در یک لوکوس
نوع مطالعهمورد-شاهدی
جامعه مورد مطالعه(معرفی مشارکت کنندگان)/ محیط پژوهش(معیارهای ورود و خروج ذکر شوند)معیارهای ورود به مطالعه بیماران بالغ (بالای 18 سال) مبتلا به سل ریوی بستری شده در بیمارستان بوعلی زاهدان خواهد بود و سایر معیارهای ورود شامل عدم وجود هر گونه عفونت سیستمیک یا موضعی (با یا بدون درگیری ریوی)، عدم وجود هر گونه بیماری غیر عفونی سیستمیک حاد یا مزمن (با یا بدون درگیری ریوی) و عدم وجود هر گونه نئوپلاسم تشخیص داده شده (با یا بدون درگیری ریوی).
معیارهای خروج:
بدلیل همراهی ژن های مورد بررسی با هپاتیت، ایدز و دیابت، بیماران مبتلا به هپاتیت، ایدز و دیابت و همچنین نژاد غیر ایرانی و مصرف کننده کورتیکواستروئیداز مطالعه خارج خواهند شد
معیار ورود در گروه شاهد نیز سن بالای 18 سال و عدم وجود هر گونه عفونت سیستمیک یا موضعی (با یا بدون درگیری ریوی)، عدم وجود هر گونه بیماری غیر عفونی سیستمیک حاد یا مزمن (با یا بدون درگیری ریوی) و عدم وجود هر گونه نئوپلاسم تشخیص داده شده (با یا بدون درگیری ریوی) خواهد بود
حجم نمونه و روش محاسبه آنحجم نمونه حداقل 200 نفر شامل کلیه بیماران مسلول ریوی تشخیص داده شده تحت درمان یا درمان شده شهرستان زاهدان در سال 1393 می باشد.به همین تعداد نیز از افراد سالم جامعه که به بیماری سل مبتلا نشده اند و سابقه هیچ گونه بیماری سیستمیک ندارند انتخاب میشوند..
روش نمونه گیری(نحوه تخصیص تصادفی و همسانسازی در صورت لزوم ذکر شود)تصادفی ساده
روش و ابزار جمع آوري داده ها / صحت و استحکام داده ها (پرسشنامه یا فرم اطلاعاتی ضمیمه شود)مشاهده و بررسی‌های آزمایشگاهی
روش اجرای طرح(با جزئیات بطور کامل شرح داده شود)این مطالعه بر روی بیماران مبتلا به سل ریوی که بر اساس علائم بالینی رادیولوژیک و کشت توسط متخصص عفونی تشخیص سل ریوی در آنها مسجل شده است انجام خواهد شد. در گروه بیماران سل ریوی در ابتدا از کلیه بیماران مشکوک به سل ریوی (دارای علایم: سرفه همراه با خلط و کاهش وزن، هموپتزی، درد قفسه سینه، بی اشتهایی، خستگی و تعریق شبانه) اسمیر مستقیم خلط و کشت باسیل مایکوباکتریوم توبرکلوزیس (به عنوان روش استاندارد تشخیصی) انجام خواهد شد و با توجه به زمان بر بودن آماده شدن نتایج کشت، در بیمارانی که حداقل دو نمونه اسمیر خلط مثبت داشته باشند نمونه گیری خون انجام شده و بررسی پلی مورفیسم تنها در بیمارانی انجام خواهد شد که کشت مثبت هم داشته باشند. گروه شاهد همراهان افراد مراجعه کننده غیر مبتلا به سل که از نظر معاینات پزشکی نرمال باشند خواهد بود و دو گروه از نظر جنس همسان سازی خواهند شد. بعد از کسب رضایت از تمامی افراد مورد بررسی 3 میلی لیتر خون وریدی در لوله های حاوی ماده ضد انعقاد EDTA جمع آوری خواهد شد و در دمای 20- درجه سانتی گراد نگهداری خواهد شد. DNA توسط روش Salting out استخراج خواهد شد. DNA استخراج شده با استفاده از پرایمرهای اختصاصی و روش PCR تکثیر خواهد شد سپس محصول واکنش با آنزیمهای محدودالاثر برش داده خواهد شد. محصول واکنش در ژل آگاروز 2 درصد با اتیدیوم بروماید رنگ امیزی گردیده بارگذاری خواهد شد و آلل و ژنوتیپ در دو گروه مشخص خواهد شد..
روش تجزیه، تحليل و توصیف داده‌ها (نمونه‌اي از جدول توخالي ضميمه شود و روش هاي آماري مورد استفاده به طور كامل توضيح داده شود)(کیفی و کمی)اطلاعات توسط نرم افزار آماری SPSS تجزیه و تحلیل خواهد شد. برای مقایسه آلل و ژنوتیپ در دو گروه از آزمون Fisher's exact و برای مقایسه پارامترهای دموگرافیک کیفی مثل جنس در دو گروه نیز از آزمون Fisher's exact و برای مقایسه پارامترهای دموگرافیک کمی مثل سن در دو گروه از آزمون t-test استفاده خواهد شد و p کمتر از 05/0 بعنوان سطح معنی داری در نظر گرفته خواهد شد. همچنین Odds Ratio با محدوده اطمینان 95 درصد (CI 95%) نیز برای افراد دارای اختلال ژنی برای ابتلا به سل ریوی محاسبه خواهد شد.
ملاحظات اخلاقی کدهای 1(هدف اصلی پژوهش ارتقای سلامت انسانها توأم با رعایت کرامت و حقوق ایشان است)
2(در پژوهش بر آزمودنی انسانی، سلامت و ایمنی فرد فرد آزمودنی‎ها در طول و بعد از اجرای پژوهش، بر تمامی مصالح دیگر اولویت دارد )
14و15و16و13(کسب رضایت آگاهانه و آزادانه و موارد مربوط به آن)
25( حفظ رازداری)
در طرح رعایت می شود.
محدودیتهای اجرائی طرح و پیش بینی جهت حل آنهامحدودیت اجرایی که برای طرح حاضر قابل پیش‌بینی است، عدم همکاری بیماران می‌باشد که در صورت بروز این مسئله فرد دیگری با خصوصیات مشابه جایگزین خواهد شد.
کلمات کلیدیسل ریوی (Pulmonary Tuberculosis)، استعداد ژنتیکی (Genetic Susceptibility)، پلی مورفیسم (Polymorphism ) CD1,
فهرست منابع و مراجع1. Prezzemolo T, Guggino G, La Manna MP, Di Liberto D, Dieli F, Caccamo N. Functional Signatures of Human CD4 and CD8 T Cell Responses to. Front Immunol. 2014;5:180. Epub 2014/05/06.
2. Lewinsohn DM, Alderson MR, Briden AL, Riddell SR, Reed SG, Grabstein KH. Characterization of human CD8+ T cells reactive with Mycobacterium tuberculosis-infected antigen-presenting cells. J Exp Med. 1998;187(10):1633-40. Epub 1998/06/13.
3. Lewinsohn DM, Briden AL, Reed SG, Grabstein KH, Alderson MR. Mycobacterium tuberculosis-reactive CD8+ T lymphocytes: the relative contribution of classical versus nonclassical HLA restriction. J Immunol. 2000;165(2):925-30. Epub 2000/07/06.
4. Barbier M, Sabbagh A, Kasper E, Asheuer M, Ahouansou O, Pribill I, et al. CD1 gene polymorphisms and phenotypic variability in X-linked adrenoleukodystrophy. PLoS One. 2012;7(1):e29872. Epub 2012/01/19.
5. Chackerian A, Alt J, Perera V, Behar SM. Activation of NKT cells protects mice from tuberculosis. Infect Immun. 2002;70(11):6302-9. Epub 2002/10/16.
6. Behar SM, Dascher CC, Grusby MJ, Wang CR, Brenner MB. Susceptibility of mice deficient in CD1D or TAP1 to infection with Mycobacterium tuberculosis. J Exp Med. 1999;189(12):1973-80. Epub 1999/06/22.
7. Tomas C, Stangegaard M, Borsting C, Hansen AJ, Morling N. Typing of 48 autosomal SNPs and amelogenin with GenPlex SNP genotyping system in forensic genetics. Forensic Sci Int Genet. 2008;3(1):1-6. Epub 2008/12/17.
8. Sobrino B, Brion M, Carracedo A. SNPs in forensic genetics: a review on SNP typing methodologies. Forensic Sci Int. 2005;154(2-3):181-94. Epub 2005/09/27.
9. Golmoghaddam H, Pezeshki AM, Ghaderi A, Doroudchi M. CD1a and CD1d genes polymorphisms in breast, colorectal and lung cancers. Pathol Oncol Res. 2011;17(3):669-75. Epub 2011/01/25.
10. Seshadri C, Thuong NT, Yen NT, Bang ND, Chau TT, Thwaites GE, et al. A polymorphism in human CD1A is associated with susceptibility to tuberculosis. Genes Immun. 2014;15(3):195-8. Epub 2014/02/07.
11. Seshadri C, Shenoy M, Wells RD, Hensley-McBain T, Andersen-Nissen E, McElrath MJ, et al. Human CD1a deficiency is common and genetically regulated. J Immunol. 2013;191(4):1586-93. Epub 2013/07/17.

پیوست ها
hide/show

نام فایل تاریخ درج فایل اندازه فایل دانلود
CD1A GRANT.docx1393/07/28140721دانلود
ethic.docx1393/07/2821241دانلود
eslah shode.doc1393/09/23366080دانلود
7033es.doc1393/09/2329696دانلود