بررسی پلی مورفیسم ژنی APOBEC3 ،FEN1(rs174538،rs4246215 )،VEGF (rs3025039 ،rs2010936 )در زنان مبتلا به سرطان سینه در مقایسه با زنان سالم

Evaluation of genetic polymorphism APOBEC3، FEN1) rs174538، rs4246215( ، VEGF) rs،3025039 rs2010936)in patient with breast cancer in comparison with healthy women


چاپ صفحه 		پژوهان
صفحه نخست سامانه		 مجری و همکاران
مجری و همکاران		 اطلاعات تفضیلی
اطلاعات تفضیلی		 دانلود
دانلود 		علوم پزشکی زاهدان
علوم پزشکی زاهدان

مجریان: محمد هاشمی

کلمات کلیدی:

اطلاعات کلی طرح
hide/show

کد طرح 7079
عنوان فارسی طرح بررسی پلی مورفیسم ژنی APOBEC3 ،FEN1(rs174538،rs4246215 )،VEGF (rs3025039 ،rs2010936 )در زنان مبتلا به سرطان سینه در مقایسه با زنان سالم
عنوان لاتین طرح Evaluation of genetic polymorphism APOBEC3، FEN1) rs174538، rs4246215( ، VEGF) rs،3025039 rs2010936)in patient with breast cancer in comparison with healthy women
نوع طرح
محل اجرای طرح مدیریت توسعه فناوری سلامت
رسته مطالعاتی بنیادی
دانشکده/مرکز دانشکده پزشکی زاهدان
زمان اجرا -روز 366

اطلاعات مجری و همکاران
hide/show

نام و نام‌خانوادگی سمت در طرح نوع همکاری درجه‌تحصیلی پست الکترونیک
مریم رضاییهمکار maryamrezaee47@gmail.com
محمد هاشمیمجریاستاد راهنمادکترا - PHDmhd.hashemi@gmail.com

اطلاعات تفضیلی
hide/show

عنوان متن
خلاصه طرح به فارسی بررسی پلی مورفیسم ژنی APOBEC3 ،FEN1(rs174538،rs4246215 )،VEGF (rs3025039 ،rs2010936 )در زنان مبتلا به سرطان سینه در مقایسه با زنان سالم
خلاصه طرح به لاتینEvaluation of genetic polymorphism APOBEC3، FEN1) rs174538، rs4246215( ، VEGF) rs،3025039 rs2010936)in patient with breast cancer in comparison with healthy women
بيان مسئله تحقيق/اهمیت پژوهشسرطان سینه یکی ازدلایل مهم مرگ ومیر درزنان می باشد وهنوزدرمورداتیولوژی این بیماری اطلاعات ناچیزی در دسترس است. سرطان سینه اغلب در جوامع غربی اتفاق می افتد.که حدود 10%-13% از زنان مبتلا به آن هستند.علاوه بر سن شروع قائدگی،یائسگی، رژیم غذایی،تولیدمثل، استروژن و عوامل ژنتیکی به عنوان فاکتورهای خطر شناخته شده اند. (1)
APOBEC3: این ژن روی کروموزوم 22 قرار دارد.خانواده ژن APOBEC3، سیتوزین دآمینازی را که در ایمنی ذاتی سلولی علیه رترو ویروس ها نقش دارد را کد می کند.7 پروتئین APOBEC3 قسمتی از خانواده بزرگ پلی نوکلئوتید سیتوزین دآمیناز هستند.همه پروتئین های APOBEC3 توانایی تبدیل کردن سیتوزین های DNA تک رشته ای به یوراسیل را دارند.این یک مکانیسم اصلی این آنزیم هاست که تکثیر HIV و سایررتروویروس ها را محدود می کند.محدود کردن رتروویروس ها زمانی اتفاق می افتد که APOBEC3 مرتبط داخل ویروس با ژنومRNA ویروسی بسته بندی می شوند.در طی رونویسی معکوس cDNA تک رشته ای ،ویروس برای سیتوزین دآمیناز یک هدف می شود تکثیر در سراسر این cDNA الگو ،یوراسیل را به عنوان یک نقطه جهش یافته فیکس می کند و منجر به هایپر موتاسیون و غیرفعالسازی یا تنزل می شود همچنین ژن های APOBEC3 دارای فعالیت دآمینازی می باشند که 5متیل سیتوزین و5 هیدروکسی متیل سیتوزین را دآمینه می کنند.فعالیت دآمینازی APOBEC3 همراه با اصلاح شکست باز(BER)است که در نتیجه mismatch اتفاق افتاده است ومکانیسمی برای فعال سازی دمتیلاسیون DNA فراهم می کند.بنابراین ژن های APOBEC3 یک نقش در کارسینوژنز با استفاده از بکار انداختن جهش در DNA بازی می کند.فعال سازیدآمینازالقاشده به واسطه شکست های زنجیره دو رشته DNA با تولید ترانس لوکاسیون های کروموزومی که به وفور در سرطان پروستات مشاهده می شوند ،مرتبط می باشد. اخیرا مطالعاتی در مورد عملکرد جهش زایی ژن های APOBEC3 در سرطان سینه بررسی شده است(2, 3).حذف ژن APOBEC3 به طورمعنی داری در ارتباط با خطر بالای سرطان سینه در زنان چینی و اروپایی می باشد(4).
FEN1 :
FEN1روی کروموزوم 11 قرار دارد. یک نوکلئاز خاص است که در ترمیم DNA و به طورمحسوسی با تکثیر سلول در ارتباط است(5, 6) . سطح بالایی از بیان FEN1 در بافت های با تکثیر سلولی بالامانند بیضه ها ،تیموس و مغز استخوان دیده می شود(5).نقص در فعالیت FEN1 منجر به پیشرفت سرطان وشتاب در رشد تومور میشود.FEN1 همچنین بیان بالایی در انواع سلولهای سرطانی انسان دارد.مانند متاستاز سرطان پروستات،سرطان پانکراس،سرطان ریه(7).سطح بیان FEN1 در توموربافت ها مرتبط با افزایش درجه تهاجمی تومور است در سلولهای سرطان سینه FEN1 بیان بالای دارد(5).
rs174538 :این پلی مورفیسم ژنی روی کروموزم 11 قرار گرفته است.درمطالعه که درسال2009 در جمعیت چینی روی سرطان ریه انجام شده است مشاهده گردید که با کاهش بیانFEN1 دراین بیماری ارتباط مستقیم وجود دارد(8).و در یک مطالعه دیگری در سال 2013 در جمعیت آمریکا با بیماری پنومونی منتشر ارتباط معنی داری وجود نداشته است (9).
:rs 4246215 این پلی مورفیسم ژنی روی کروموزوم 11 قرار گرفته است.درمطالعه که در سال2009 در جمعیت چینی روی سرطان ریه انجام شده است مشاهده گردید که با کاهش بیانFEN1 دراین بیماری ارتباط مستقیم وجود دارد(8).و در یک مطالعه دیگری در سال 2013 در جمعیت آمریکا با بیماری پنومونی منتشر ارتباط معنی داری وجود نداشته است (9).

VEGF:
یک عامل قوی میتوژنزسلولهای اندوتلیالی و یک واسطه نفوذپذیری عروق می باشد ویک نقش مهمی در آنژیوژنز بازی می کند.سطح بالایVEGF و افزایش تراکم عروق کوچک در تومورها با پیشرفت مرحله بیماری برای چندین نوع تومور بدخیم شامل سرطان سینه در ارتباط است.ژنVEGF روی کروموزوم 6p213قرار گرفته است واز 8 اگزون تشکیل شده است سطحVEGF در سلولهای سرطان سینه افزایش پیدا می کند. (10, 11)
rs2010936:(+405C/G) این جایگاه در منطقه 5ʹUTR VEGFقرار گرفته است .جایگاه 405 با introgenic ovarian hyper stimulation ، دیابت و فشارخون بالا ارتباط معنی داری دارد.(12, 13)همچنین این جایگاه با اندومتروزیس در ایران مرتبط بوده است.(14)این جایگاه در هیچ سرطانی مورد بررسی قرارنگرفته است اما از آنجایی که ژن VEGF با انواع سرطان ها در ارتباط است پلی مورفیسم های موجود در این ژن نیز دارای اهمیت خواهند بود.
rs3025039:) /T (+ 936C این جایگاه ژنی در منطقه VEGF 3ʹUTRقرار دارد.حامل های آلل T در پلی مرفیسم 936C/T با کاهش سطح پلاسمایی VEGF مرتبط هستنداین ژن در بیماری های اختلالات متابولیک از جمله دیابت نوع2 واندوتلیال وسکولاریتیت مرتبط بوده است(15) .در مطالعه ای که بر روی سرطان کولون زنان انجام شد بین این جایگاه و بیماری رابطه معناداری دیده شده است(16). بر اساس یک مطالعه متا آنالیز که روی این جایگاه انجام شده ارتباط این پلی مورفیسم وسرطان های سینه و ریه در جمعیت های مختلف دیده شده است(17). این ژن همچنین در ارتباط با سرطان سلول های سنگفرشی سروگردن و سایر تومورهای نواحی اپیتلیال در ارتباط می باشد.

سوالات و / یا فرضیات پژوهشفراوانی پلی مورفیسم APOBEC3 در زنان مبتلا به سرطان سینه وزنان سالم با هم تفاوت دارد.
فراوانی پلی مورفیسم rs174538 ژن FEN1 در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم با هم تفاوت دارد.
فراوانی پلی مورفیسم rs4246215 ژنFEN1 در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم با هم تفاوت دارد.
فراوانی پلی مورفیسم rs3025039 ژنVEGF در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم با هم تفاوت دارد.
فراوانی پلی مورفیسم rs2010936ژنVEGF در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم با هم تفاوت دارد.
هدف کلی طرحبررسی پلی مورفیسم ژنی APOBEC3 ،FEN1(rs174538،rs4246215)،VEGF(rs3020039،rs2010936 ) در زنان مبتلا به سرطان سینه در مقایسه با زنان سالم

اهداف اختصاصیتعیین فراوانی پلی مورفیسم APOBEC3 در زنان مبتلا به سرطان سینه وزنان سالم
تعیین فراوانی پلی مورفیسم rs174538 ژن FEN1 در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم
تعیین فراوانی پلی مورفیسم rs4246215 ژنFEN1 در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم
تعیین فراوانی پلی مورفیسم rs3025039 ژنVEGF در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم
تعیین فراوانی پلی مورفیسم rs2010936 ژنVEGF در زنان مبتلا به سرطان سینه و زنان سالم
سازمانها، مراکز و موسسات و سایر بهره برداران بالقوه دستاوردهای طرح
تعریف واژه های تخصصی:پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی تغییر در توالی DNAاست که فقط در یک نوکلئوتید رخ می دهد و مشاهده شده است که این تغییرات می تواند در بعضی بیماری ها یک ریسک فاکتور باشد(18, 19).
Deletion : موتاسیون ها می توانند از طریق حذف (دلیسیون) یک یا چند جفت باز نیز بوجود آیند. بعضی حذف ها فقط چند نوکلئوتید را درگیر می کنند و در موارد دیگر یک قطعه اساسی ژن یا تمام یک ژن حذف می شود(20)
نوع مطالعهموردی – شاهدی (case –contorol)
جامعه مورد مطالعه(معرفی مشارکت کنندگان)/ محیط پژوهش(معیارهای ورود و خروج ذکر شوند)کلیه بیماران مبتلا به سرطان پستان که هم اکنون تحت درمان بوده و موارد جدیدی که تشخیص داده شده و مراجعه می کنند. خانم های سالم که مبتلا به سرطان پستان نبوده و بیماری سیستمیک شناخته شده ای ندارند.گروه های مورد و شاهد از لحاظ سن همسان سازی می شود.
حجم نمونه و روش محاسبه آنبرای بررسی پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی و حذف ژنی٬از خانم های مبتلا به سرطان سینه در زاهدان که هم اکنون تحت درمان می باشند به تعداد حداقل170 نفراز نمونه های موجوددر آزمایشگاه بیوشیمی که قبلا جمع آوری شده و دیگر نمونه های جدیدی که مورد مطالعه قرارخواهند گرفت. گروه شاهد از نمونه های خون خانم های سالم که در طرح بررسی شیوع سندرم متابولیک وارد مطالعه شده اند استفاده می شود(حداقل 170 نفر)

روش نمونه گیری(نحوه تخصیص تصادفی و همسانسازی در صورت لزوم ذکر شود)آسان و در دسترس
روش و ابزار جمع آوري داده ها / صحت و استحکام داده ها (پرسشنامه یا فرم اطلاعاتی ضمیمه شود)
روش اجرای طرح(با جزئیات بطور کامل شرح داده شود)برای بررسی پلی مورفیسم و حذف ژنی نمونه خون در 20- درجه سانتیگراد نگهداری می‌شود. DNA نمونه خون افراد گروه شاهد و مورد به روش salting out تخلیص می‌شود. پرایمرهای اختصاصی جهت تعیین پلی مورفیسم ژنی به روش ARMS PCRیا AFLP PCRطراحی می شود. در مرحله بعد شرایط PCR برای تعیین این پلی مورفیسم ها بهینه می شود و سپس پلی مورفیسم ها ی ژنی ذکر شده در نمونه ها با این تکنیک آنالیز می شوند. برای صحت عملکرد پرایمرها از سکانس ژنومی استفاده میشود.درنهایت محصول PCR رابرای تائید روش مورد بررسی الکتروفورز می کنیم..
روش تجزیه، تحليل و توصیف داده‌ها (نمونه‌اي از جدول توخالي ضميمه شود و روش هاي آماري مورد استفاده به طور كامل توضيح داده شود)(کیفی و کمی)پس از گردآوری اطلاعات لازم، یافته هادر نرم افزار آماری SPSS وارد گشته و داده ها بااستفاده از آزمون های آماری χ2 و تی تست مستقل وآزمون logestic regression مورد تجزیه و تحلیل قرار خواهند گرفت
ملاحظات اخلاقی با رضایت کامل از بیماران نمونه گیری می شود و تعهد می شود نام ومشخصات بیماران در هیچ گزارشی قید نشود. انجام آزمایشات هیچ گونه هزینه ای برای بیمار نخواهد داشت(باتوجه به کد های اخلاقی شماره های8،9،11،12،13،15،17،18،1،2،7،
محدودیتهای اجرائی طرح و پیش بینی جهت حل آنهاعدم همکاری بیمار
کلمات کلیدیسرطان سینه،پلی مورفیسم، حذف ژنی
فهرست منابع و مراجع
1. Krippl P, Langsenlehner U, Renner W, Yazdani-Biuki B, Wolf G, Wascher TC, et al. A common 936 C/T gene polymorphism of vascular endothelial growth factor is associated with decreased breast cancer risk. International journal of cancer Journal international du cancer. 2003 Sep 10;106(4):468-71. PubMed PMID: 12845639.
2. Lackey L, Law EK, Brown WL, Harris RS. Subcellular localization of the APOBEC3 proteins during mitosis and implications for genomic DNA deamination. Cell cycle. 2013 Mar 1;12(5):762-72. PubMed PMID: 23388464. Pubmed Central PMCID: 3610724.
3. Long J, Delahanty RJ, Li G, Gao YT, Lu W, Cai Q, et al. A common deletion in the APOBEC3 genes and breast cancer risk. Journal of the National Cancer Institute. 2013 Apr 17;105(8):573-9. PubMed PMID: 23411593. Pubmed Central PMCID: 3627644.
4. Qi G, Xiong H, Zhou C. APOBEC3 deletion polymorphism is associated with epithelial ovarian cancer risk among Chinese women. Tumour biology : the journal of the International Society for Oncodevelopmental Biology and Medicine. 2014 Feb 28. PubMed PMID: 24577894.
5. Chen B, Zhang Y, Wang Y, Rao J, Jiang X, Xu Z. Curcumin inhibits proliferation of breast cancer cells through Nrf2-mediated down-regulation of Fen1 expression. The Journal of steroid biochemistry and molecular biology. 2014 Jan 30;143C:11-8. PubMed PMID: 24486718.
6. Singh P, Yang M, Dai H, Yu D, Huang Q, Tan W, et al. Overexpression and hypomethylation of flap endonuclease 1 gene in breast and other cancers. Molecular cancer research : MCR. 2008 Nov;6(11):1710-7. PubMed PMID: 19010819. Pubmed Central PMCID: 2948671.
7. Abdel-Fatah TM, Perry C, Moseley P, Johnson K, Arora A, Chan S, et al. Clinicopathological significance of human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 (APE1) expression in oestrogen-receptor-positive breast cancer. Breast cancer research and treatment. 2014 Feb;143(3):411-21. PubMed PMID: 24381055.
8. Yang M, Guo H, Wu C, He Y, Yu D, Zhou L, et al. Functional FEN1 polymorphisms are associated with DNA damage levels and lung cancer risk. Human mutation. 2009 Sep;30(9):1320-8. PubMed PMID: 19618370.
9. Chen Y, Zhu M, Zhang Z, Jiang G, Fu X, Fan M, et al. A NEIL1 single nucleotide polymorphism (rs4462560) predicts the risk of radiation-induced toxicities in esophageal cancer patients treated with definitive radiotherapy. Cancer. 2013 Dec 1;119(23):4205-11. PubMed PMID: 24022861.
10. Eroglu A, Ozturk A, Cam R, Akar N. Vascular endothelial growth factor gene 936 C/T polymorphism in breast cancer patients. Medical oncology. 2008;25(1):54-5. PubMed PMID: 18188715.
11. Jacobs EJ, Feigelson HS, Bain EB, Brady KA, Rodriguez C, Stevens VL, et al. Polymorphisms in the vascular endothelial growth factor gene and breast cancer in the Cancer Prevention Study II cohort. Breast cancer research : BCR. 2006;8(2):R22. PubMed PMID: 16613616. Pubmed Central PMCID: 1557725.
12. Nouri K, Haslinger P, Szabo L, Sator M, Schreiber M, Schneeberger C, et al. Polymorphisms of VEGF and VEGF receptors are associated with the occurrence of ovarian hyperstimulation syndrome (OHSS)-a retrospective case-control study. Journal of ovarian research. 2014;7:54. PubMed PMID: 24851136. Pubmed Central PMCID: 4029886.
13. Ray D, Mishra M, Ralph S, Read I, Davies R, Brenchley P. Association of the VEGF gene with proliferative diabetic retinopathy but not proteinuria in diabetes. Diabetes. 2004 Mar;53(3):861-4. PubMed PMID: 14988276.
14. Emamifar B, Salehi Z, Mehrafza M, Mashayekhi F. The vascular endothelial growth factor (VEGF) polymorphisms and the risk of endometriosis in northern Iran. Gynecological endocrinology : the official journal of the International Society of Gynecological Endocrinology. 2012 Jun;28(6):447-50. PubMed PMID: 22128802.
15. Candan F, Yildiz G, Kayatas M. Role of the VEGF 936 gene polymorphism and VEGF-A levels in the late-term arteriovenous fistula thrombosis in patients undergoing hemodialysis. International urology and nephrology. 2014 Sep;46(9):1815-23. PubMed PMID: 24748065.
16. Bae SJ, Kim JW, Kang H, Hwang SG, Oh D, Kim NK. Gender-specific association between polymorphism of vascular endothelial growth factor (VEGF 936 C>T) gene and colon cancer in Korea. Anticancer research. 2008 Mar-Apr;28(2B):1271-6. PubMed PMID: 18505065.
17. Eroglu A, Gulec S, Kurtman C, Cam R, Akar N. Vascular endothelial growth factor 936 C/T polymorphism in cancer patients. Annals of oncology : official journal of the European Society for Medical Oncology / ESMO. 2006 Sep;17(9):1467-8. PubMed PMID: 16600977.
18. Tomas C, Stangegaard M, Borsting C, Hansen AJ, Morling N. Typing of 48 autosomal SNPs and amelogenin with GenPlex SNP genotyping system in forensic genetics. Forensic Sci Int Genet. 2008 Dec;3(1):1-6. PubMed PMID: 19083859. Epub 2008/12/17. eng.
19. Sobrino B, Brion M, Carracedo A. SNPs in forensic genetics: a review on SNP typing methodologies. Forensic Sci Int. 2005 Nov 25;154(2-3):181-94. PubMed PMID: 16182964. Epub 2005/09/27. eng.
20. Dohner H, Fischer K, Bentz M, Hansen K, Benner A, Cabot G, et al. p53 gene deletion predicts for poor survival and non-response to therapy with purine analogs in chronic B-cell leukemias. Blood. 1995 Mar 15;85(6):1580-9. PubMed PMID: 7888675


پیوست ها
hide/show

نام فایل تاریخ درج فایل اندازه فایل دانلود
Chen-2014-Curcumin inhibits pr.pdf1393/08/281094630دانلود
Lackey-2013-Subcellular localiza.pdf1393/08/282568231دانلود
Long-2013-A common deletion in.pdf1393/08/281714095دانلود
MARYAM.docx1393/08/28125633دانلود
137_334_rezayatname akhlagh_hajizadeh.doc1393/08/2888064دانلود
137_334_rezayatname akhlagh_2.doc1393/08/2887552دانلود
proposal eslah shode metodology.docx1393/09/03139102دانلود
proposal4.docx1393/09/08123609دانلود
rezaee-final.docx1393/09/08138935دانلود
eslahie komite akhlakh.docx1393/09/19139424دانلود
eslahie komite akhlakh-1.docx1393/09/24139640دانلود