چاپ صفحه |  صفحه نخست سامانه |  مجری و همکاران |  اطلاعات تفضیلی |  دانلود | علوم پزشکی زاهدان |
| کد طرح | 7152 |
| عنوان فارسی طرح | بررسی فراوانی مولکولار ژنهای عامل توکسین۱ سندرم شوک توکسیک(tst) و مقاومت به متی سیلین(mecA) با روش Multiplex PCR در استافیلوکوک اورئوس جدا شده از بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان |
| عنوان لاتین طرح | Molecular frequency of toxic shock syndrome toxin-1 (tst) and methicillin resistance(mecA) genes by Multiplex PCR in Staphylococcus aureus isolated from educcatinal haspitals of Zahedan |
| نوع طرح | |
| محل اجرای طرح | مدیریت توسعه فناوری سلامت |
| رسته مطالعاتی | مقطعی- توصیفی |
| دانشکده/مرکز | دانشکده پزشکی زاهدان |
| زمان اجرا -روز | 365 |
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح | نوع همکاری | درجهتحصیلی | پست الکترونیک |
|---|---|---|---|---|
| محمد بکائیان | مجری | استاد راهنما | دکترای تخصصی | bokaeian.m@gmail.com |
| شهرام شهرکی زاهدانی | استاد راهنمای دوم پایان نامه دانشجویی | استاد راهنما | دکترای تخصصی | shahram17ir@yahoo.com |
| حامد طهماسبی گزل ابدال | همکار | اجراء طرح | کارشناس ارشد | h.tahmasebi87@yahoo.com |
| مهناز شهرکی پور | مشاور | مشاور آمار | کارشناسی ارشد | mahnaz@gmail.com |
| عنوان | متن |
|---|---|
| خلاصه طرح به فارسی | بررسی فراوانی مولکولار ژنهای عامل توکسین۱ سندرم شوک توکسیک(tst) و مقاومت به متی سیلین(mecA) با روش Multiplex PCR در استافیلوکوک اورئوس جدا شده از بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان |
| خلاصه طرح به لاتین | Molecular frequency of toxic shock syndrome toxin-1 (tst) and methicillin resistance(mecA) genes by Multiplex PCR in Staphylococcus aureus isolated from educcatinal haspitals of Zahedan |
| بيان مسئله تحقيق/اهمیت پژوهش | توکسین ها موادی هستند که توسط موجودات زنده از جمله حیوانات، گیاهان، باکتری ها و قارچها تولید می شوند(1). توکیسن های تولید شده توسط باکتری ها یکی از شایع ترین مواردی است که می توانند در کنار سایر عوامل بیماری زای باکتریایی، باعث بروز یا تشدید بیماری شود(2). از جمله بیماری های ایجاد شده توسط توکسینهای باکتریایی می توان به سندرم شوک توکسیک(Toxic shock syndrome ) TSS اشاره کرد که توسط باکتری استافیلوکوک اورئوس ایجاد می شود و اولین بار توسط Todd و همکارانش معرفی شد(3). این عارضه یک بیماری سیستمی است که تب، افت فشار خون، درد عضلانی، بثورات جلدی و در نهایت پوسته ریزی از دست و پا را به دنبال دارد و توسط سمی به نام( Toxic shock syndrome Syndrom-1)یاTSST-1 ایجاد می شود(4, 5).
TSST-1 پروتیئنی با وزن مولکولی تقریبا 2400دالتون و معمولا توسط سویه های بسیار زیادی از استافیلوکوک اورئوس تولید می شود(6). همچنین می توان این توکسین را از افراد سالم هم جدا کرد(7). این سم جز سوپرآنتی ژنها طبقه بندی می شود که می تواند سیستم ایمنی را با تحریک ازاد سازی سایتوکاینهای مختلف، تحت تاثیر قرار دهد(8, 9). عامل تولید این توکسین ژن tst می باشد که می تواند بین سویه های مختلف استافیلوکوک اورئوس به راحتی منتقل شود(10) مهمترین سویه های استافیلوکوک اورئوس می توان به استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی سیلین(Methicillin Resistant Staphylococcus aureus)یا MRSA اشاره کرد(11) MRSA یکی از رایجترین سویه های استافیلوکوک اورئوس در ایجاد عفونت بیمارستان هاست که پیوسته پزشکان را با مشکلاتی در زمینه درمان مواجه می کند(12). اولین موردMRSA در سال 1950گزارش شد و از سال 1980 در بیمارستانها اندمیک شد(13). شیوع بالای این سویه در نمونه های بالینی باعث اهمیت روز افزون این باکتری در سالهای اخیر شده است(14). در یک بررسی انجام شده توسط Taylor در سال 2006 در آمریکا، مشخص شد این باکتری سهم بسیار بالایی در ایجاد عفونتهای بیمارستانی را دارد(15). فراوانی سویه های MRSA در کشورهای آسیایی نظیر چین، کره و تایوان بیش از 70درصد، در آمریکاری شمالی بیش از 50درصد، در اروپا20درصد و در ایران حدود 50 درصد می باشد (16). MRSA علاوه بر ایزوله های مربوط به انسان، از ایزوله های مربوط به مرغداری ها هم جدا شده است (17) MRSA علاوه بر بیمارستان، در جامعه هم قابل ردیابی است که این مورد خطر گسترش این سویه را بیش از پیش افزایش می دهد(18). به طور کلی MRSA در بیمارستانهای همه کشورها بجز اسکاندیناوی و هلند اندمیک شده است که مطالعه بر روی این سویه را به یک موضوع مهم جهانی تبدیل کرده است(19). مکانیسم اصلی مقاومت به متی سیلین در استافیلوکوک اورئوس مربوط به تولید پروتئینی به نام PBP2 می باشد که میل ترکیبی کمی با بتا لاکتام ها دارد و سبب مقاومت به بتا لاکتام ها می گردد(20). PBP4و PBP2A انواع دیگری از PBP هستند که به دلیل اهمیت PBP2 در ایجاد مقاومت به متی سیلین، به این پروتئین بیشتر پرداخته می شود(21).تولید این پروتئین با ژنهای mec موجود بر روی کروموزوم باکتری مرتبط است(22). حضور ژن mecA منجر به بروز استافیلوکوک اورئوس های مقاوم به متی سیلین می شود(23). ژن mecA بر روی یک المنت ژنتیکی سیار قرار دارد که به آن کاست کروموزومی mec استافیلوکوکی (Staphylococcus Casset Cromosom mec) می گویند(24). از آنجایی که بخش عمده ایی از کارکنان شاغل در بیمارستان حامل این باکتری در پوست خود هستند، می توانند آن را به راحتی به سایرین منتقل نموده و سبب گردش سویه های خطرساز مولد TSST-1شوند(25). از طرفی انتقال افقی ژن tst به واسطه عناصر متحرک ژنتیکی در کنار گردش مقاومت آنتی بیوتیکی بین سویه های استافیلوکوک اورئوس می تواند باعث بروز مشکلاتی زیادی در سیر درمان و افزایش بیماری زایی شود(26). بالا بودن شیوع بیمارستانی MRSA در دنیا و اهمیت تشخیص این سویه در سیر درمان و جلوگیری از تجویز بی مورد آنتی بیوتیک، اهمیت تشخیص این سویه های بیش از پیش مطرح می شود. از این رو روشهای سنجش باید دارای حساسیت و اختصاصیت بالایی داشته باشد(27). روش های مختلفی برای شناسایی MRSA وجود دارد که از آن جمله می توان به تکثیر ژن mecA توسط PCR و بررسی الگوی مقاومت به اگزاسیلین و سفوکسیتین توسط روش دیسک دیفیوژن اشاره کرد(28). در آزمایشگاه های بالینی معمولا از روشهای فنوتیپی برای تشخیص MRSA استفاده می شود که حساسیت بالایی ندارند و فاکتورهای مختلفی مانند زمان انکوباسین، دمای انکوباسیون، آنتی بیوتیک بتا لاکتام مورد تست، PH محیط کشت و غلظت نمک، تاثیر زیادی در بیان ژن مقاومت و در نتیجه شناسایی باکتری دارد(28) از این رو تست هایی که بر اساس تشخیص ژنوتیپی می باشند، دقت بیشتری نسبت به روش های فنوتیپی دارند. ژن mecA در استاف اورئوس به خوبی حفظ شده و تشخیص این ژن توسط PCR به عنوان روش استاندارد طلایی مطرح است(29) برای جداسازی TSST1 هم می توان از روشهای فنوتیپی و ژنوتیپی کمک گرفت. روشهای فنوتیپی معمولا توکسین موجود در خون را مورد شناسایی قرار می دهند و وابسته به ترشح شدن توکسین به داخل خون می باشد. مشکل این روش در بروز تاخیر در شناسایی سویه های عامل تولید توکسین می باشدکه نمی توان قبل از بروز بیماری آن را از بیمار جدا کرد. اما روشهای مولکولی به بررسی ژن tst در سویه های جدا شده می پردازند و می توان با قطعیت بالا سویه های دارای توانایی تولید TSST1 را شناسایی کرد. بصورت فنوتیپی روش Enzyme-Linked Immunosorbent Assayیا (ELISA) دارای حساسیت مناسبی است که در کنار روش مولکولی می توان از ان استفاده کرد(30). برای شناسایی ژن tst هم از روش معمول PCR استفاده می شود که دارای حساسیت بالایی می باشد(31) در مواقعی که بررسی دو یا چند مورد مطالعه قرار می گیرد می توان از تکنیک های PCR استفاده کرد تا در کنار سرعت بخشیدن به کار، دقت و نتیجه را هم افزایش داد . multiplex PCR تکنیکی است که به کمک آن می توان دو یا چند ژن را بطور همزمان مورد مطالعه قرار داد(30). برای شناسایی ژن تولید کننده توکسین1 سندرم شوک توکسیک و ژن عامل مقاومت به متی سیلین در استافیکوکهای اورئوس می توان از این روش استفاده کرد(32) در این روش حساسیت بهتری نسبت به PCR دارد، به طوری که در مطالعه Mehrotra و همکاران میزان فراوانی ژنtst حدود46درصد گزارش شده است(30) در بررسی ژن mecA هم این روش دارای حساسیت مناسبی است و در مطالعات Khosravi و همکاران که در سال 2014 در اهواز انجام شد، در مقایسه به روشهای معمول مبتنی بر PCR دارای ارزش تشخیصی بالاتری می باشد(33) در سال 2000 Mehrotra و همکاران طی مطالعاتی نشان دادند که می تواند رابطه ایی بین ژن tst و ژن mecA در سویه های MRSA وجود داشته باشد که حدود 24درصد بیان شده است(30) Ito و همکاران نیز در یک مطالعه مورد-شاهدی در سال ۲۰0۲ در ژاپن نشان دادند که در بین MRSA ها ژن tst می تواند حضور داشته باشد(34) در سال 2005 Jamart و همکاران هم سویه های مقاوم به متی سیلینی را گزارش کردند که حاوی ژن عامل تولید توکسین1 سندروم شوک توکسیک بودند (35) در سال 2006 هم Durand و همکاران در فرانسه ژن tst را بر روی سویه های MRSA مورد بررسی قرار دادند که حدود 15درصد سویه ها حاوی این ژن بودند(36). در سال 2007 Walden و همکاران هم مطالعاتی در این زمینه انجام دادند(37) در مطالعات Teyhoo و همکاران در سال 2010 در تبریز که با تکنیک واکنش زنجیره ایی پلی مراز(PCR) به بررسی وجود ژن tst پرداخته بودند، که 20 درصد جدایه ها دارای ژن مربوطه مقاوم به متی سیلین بودند(38) Hisata و همکاران هم در سال 2011نشان دادند که درصد بالایی از MRSA ها دارای ژن tst هستند(39) Tokajian و همکاران هم در سال 2011 درصد MRSAهای حامل ژن tst را حدود10درصد بیان کردند(40) در مطالعات Kazemian و همکاران در سال 2012در اراک هم حدود35درصد از موارد مورد بررسی حاوی ژنtst بودند که همگی به متی سیلین مقاومت داشتند(41).طی بررسی های انجام شده توسط Lee و همکاران در سال 2013 میزان فراوانی این ژن بین سویه هایی که به آنتی بیوتیک متی سیلین مقاومت پیدا کرده، بیشتربوده است(42). Chemother و همکاران هم در سال 2013 دریک مطالعه مروری شیوع این ژن در MRSA را حدود10درصد بیان کردند. در بررسی های Mamishi و همکاران در سال در 2014در تهران هم 12درصد از جدایه های MRSA دارای ژن tst گزارش شده بودند(43). در مطالعات Tsen و همکاران که به بررسی ژنهای عوامل بیماری زا در سویه MRSA پرداخته شده بود، حدود8درصد از سویه ها دارای ژن tst گزارش شده بودند(44). در بررسی Sauer و همکاران به بررسی ارتباط بین مقاومت به متی سیلین و فاکتورهای بیماری زای خارج سلولی پرداخته شده است. در این مطالعه حدود6درصد از سویه های MRSA دارای ژن tst بودند(45). در مطالعات Tristan و همکاران هم به بررسی وجود ژن tst در نمونه های استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی سیلین جمع آروی شده از بیمارستان و جمع آوری شده از جامعه پرداخته شده است که احتمال حمل ژن tst توسط سویه های MRSA ثابت شده است (26). Mehrotra و همکاران هم با بررسی هم زمان mecA و tst که به ترتیب عامل مقاومت به متی سیلین و تولید توکسین1 سندرم شوک توکسیک هستند، در استافیلوکو اورئوس به بررسی ارتباط فراوانی این دو ژن پرداخته اند و حدود24درصد از سویه های MRSA توانایی حمل ژن تولید کننده TSST1 را دارا می باشند(30). در یک مطالعه مروری هم توسط DeVries و همکاران به بررسی اپیدمیولوژی و شناسایی مولکولی ژنtst در سویه های MRSA پرداخته شد(46) با توجه به شیوع روز افزون عفونتهای بیمارستانی ناشی از استافیلوکوک اورئوس و مقاومت بیش از پیش باکتری به آنتی بیوتیکهای مختلف و انتقال ژنهای عامل مقاومت بین سویه ها، و همچنین گسترش ژنهای کد کننده توکسین TSST-1 ، بر آن شدیم تا در این مطالعه به بررسی وجود ژنهای tst و mecA در جدایه های بدست امده از بیمارستانهای شهر زاهدان پردازیم. |
| سوالات و / یا فرضیات پژوهش | 1. تعیین توزیع فراوانی سویه های استافیلوکوکهای اورئوی مقاوم به متی سیلین به روش فنوتیپی در بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان چگونه است؟
2. تعیین توزیع فراوانی سویه های استافیلوکوکهای اورئوس دارای ژن mecA به روش ژنوتیپی در بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان چگونه است؟ 3. تعیین توزیع فراوانی سویه های استافیلوکوکهای اورئوس دارای ژنtst در بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان چگونه است؟ 4. تعیین subtypes در ژنهای tst و mecA با استفاده از توالی نوکلئوتیدی ژنها چگونه است؟ |
| هدف کلی طرح | تعیین فراوانی مولکولار ژنهای عامل توکسین-۱ سندرم شوک توکسیک(tst) و مقاومت به متی سیلین(mecA) با روش Multiplex PCR در سویه های استافیلوکوک اورئوس جدا شده از بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان |
| اهداف اختصاصی | 1- تعیین توزیع فراوانی سویه های استافیلوکوکهای اورئوی مقاوم به متی سیلین به روش فنوتیپی در بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان....
2- تعیین توزیع فراوانی سویه های استافیلوکوکهای اورئوس دارای ژن mecA به روش ژنوتیپی در بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان...... 3- تعیین توزیع فراوانی سویه های استافیلوکوکهای اورئوس دارای ژنtst در بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان...... 4- تعیین subtypes در ژنهای tst و mecA با استفاده از توالی نوکلئوتیدی ژنهای دخیل در تولید توکسین و بروز مقاومت |
| سازمانها، مراکز و موسسات و سایر بهره برداران بالقوه دستاوردهای طرح | مراکز خدمات بهداشتی-درمانی وابسته به دانشگاه علوم پزشکی زاهدان |
| تعریف واژه های تخصصی | multiplex PCR: تکنیکی برای همانندسازی مصنوعی DNA که شرایط لازم برای تحقیق برروی ژنوم موجود را فراهم می کند که می توان دو یا چند ژن را بطور همزمان مورد برری قرار داد(32)
سوپر آنتی ژن: زﻣﺎﻧیکﻪ ﺳیﺴﺘﻢ ایﻤﻨی ﺑﺎ یک ﺁﻧﺘی ژن واﺑﺴﺘﻪ ﺑﻪ ﺗیﻤﻮس ﺑﺮﺧﻮرد ﻣی کند ﺗﻨﻬﺎ ﺑﺨﺶ کوچکی از ﻟﻤﻔﻮﺳیﺘﻬﺎیT ﻗﺎدر ﺑﻪ ﺗﺸﺨیﺺ و ﻓﻌﺎل ﺷﺪن هستند . اﻣﺎ ﺗﻌﺪادی ﺁﻧﺘی ژن وﺟﻮد دارﻧﺪ که ﻗﺎدرﻧﺪ ﺑﺨﺶ ﺑﺰرﮔی از ﺟﻤﻌیﺖT ﻟﻤﻔﻮﺳیﺖ را ﻓﻌﺎل کنند(تا٢۵درﺻﺪ). ﺑﻪ ایﻦ آنتی ژﻧﻬﺎ ﺳﻮﭘﺮ ﺁﻧﺘی ژن می گویند(47) متی سیلین: این دارو که در سال ۱۹۵۹ ساخته شد امروزه از لیست دارویی خارج شده و جایگزینهای بهتری همچون سفوکسیتین از آن در دسترس است(28). |
| نوع مطالعه | توصیفی- مقطعی |
| جامعه مورد مطالعه(معرفی مشارکت کنندگان)/ محیط پژوهش(معیارهای ورود و خروج ذکر شوند) | نمونه های مختلف بالینی( ادرار، خون، زخم، ترشحات مخاط و ...) جمع آوری شده از آزمایشگاه بیمارستانهای آموزشی شهر زاهدان
معیار ورود: میکروبی بودن نمونه های مورد بررسی . معیار خروج: غیر میکروبی بودن نمونه ها(نمونه های انگلی و .... ) |
| حجم نمونه و روش محاسبه آن | با توجه به مطالعات انجام شده(41) و با سطوح اطمینان 95درصد حجم نمونه به شرح ذیل محاسبه گردیده است:
P= 5/6 % d =0/035 Z1 ─ α⁄2 = 96/1 یعنی حداقل حجم نمونه 170 سویه براورد شده است. |
| روش نمونه گیری(نحوه تخصیص تصادفی و همسانسازی در صورت لزوم ذکر شود) | نمونه های غیرتصادفی در دسترس |
| روش و ابزار جمع آوري داده ها / صحت و استحکام داده ها (پرسشنامه یا فرم اطلاعاتی ضمیمه شود) | نمونه های جدا شده ، پس از تشخیص گونه توسط روش های تشخیص میکروبی، جهت تعیین فنوتیپی مقاومت به متی سیلین و هم چنین شناسایی ژنهای mecA و tst مورد بررسی قرار می گیرند.(فورم مورد نظر پیوست شده است). |
| روش اجرای طرح(با جزئیات بطور کامل شرح داده شود) | پس از جمع آوری نمونه از بخشهای مختلف بیمارستان های آموزشی وابسته به دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، آنها را بر روی محیطهای بلادآگاد(Merck) حاوی5درصد خون گوسفند کشت داده و کلنیهای شبه به کلنی های استاف را استخراج کرده و بعد از این مرحله، برای تعیین نوع جنس و گونه باکتری از روشهای گرم، کاتالاز، کواگولاز، DNase، تخمیر قند مانیتول استفاده می شود که در نهایت 170نمونه استافیلکوک اورئوس جداسازی خواهد شد(48) سپس برای تایید تست های بیوشیمایی از تست های ژنوتیپی مبنتی بر PCR استفاده خواهد شد. MultiPelex PCR تکنیکی است که در آن می توان چند ژن را به طور هم زمان مورد بررسی قرار داد. در این مطالعه برای MultiPelex PCR دو ست پرایمر طبق رفرنس مورد نظر(25) تعیین شد. که ست اول مربوط به ژن femA و ست دوم مربوط به ژنهای mecA و tst می باشد.
برای یافتن ژن های مورد بررسی ابتدا باید DNA باکتری را استخراج کرد. برای دقت بخشیدن به کار از کیتهای استراج DNA استفاده می شودکه این روش کمی گرانتر اما دقت بالاتری دارد. برای استخراج DNA روشهای متفاوتی وجود دارد روش جوشاندن از مقرون به صرفه ترین روشهاست. اما در مقابل استخراج توسط کیت دارای ضریب خطای بالاتری می باشد. برای استخراج DNA از کیت استخراج ژنوم( No: K-3032 شرکت Bioneer کره جنوبی) استفاده می شود. ایزوله ها را در محیط (LB) Luria Broth کشت داده وبه مدت 24 ساعت در دمای 37 درجه، انکوبه می کنیم. سپس 1 سی سی از کشت باکتری مورد نظر را در میکروتیوب ریخته و با دور 4500 به مدت 10 دقیقه سانتریفوژ می کنیم. مایع رویی را دور می ریزیم و 100 میکرولیتر G+ Prelysis buffer و 20 میکرولیتر لیزوزیم به رسوب مورد نظر اضافه کرده و خوب مخلوط می کنیم. بعد از این کار در دمای 37 درجه به مدت 30 دقیقه انکوبه می کنیم. سپس 10 میکرولیتر آنزیم ریبوتیناز به آنها اضافه می کنیم و بعد از مخلوط کردن آنها، در دمای 55 درجه به مدت 30 درجه انکوبه می کنیم. سپس مطابق دستور العمل کیت مورد نظر به ترتیب بافر لیز کننده و Precipitation solution ، انتقال به تیوب جدید و اضافه کردن محلول شستشو و Elution buffer مایع حاوی DNA بدست خواهد آمد. به منظور تایید DNA استراج شده از نمونه ها، DNA نمونه های را در اگارز 10درصد الکتروفورز می کنیم. DNA های بدست آمده در دمای -20 درجه برای انجام PCR موقتا ذخیره سازی خواهند شد.(49). با کمک تکنینک MultiPelex PCR با استفاده از پرایمر (تهیه شده از شرکت تکاپوزیست) bp 132برای ژن femA به بررسی ژنوتیپی استافیلوکوک اورئوس می پردازیم. تمامی پرایمرها از شرکت تکاپوزیست تهیه می شوند) که بعنوان مارکر تشخیصی ژنتیکی استافیلوکوک اورئوس می باشد، ساخته شده و نمونه ها با روش زنجیره ایی پلیمراز (PCR) مورد بررسی قرار خواهند گرفت و تایید گرفت. بعد از تعیین جنس و گونه باکتری، با استفاده از روشهای فنوتیپی ژنوتیپی به تعیین استاف اورئوسهای مقاوم به متی سیلین( Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus) MRSA می پردازیم. در این مطالعه به دلیل بالا بودن حساسیت و ویژگی دو دیسک آنتی بیوتیکی اوگزاسیلین و سفوکسیتین( شرکت MAST انگلستان) در کنار مقرون به صرفه بودن ، از این دو روش برای تعیین فنوتیپی استفاده خواهد شد(40) در روش دیسک انتشاری ابتدا یک سوسپانسیون باکتری از کشت 12 یا 24ساعته با کدورتی معادل 5/0 مک فارلند تهیه می کنیم و از این سوسپانسیون روی محیط مولر هیلتون(Merck) کشت می دهیم. سپس دیسکهای اوگزاسیلین1 میلی گرم و سفوکسیتین 30میلی گرم را با یک پنس استریل بر روی محیط قرار داده و به مدت 24ساعت آن را داخل انکوباتور قرار میدهیم(). در صورتی که قطر هاله ایجاد شده نسبت به دیسک اگزاسیلین بیشتر از 21 میلی متر و نسبت به دیسک سفوکسیتین بیشتر از 13 میلی متر باشد به عنوان به عنوان استاف اورئوس حساس به متی سیلین در نظر گرفته خواهند شد و در صورتی که قطر هاله نسبت به دیسک اگزاسیلین کمتر از 21 میلی متر و نسبت به دیسک سفوکسیتین کمتر از 13 میلی متر باشد، نمونه استاف اورئوس مقاوم به متی سیلین گزارش خواهد شد. این روش ، روش توصیه شده ی انیستیتو استاندارد آزمایشگاه بالینی(National Clinical Laboratory Institute) می باشد. در این روند شناسایی از سویه ATCC33591 به عنوان سویه استاندارد کنترل مثبت و از سویه استاندارد ATCC25923 برای کنترل منفی استفاده خواهد شد(39) در کنار روش فنوتیپی، روش ژنوتیپی از قدرت تشخیصی بالاتری برخوردار است و به عنوان گلداستاندارد تعیین MRSA ها در کارهای تحقیقی کاربرد دارد. برای یافتن ژن mecA جهت تعیین MRSA هم به این صورت عمل می شود: ست اول شامل 200میکرومول ترکیبات دی اوکسی نوکلئورید تری فسفات، 5میکرولیتر از بافر 10برابر غلیظ شده(100mM Tris-HCl [pH 8.3], 500 mM KCl)، 1.5میلی مول MgC2 ، 20 پیکوکول از پرایمر مورد نظر ، U2.5 هم Taq DNA Polymeras و نسبت 10 به 1000 نانوگرم از DNA الگو. و در نهایت با 50میکرولیتر آب مقطر به مخلوص اضافه می کنیم. مخلوط ست B هم مانند مخلوط ست A می باشد با این اختلاف که بجای 1.5میلی مول MgCl2 مقدار 2میلی مول به ست B اضافه می کنیم. از پرایمر زیر برای ردیابی ژنmecA استفاده خواهد شد: برای یافتن ژن tst هم از پرایمر زیر استفاده خواهد شد: |
| روش تجزیه، تحليل و توصیف دادهها (نمونهاي از جدول توخالي ضميمه شود و روش هاي آماري مورد استفاده به طور كامل توضيح داده شود)(کیفی و کمی) | با استناد به روشهای آمار توصیفی، یعنی تنظیم جداول فراوانی، رسم نمودار، تعیین شاخص درصد، داده ها پس از ورود به نرم افزار SPSS ، تجزیه و تحلیل خواهند شد.
فراوانی تعداد درصد مقاومت به متی سیلین به روش فنوتیپی دارا بودن ژن mecA دارا بودن ژن tst |
| ملاحظات اخلاقی | کدهای دفترچه راهنمای عمومی اخلاق در پژوهشهای علوم پزشکی دارای آزمودنی انسانی:
1-2-3-4-5-7-8-10-11-14-19-20-25-26-27-28-29-30-31 |
| محدودیتهای اجرائی طرح و پیش بینی جهت حل آنها | مشکل تهیه مواد و امکان طولانی شدن دریافت آنها
راه حل:تصویب سریع تر طرح ودریافت بودجه آن |
| کلمات کلیدی | TSST-1 – MRSA – Staphylococcus |
| فهرست منابع و مراجع | 1. Ranjbar R. A review of different methods used for detection of toxins. Journal of Military Medicine. 2008;10(1):1-10. 2. Humphreys H. Role of enterotoxins and toxic shock syndrome toxin in systemic staphylococcus aureus infection. Infectious Diseases Newsletter. 1993;12(3):17-20. 3. Quan L, Morita R, Kawakami S. Toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1) antibody levels in Japanese children. Burns. 2010;36(5):716-21. 4. Goyache J, Ruiz-Santa Quiteria JA, Orden JA, Hernandez FJ, Gomez-Lucia E, de la Fuente R, et al. TSST-1 production by Staphylococcus aureus subsp. anaerobius. Research in microbiology. 1990;141(9):1073-6. 5. Burd A. Toxic shock syndrome in paediatric burns: a peculiarly British malady or a malady of peculiar British? Burns. 2005;31(7):937-8. 6. Deurenberg RH, Nieuwenhuis RF, Driessen C, London N, Stassen FR, van Tiel FH, et al. The prevalence of the Staphylococcus aureus tst gene among community- and hospital-acquired strains and isolates from Wegener's Granulomatosis patients. FEMS microbiology letters. 2005;245(1):185-9. 7. Aslanimehr M, Tavakoli M, Peymani A, Javadi A. Frequency of tst, entB and entC genes in clinical isolates of staphylococcus aureus isolated from Teaching Hospitals in Qazvin, Iran. Pejouhesh. 2013;37(1):62-6. 8. Macias ES, Pereira FA, Rietkerk W, Safai B. Superantigens in dermatology. Journal of the American Academy of Dermatology. 2011;64(3):455-72; quiz 73-4. 9. Chung JW, Karau MJ, Greenwood-Quaintance KE, Ballard AD, Tilahun A, Khaleghi SR, et al. Superantigen profiling of Staphylococcus aureus infective endocarditis isolates. Diagnostic microbiology and infectious disease. 2014;79(2):119-24. 10. Dumitrescu O, Dauwalder O, Gillet Y, Vandenesch F, Etienne J, Lina G, et al. Les infections communautaires à Staphylococcus aureus en pédiatrie : émergence des staphylocoques dorés résistants à la méticilline d’origine communautaire. Revue Francophone des Laboratoires. 2008;2008(407):71-80. 11. Lozano C, Porres-Osante N, Crettaz J, Rojo-Bezares B, Benito D, Olarte I, et al. Changes in genetic lineages, resistance, and virulence in clinical methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a Spanish hospital. Journal of infection and chemotherapy : official journal of the Japan Society of Chemotherapy. 2013;19(2):233-42. 12. Tenover FC. VRSA, VISA, and GISA: The dilemma behind the name game. Clinical Microbiology Newsletter. 2000;22(7):49-53. 13. Quirk M. First VRSA isolate identified in USA. The Lancet Infectious Diseases. 2002;2(9):510. 14. Agnoletti F, Mazzolini E, Bacchin C, Bano L, Berto G, Rigoli R, et al. First reporting of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) ST398 in an industrial rabbit holding and in farm-related people. Veterinary microbiology. 2014;170(1-2):172-7. 15. Taylor AR. Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus Infections. Primary Care: Clinics in Office Practice. 2013;40(3):637-54. 16. Khazaei S, Pourtahmaseby P, Kanani M, Madani SH, Malekianzadeh E. Staphylococcus Aureus Resistance to Vancomycin: A Six Years Survey,(2006-2012) {Farsi}. Medical Journal of Tabriz University of Medical Sciences and Health Services. 2013;35:40-5. 17. Musharrafieh R, Tacchi L, Trujeque J, LaPatra S, Salinas I. Staphylococcus warneri, a resident skin commensal of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) with pathobiont characteristics. Veterinary microbiology. 2014;169(1-2):80-8. 18. Sfeir M, Obeid Y, Eid C, Saliby M, Farra A, Farhat H, et al. Prevalence of Staphylococcus aureus methicillin-sensitive and methicillin-resistant nasal and pharyngeal colonization in outpatients in Lebanon. American journal of infection control. 2014;42(2):160-3. 19. Khalili MB, Moshref M, Sharifi M, Sadeh M, Sazmand A. Prevalence Of Staphylococcus Aureus (SA) And Methicillin Resistant Staphylococcus Aureus (MRSA) In Personnel Of Operation Room Of Shahid Sadoughi Hospital, Yazd, Iran Payavard Salamat. 2013;6(5):392-402. 20. Ouchenane Z, Smati F, Rolain JM, Raoult D. Molecular characterization of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates in Algeria. Pathologie-biologie. 2011;59(6):e129-32. 21. Leski TA, Tomasz A. Role of penicillin-binding protein 2 (PBP2) in the antibiotic susceptibility and cell wall cross-linking of Staphylococcus aureus: evidence for the cooperative functioning of PBP2, PBP4, and PBP2A. Journal of bacteriology. 2005;187(5):1815-24. 22. GV004 Genomics of Staphylococcus aureus strains displaying intermediate resistance to vancomycin. International Journal of Medical Microbiology Supplements. 2003;293, Supplement 36(0):153-4. 23. Levitt GA. Infection control for MRSA in a psychiatric hospital. General hospital psychiatry. 2014;36(4):422-4. 24. Abdollahi A, Koohpayeh SA, Najafipoor S, Mansoori Y, Abdollahi S, Jaafari S. Evaluation of drug Resistance and Staphylococcal cassette chromosome (SCCmec) types among methicillin-Resistant Staphylococcus aureus(MRSA). 2. 2012;1(1):47-52. 25. Shimizu T, Yamamoto Y, Hosoi T, Kinoshita K, Tokuda Y. MRSA toxic shock syndrome associated with surgery for left leg fracture and co-morbid compartment syndrome. Journal of Acute Disease. 2014;3(1):82-4. 26. Tristan A, Ferry T, Durand G, Dauwalder O, Bes M, Lina G, et al. Virulence determinants in community and hospital meticillin-resistant Staphylococcus aureus. The Journal of hospital infection. 2007;65 Suppl 2:105-9. 27. Soltani B, Taghavi Ardakani A, Moravveji A, Erami M, Haji Rezaei M, Moniri R, et al. Risk Factors for Methicillin Resistant Staphylococcus aureus Nasal Colonization of Healthy Children. Jundishapur J Microbiol. 2014;7(9):e20025. 28. M R, MR, PA, MG. Diagnostic value of cefoxitin susceptibility test compared with other diagnostic methods of methicillin resistant Staphylococcus aureus Feyz, Journal of Kashan University of Medical Sciences. 2013;17(4):394-9. 29. Rezazadeh M, RYM, Hs, Ghaznavi-Rad E. Comparison of Disk Diffusionand "PCR" methods for determination of Methicillin- resistant Staphylococcus Aureus (MRSA) strains Arak University of Medical Sciences. 2014;17(3):280-9. 30. Mehrotra M, Wang G, Johnson WM. Multiplex PCR for Detection of Genes for Staphylococcus aureus Enterotoxins, Exfoliative Toxins, Toxic Shock Syndrome Toxin 1, and Methicillin Resistance. Journal of Clinical Microbiology. 2000;38(3):1032-5. 31. Daghistani HI, Issa AA, Shehabi AA. Frequency of nasal and wound isolates of Staphylococcus aureus associated with TSST-1 production in Jordanian population. FEMS Immunology and Medical Microbiology. 2000;27(2):95-8. 32. Hwang SY, Kim SH, Jang EJ, Kwon NH, Park YK, Koo HC, et al. Novel multiplex PCR for the detection of the Staphylococcus aureus superantigen and its application to raw meat isolates in Korea. International Journal of Food Microbiology. 2007;117(1):99-105. 33. Montazeri EA, Khosravi AD, Jolodar A, Ghaderpanah M, Azarpira S. Identification of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains isolated from burn patients by multiplex PCR. Burns. (0). 34. Ito Y, Toda K, Shimazaki M, Nakamura T, Funabashi Yoh M, Morita E. Staphylococcal scalded-skin syndrome in an adult due to methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Journal of Infection and Chemotherapy. 2002;8(3):256-61. 35. Jamart S, Denis O, Deplano A, Tragas G, Vandergheynst A, De Bels D, et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus Toxic Shock Syndrome. Emerging Infectious Diseases. 2005;11(4):636-7. 36. Harrison LM, Morris JA, Bishop LA, Lauder RM, Taylor CAM, Telford DR. Detection of specific antibodies in cord blood, infant and maternal saliva and breast milk to staphylococcal toxins implicated in sudden infant death syndrome (SIDS). FEMS Immunology and Medical Microbiology. 2004;42(1):94-104. 37. Walden A, Harriet H, Alyaqoobi M. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus toxic shock syndrome. Journal of Infection. 2008;56(2):161-2. 38. Teyhoo M, Mobin H, Mozafari N A, Moadab S R, Sedigh Bayan KH, Mones Rast SH. The Prevalence of Toxin Shock Syndrome oxin ( TSST-1) Producing Clinical Isolates of Staphylococcus aureus StrainsIsolated from Shohada Hospital in Tabriz, Iran. Medical Laboratory Journal. 2011;5(1):38-44. 39. Hisata K, Ito T, Matsunaga N, Komatsu M, Jin J, Li S, et al. Dissemination of multiple MRSA clones among community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus infections from Japanese children with impetigo. Journal of infection and chemotherapy : official journal of the Japan Society of Chemotherapy. 2011;17(5):609-21. 40. Tokajian S, Haddad D, Andraos R, Hashwa F, Araj G. Toxins and Antibiotic Resistance in Staphylococcus aureus Isolated from a Major Hospital in Lebanon. ISRN Microbiology. 2011;2011:812049. 41. Hamid Kazemian EGR, Alireza Japoni-nejad, Mohsen Rezazade, Mahsa Tabibnejad. . The frequency of etA etB, tsst-1virulence genes in community associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolated from Arak University of Medical Sciences. 2012. 42. Lee SC, Lee CW, Shih HJ, Chiou MJ, See LC, Siu LK. Clinical features and risk factors of mortality for bacteremia due to community-onset healthcare-associated methicillin-resistant S. aureus. Diagnostic microbiology and infectious disease. 2013;76(1):86-92. 43. Sabouni FM, Shima Bahador, Abbas Pourakbari, Babak Sadeghi, Reihaneh Hosseinpour Ashtiani, Mohammad Taghi Haghi Nikmanesh, Bahram Mamishi, Setareh. Virulence Factors of Staphylococcus aureus Isolates in an Iranian Referral Children's Hospital. Osong Public Health and Research Perspectives. 2014;5(2):96-100. 44. Tsen HY, Yu GK, Wang KC, Wang SJ, Chang MY, Lin LY. Comparison of the enterotoxigenic types, toxic shock syndrome toxin I (TSST-1) strains and antibiotic susceptibilities for enterotoxigenicStaphylococcus aureusstrains isolated from food and clinical samples. Food Microbiology. 1998;15(1):33-41. 45. Sauer P, Sila J, Stosova T, Vecerova R, Hejnar P, Vagnerova I, et al. Prevalence of genes encoding extracellular virulence factors among meticillin-resistant Staphylococcus aureus isolates from the University Hospital, Olomouc, Czech Republic. Journal of medical microbiology. 2008;57(Pt 4):403-10. 46. DeVries AS, Lesher L, Schlievert PM, Rogers T, Villaume LG, et al. (2011) Staphylococcal Toxic Shock Syndrome 2000–2006: Epidemiology, Clinical Features, and Molecular Characteristics. PLoS ONE 6(8): e22997. doi:10.1371/journal.pone.0022997 47. Grumann D, Nubel U, Broker BM. Staphylococcus aureus toxins--their functions and genetics. Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases. 2014;21:583-92. 48. Mradaneh SSSKKA. Antibiotic Resistance Pattern of Staphylococcus aureus Strains Isolated from Personnel of Jahrom Hospitals in 2012. Armaghane-danesh, Yasuj University of Medical Sciences Journal. 2013;18(10). 49. ghorbani Tazhandare S, Imani Fooladi AA, Nourani MR. Prevalence of methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus By Disk Diffusion And Molecular Methods In ICU And Emergency Sections In One Of Educational Hospital Tehran. Urmia Medical Journal. 2013;24(2):110-20. |
| نام فایل | تاریخ درج فایل | اندازه فایل | دانلود |
|---|---|---|---|
| 1.pdf | 1393/09/26 | 186673 | دانلود |
| 2.pdf | 1393/09/26 | 358050 | دانلود |
| 0.pdf | 1393/09/27 | 1488251 | دانلود |
| New Microsoft Word Document (2).docx | 1393/09/27 | 12909 | دانلود |
| Payannameh MecA & TSST-1_001.jpg | 1393/09/27 | 170060 | دانلود |
| Propozal. final.eslah shode metodology.doc | 1393/10/02 | 647680 | دانلود |
| 01.jpg | 1393/10/02 | 82780 | دانلود |
| 02.jpg | 1393/10/02 | 87624 | دانلود |
| 03.jpg | 1393/10/02 | 59353 | دانلود |
| 04.jpg | 1393/10/02 | 51763 | دانلود |
| 05.jpg | 1393/10/09 | 81690 | دانلود |
| Propozal. final.eslah shode metodology2.doc | 1393/10/12 | 655872 | دانلود |
| Propozal. final.eslah shode metodology3.doc | 1393/10/20 | 653824 | دانلود |
| nahaee.doc | 1393/10/21 | 653824 | دانلود |
| Propozal. final.eslah shode komite akhlagh.doc | 1393/11/15 | 652800 | دانلود |
