چاپ صفحه |  صفحه نخست سامانه |  مجری و همکاران |  اطلاعات تفضیلی |  دانلود | علوم پزشکی زاهدان |
| کد طرح | 7809 |
| عنوان فارسی طرح | تعیین سکانس ژن AMA-1 در ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس در استان سیستان و بلوچستان |
| عنوان لاتین طرح | Determination of sequence of plasmodium vivax Apical Membrane Antigen1(AMA-1) gene in isolates from Sistan and Balouchestan Province |
| نوع طرح | بنیادی-کاربردی |
| محل اجرای طرح | مرکز تحقیقات بیماریهای عفونی و گرمسیری |
| رسته مطالعاتی | توصیفی- تحلیلی |
| دانشکده/مرکز | دانشکده پزشکی زاهدان |
| زمان اجرا -روز | 365 |
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح | نوع همکاری | درجهتحصیلی | پست الکترونیک |
|---|---|---|---|---|
| ملیحه متانت(پژوهشگر/استاد راهنما) | استاد راهنمای اول پایان نامه دانشجویی | تدوین طرح | متخصص | malihemetanat@yahoo.com |
| هادی میراحمدی | استاد راهنمای دوم پایان نامه دانشجویی | تدوین طرح | دکترای تخصصی | hmirahmadi59@gmail.com |
| سیدمهدی طباطبائی | مشاور | مشاور آمار | دکترای تخصصی | zu.healthdeputy@gmail.com |
| طاهره صفری (دانشجو) | دانشجو | جمع آوری نمونه ها | دکترای تخصصی | safari.dorna@yahoo.com |
| عنوان | متن |
|---|---|
| خلاصه طرح به فارسی | تعیین سکانس ژن AMA-1 در ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس در استان سیستان و بلوچستان |
| خلاصه طرح به لاتین | Determination of sequence of plasmodium vivax Apical Membrane Antigen1(AMA-1) gene in isolates from Sistan and Balouchestan Province |
| بيان مسئله تحقيق/اهمیت پژوهش | پلاسمودیوم ویواکس گسترده ترین نوع انگل در بین گونه های پلاسمودیوم می باشد که موجب ابتلا به بیماری مالاریا می شود. علیرغم داشتن مرگ و میر کمتر نسبت به پلاسمودیوم فالسیپاروم، این انگل بروز بیشتری را در بین کشورهای اندمیک کمتر توسعه یافته داشته و گسترده ترین نوع مالاریا در نواحی خارج از آفریقا است. در ایران پلاسمودیوم ویواکس بیشترین گونه شایع انگل مالاریا است که مسئول 90-80 % از موارد مالاریا می باشد. بیماری در ایران در مرزهای جنوب شرقی با پاکستان و افغانستان اندمیک است.(1) در حال حاضر حدود 2.8 میلیارد نفر در سطح دنیا در معرض خطر ابتلا به عفونت پلاسمودیوم ویواکس هستند و بروز بیماری ناشی از این انگل تقریبا 391-132 مورد در هر سال می باشد(2). گرچه به عفونت ناشی از پلاسمودیوم ویواکس به عنوان یک عفونت خوش خیم کمتر توجه شده اما این انگل می تواند باعث علایم بالینی جدی مثل دیسترس تنفسی، آنمی شدید، کما و حتی مرگ شود(3و4). علاوه براین، این انگل در بسیاری از نواحی آب و هوایی معتدل که قبلا در طول برنامه جهانی کنترل مالاریا عمدتا ریشه کن شده بود، مجددا ظهور کرده است(5و6). ظهور گونه های مقاوم به درمان این انگل هم بر بار بیماری ناشی از ان می افزاید. با توجه به اثرات اجتماعی اقتصادی این انگل روی انسان، توسعه یک واکسن موثر، گام مهمی در جهت کنترل و حذف آن خواهد بود. گرچه واکسن های زیادی علیه این انگل تولید شده اند ولی هیچ کدام از آنها به دلیل تنوع آنتی ژنیک این انگل، موفق نبوده اند(7). آنتی ژن غشایی رأسی1 (AMA-1) نوعی پروتئین اینتگرال غشایی تایپ 1 است که در اواخر مرحله شیزونتی انگل مالاریا بیان می شود(8).گرچه نقش دقیق AMA-1 به طور کامل مشخص نیست ولی اعتقاد براین است که برای تهاجم این انگل به اریتروسیت ها ضروری می باشد(9). آنتی بادی علیه AMA-1 به طور موثری مانع تهاجم این انگل به اریتروسیت ها شده(10و11) و بنابراین AMA-1 بعنوان یک کاندید آنتی ژنی مناسب و امیدوار کننده برای ساخت واکسن علیه مالاریای مرحله خونی می باشد(12و13). در اولین مطالعه ای که در سال 1994 توسط Cheng و Saul به بررسی کامل سکانس AMA-1 در دو مریض پرداخته شد، نتیجه این بود که این دو در 12 تک نوکلئوتید با هم متفاوت بوده که این خود باعث تغییر در 9 اسید امینه شده بود(14). در مطالعه دیگری که Rajesh V در سال 2007 روی یک ایزوله در سطح نوکلئوتید در هندوستان انجام داد 48 موتاسیون نقطه ای در طول ژن مشاهده کرد که شامل 42 تغییر آمینواسیدی غیرمترادف(non-synonymous) و 6 تغییر آمینواسیدی مترادف(synonymous) بود(15). در مطالعه ای که توسط متولی حقی و همکارانش در سال 2012 در ایران روی یک ایزوله انجام دادند، 11 پلی مورفیسم تک نوکلوتیدی در طول ژن مشاهده کردند که منجر به تغییر شش اسید امینه در مقایسه با ایزوله هندی و 21 موتاسیون نقطه ای و تغییر در 13 اسید امینه در مقایسه با ایزوله کره ای شده بود(16). با توجه به اهمیت بیماری مالاریا و بار مالی ایجاد شده توسط آن و هم چنین با توجه به مطالعات اندک انجام شده در زمینه آنالیز سکانس ژن AMA1 ، ما در این مطالعه به بررسی بیشتر سکانس این ژن خواهیم پرداخت. |
| سوالات و / یا فرضیات پژوهش | 1- فراوانی موتاسیون در Domain I ژن Pv AMA-1 در تعدادی از ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس مناطق مالاریا خیز استان سیستان و بلوچستان چقدر است؟ 2- - فراوانی موتاسیون در Domain II ژن Pv AMA-1 در تعدادی از ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس مناطق مالاریا خیز استان سیستان و بلوچستان چقدر است؟ 3- فراوانی موتاسیون در Domain III ژن Pv AMA-1 در تعدادی از ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس مناطق مالاریا خیز استان سیستان و بلوچستان چقدر است؟ |
| هدف کلی طرح | بررسی سکانس ژن AMA-1 از ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس در استان سیستان و بلوچستان |
| اهداف اختصاصی | 1- تعیین فراوانی موتاسیون در Domain I ژن Pv AMA-1 در تعدادی از ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس مناطق مالاریا خیز استان سیستان و بلوچستان 2- تعیین فراوانی موتاسیون در Domain II ژن Pv AMA-1 در تعدادی از ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس مناطق مالاریا خیز استان سیستان و بلوچستان 3- تعیین فراوانی موتاسیون در Domain III ژن Pv AMA-1 در تعدادی از ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس مناطق مالاریا خیز استان سیستان و بلوچستان |
| سازمانها، مراکز و موسسات و سایر بهره برداران بالقوه دستاوردهای طرح | • فراهم ساختن بستر تحقیقاتی مناسب برای شناخت ژنتیکی کامل تر مالاریاهای بومی کشور • استفاده از نتایج حاصله در تحقیقات تکمیلی در زمینه بیان این پروتئین به صورت نوترکیب جهت تشخیص سرولوژی مالاریا ویواکس |
| تعریف واژه های تخصصی | پلاسمودیوم ویواکس : یک تک یاخته انگلی داخل سلولی اجباری از شاخه آپی کمپلکسا است که قادر به آلودگی انسان می باشد. مالاریا : بیماری ایجاد شده توسط چهار گونه پلاسمودیوم (مالاریه ، ویواکس ، اواله و فالسیپاروم) که در انسان ایجاد تب ، لرز وکم خونی و... می نمایند .و گاه با عوارض شدید و کشنده مشخص می گردد. آنتی ژن نوترکیب : پروتئینی است که بصورت سنتتیک بواسطه دانش و علم بیوتکنولوژی ساخته شده و میتوان آن را بصورت انبوه ساخت و تخلیص نمود. واکنش زنجیره پلی مراز (PCR) : در زیست شناسی ملکولی واکنش زنجیره پلی مراز روشی است برای تکثیر یک یا چند نسخه از یک قطعه ملکول DNA که موجب تولید میلیونها نسخه از یک توالی خاص DNA می گردد. این روش متکی بر چرخه حرارتی ، شامل چرخه هایی از اعمال حرارت و سردکردن واکنش برای ذوب و نسخه برداری آنزیمی ملکول DNA است. مروزوآیت : شکلی از انگل مالاریا که ناشی از تکثیر غیر جنسی( شیزوگونی) خونی در گلبول قرمز انسان میباشد. Pv(AMA-1) :یک آنتی ژن سطحی است که بر روی مروزوئیت پلاسمودیوم ویواکس قرار داشته و نقش مهمی را در اتصال و تهاجم انگل به داخل گلبول قرمز انسان دارد. روش لام میکروسکوپی : روش استاندارد طلایی تشخیص انگل مالاریا است که جهت تشخیص مرفولوژیکی و شناخت گونه انگل با استفاده از تهیه اسمیر از خون محیطی انسان به دو طریق ضخیم و نازک مورد استفاده قرار می گیرد. |
| نوع مطالعه | توصیفی |
| جامعه مورد مطالعه(معرفی مشارکت کنندگان)/ محیط پژوهش(معیارهای ورود و خروج ذکر شوند) | مراجعه کنندگان به درمانگاههای روستایی و مراکز درمانی شهری مناطق مالاریا خیز استان سیستان بلوچستان که ابتلایشان به پلاسمودیوم ویواکس طی آزمایش اولیه به اثبات رسیده است تحت مطالعه خواهند گرفت. |
| حجم نمونه و روش محاسبه آن | 40 نفر از مراجعه کنندگان به درمانگاههای روستایی و مراکز درمانی شهری مناطق مالاریا خیز استان سیستان بلوچستان |
| روش نمونه گیری(نحوه تخصیص تصادفی و همسانسازی در صورت لزوم ذکر شود) | 5 میلی لیتراز خون کسانی که در آزمایش اولیه میکروسکوپی ابتلاشان به پلاسمودیوم ویواکس تائید شده است را در لوله های حاوی EDTAریخته وپس از ثبت مشخصات با حفظ زنجیره سرما به آزمایشگاه مربوطه منتقل می نمائیم. |
| روش و ابزار جمع آوري داده ها / صحت و استحکام داده ها (پرسشنامه یا فرم اطلاعاتی ضمیمه شود) | داده های دموگرافیک شرکت کنندگان با استفاده از فرم اطلاعاتی ضمیمه جمع اوری خواهد شد( فرم اطلاعاتی ضمیمه شده) |
| روش اجرای طرح(با جزئیات بطور کامل شرح داده شود) | از مریض مبتلا به انگل پلاسمودیوم ویواکس نمونه خون گرفته خواهد شد و تشخیص قطعی با آنالیز میکروسکوپیک با استفاده از اسمیرهای نازک و ضخیم خون رنگ آمیزی شده با گیمسا، انجام خواهد شد. DNA ژنومیک با استفاده از کیت استخراج DNA ژنومیک و براساس دستورالعمل سازنده کیت، از خون استخراج خواهد شد. کمیت و کیفیت DNA استخراج شده با استفاده از یک الکتروفوتومتر و الکتروفورز روی ژل آگاروز چک خواهد شد و برای سکانس یابی ارسال خواهد شد. |
| روش تجزیه، تحليل و توصیف دادهها (نمونهاي از جدول توخالي ضميمه شود و روش هاي آماري مورد استفاده به طور كامل توضيح داده شود)(کیفی و کمی) | برای آنالیز نتایج سکانس از نرم افزار های BLAST و ClustalW استفاده خواهد شد. |
| ملاحظات اخلاقی | کدهای 1، 2، 3، 8، 10، 11، 13، 15، 18، 25، 28، مصوب کمیته کشوری اخلاق در پژوهش های علوم پزشکی که در دفترچه راهنمای عمومی اخلاق در پژوهشهای دارای آزمودنی انسانی در جمهوری اسلامی ایران، دربردارندهی اصول و مقررات اخلاقی مطرح و در سال 1392 در 31 بند تصویب شده است و همچنین کدهای 1، 2، 3، 4، 7 مربوط به دفترچه راهنمای اخلاقی پژوهش بر روی عضو و بافت انسانی در جمهوری اسلامی ایران از قسمت راهنمای عمومی در این طرح رعایت می شود. تمامی بیماران تحت مطالعه آگاهانه و برای مقاصد علمی اقدام به دادن نمونه خواهند کرد. شرکت در این طرح هیچ گونه هزینه ای برای بیماران ندارد و نام و مشخصات بیماران گزارش نخواهد شد. |
| محدودیتهای اجرائی طرح و پیش بینی جهت حل آنها | 1- یکی دیگر از منابع خطا، خطای ابزار می باشد. فقط از دستگاههایی استفاده خواهد شد که قبلا توسط کارشناسان بخش کالیبره و استاندارد شده باشند(روایی آنها مورد تایید باشد). 2- مشکل در حصول تعداد نمونه مثبت در مدت زمان پیش بینی شده که سعی می شود با مسافرت به مناطق اندمیک و جمع آوری نمونه از افراد در معرض خطر نمونه های آلوده به تعداد کافی دست آید. 3- مشکلات احتمالی در زمینه تهیه مواد مولکولی 4- احتمال ناکارآمد شدن نمونه های خونی جمع آوری شده که بدین منظور نمونه های جمع آوری شده می بایست در شرایط مناسب و سریع جهت آزمایش به آزمایشگاه منتقل و آزمایش شوند. |
| کلمات کلیدی | Plasmodium vivax, Apical membrane antigen, Sequence |
| فهرست منابع و مراجع | 1- مراجع مورد استفاده براساس رفرانس نویسی ونکوورتنظیم گردد. 1- شهبازی، عباس؛ زمان، جلال؛ اصغرزاده، محمد؛ اسپوتین، عادل؛ جدی، عادل؛ بررسی جهش های ژنتیکی در کدون های 57 و 58 ژن دهیدروفولات ردوکتاز پلاسمودیوم ویواکس؛ مجله پزشکی هرمزگان، سال هفدهم، شماره پنجم، آذر و دی 92، ص 383-375. 2- Arnott A, Barry AE, Reeder JC. Understanding the population genetics of Plasmodium vivax is essential for malaria control and elimination. Malar J. 2012; 11: 14. 3- Rogerson SJ, Carter R. Severe vivax malaria: newly recognised or rediscovered. PLoS Med. 2008;5:e136. 4- Anstey NM, Russell B, Yeo TW, Price RN. The pathophysiology of vivax malaria. Trends Parasitol. 2009;25:220–7. 5- Baird JK. Chloroquine resistance in Plasmodium vivax. Antimicrob Agents Chemother. 2004;48:4075–83. 6- Price RN, Tjitra E, Guerra CA, Yeung S, White NJ, Anstey NM. Vivax malaria:neglected and not benign. Am J Trop Med Hyg. 2007;77:79–87. 7- Jung Mi Kang et al.., Population genetic structure and natural selection of apical membrane antigen-1 in Plasmodium vivax Korean isolates, Malar J (2015) 14:455. 8- Peterson MG, Marshall VM, Smythe JA, Crewther PE, Lew A, Silva A, et al. Integral membrane protein located in the apical complex of Plasmodium falciparum. Mol Cell Biol. 1989;9:3151–4. 9- Hodder AN, Crewther PE, Anders RF. Specificity of the protective antibody response to apical membrane antigen 1. Infect Immun. 2001;69:3286–94. 10- Kocken CH, Withers‑Martinez C, Dubbeld MA, van der Wel A, Hackett F, Valderrama A, et al. High‑level expression of the malaria blood‑stage vaccine candidate Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1 and induction of antibodies that inhibit erythrocyte invasion. Infect Immun. 2002;70:4471–6. 11- Dutta S, Haynes JD, Moch JK, Barbosa A, Lanar DE. Invasion‑inhibitory antibodies inhibit proteolytic processing of apical membrane antigen 1 of Plasmodium falciparum merozoites. Proc Natl Acad Sci USA. 2003;100:12295–300. 12- Mitchell GH, Thomas AW, Margos G, Dluzewski AR, Bannister LH. Apical membrane antigen 1, a major malaria vaccine candidate, mediates the close attachment of invasive merozoites to host red blood cells. Infect Immun. 2004;72:154–8. 13- Remarque EJ, Faber BW, Kocken CH, Thomas AW. Apical membrane antigen 1: a malaria vaccine candidate in review. Trends Parasitol.2008;24:74–84. 14- Cheng Q, Saul A. Sequence analysis of apical membrane antigen1 (AMA-1) of plasmodium vivax. Mol Biochem Parasitol.1994; 65:183-187. 15- Rajesh V, Elmaran M, Vida S, Gowrishankar M, Kochar D,Das A. Plasmodium vivax: Genetic diversity of the apical membrane antigen- 1(AMA-1) in isolates from India. Exp Parasitol. 2007;116 (3):252-256. 16- Motevalli Haghi A et al., Sequence Analysis of Different Domains of Plasmodium vivax Apical Membrane Antigen (PvAMA-1 gene) Locus in Iran, Iranian J Parasitol: Vol. 7, No.1, 2012, pp.26-31 |
| معرفی پژوهش/ اهداف پژوهش (عین عبارت هدف پروپوزال را کپی نکنید. بلکه با جملاتی که برای مردم قابل فهم باشد (برای سواد حدود پنجم ابتدایی )هدف را برای شرکت کنندگان توضیح دهید.) در تمام این متن در صورتیکه شرکت کننده کودک یا فرد فاقد ظرفیت تصمیم گیری است باید مواردیکه منظور از "من"، فرد شرکت کننده بوده است به "کودک" یا "فرد تحت سرپرستی من" اصلاح شود و مواردیکه منظور از "من"، رضایت دهنده است به من به عنوان "ولی" یا "قیم قانونی" اصلاح شود. | تعیین سکانس ژن AMA-1 در ایزوله های پلاسمودیوم ویواکس در استان سیستان و بلوچستان |
| خون گیری (آیا طرح شما نیاز به خونگیری دارد یا خیر) | بیماران با علائم مالاریا که برای درمان به مراکز درمانی مراجعه نموده اند و خدمات آزمایشگاهی روتین برای آنها انجام می شود. |
| نحوه همکاری/ مزایا ی طرح (در این بخش برای شرکت کنندگان به زبان ساده توضیح دهید که: چه مداخله ای بر روی آنها صورت میگیرد. چه اقدامات پاراکلینیکی بر روی آنها انجام میشود. چه نمونه ای و با چه حجمی از آنها میگیرید در این مدت چند نوبت مراجعه باید داشته باشند و به چه فواصلی چه اقداماتی را در پیگیری آنها انجام میدهید. (حتی میتوانید سود بالقوه ای که شرکت کنندگان میتوانند از شرکت در این پژوهش ببرند بنویسید. این سود میتواند شرح احتمال درمان یا تشخیص بهتر بیماریشان، دریافت خدمات سلامت رایگان و یا پرداخت مشوق مالی در ازای جبران همکاریشان باشد) | |
| عوارض جانبی (منظور عوارض و میزان احتمال بروز آنها در این مطالعه است) | |
| جبران عوارض احتمالی (برای آنکه شرکت کننده بتواند ارزیابی مناسبی از سود و زیان شرکت در پژوهش شما داشته باشد لازم است بتواند سود و زیان مداخلات معمول و مداخلات این پژوهش را مقایسه کند. به عنوان مثال میزان موفقیت و میزان عوارض هریک را مقایسه کند.) - او باید بداند كه اگر در حين و بعد از انجام پژوهش هم هر مشكلي اعم از جسمي و روحي به علت شرکت در اين پژوهش برایش پيش آمد درمان عوارض، و هزينههاي آن و غرامت مربوطه بر عهده مجري خواهد بود. | |
| هزینه های مربوط به انجام طرح تحقیقاتی (تمام مداخلات پژوهشی باید برای بیمار رایگان باشد و بیمار بداند شامل چه مواردی هستند. ) | |
| روش های جایگزین در صورت عدم تمایل به شرکت در مطالعه چه روش های درمانی برای بیمار ارائه خواهد شد | |
| محرمانه بودن بیمار باید بداندکه دست اندر كاران اين پژوهش، كليه اطلاعات مربوط به او را نزد خود به صورت محرمانه نگهداشته و فقط اجازه دارند نتايج كلي و گروهي اين پژوهش را بدون ذکر نام و مشخصات بیمار منتشر كنند. و كميته اخلاق در پژوهش با هدف نظارت بر رعایت حقوق وی ميتواند به اطلاعات ایشان دسترسي داشته باشد. | |
| پاسخگویی به پرسش ها در این بخش نام و اطلاعات دسترسی فردی از عوامل پژوهش را که بتواند اطلاعات صحیح و کافی در اختیار شرکت کنندگان قرار دهند و در مورد عوارض و نگرانیها راهنمایی لازم را ارائه دهند ذکر شود | |
| حق نپذیرفتن یا انصراف بیمار باید بداند که شرکت اودر اين پژوهش کاملاً داوطلبانه است و مجبور به شرکت در اين پژوهش نيست و در صورت عدم شرکت از مراقبتهاي معمول تشخيصي و درماني محروم نخواهد شد او باید بداند كه حتي پس از موافقت با شركت در پژوهش ميتواند هر وقت كه بخواهد، پس از اطلاع به مجري، از پژوهش خارج شود و خروج اواز پژوهش باعث محرومیت از دریافت خدمات درمانی معمول برای اونخواهد شد. | |
| رضایت او باید بداند که اگر اشکال يا اعتراضي نسبت به دست اندركاران يا روند پژوهش دارد مي تواند با كميته اخلاق در پژوهش دانشگاه تماس گرفته و مشکل خود را به صورت شفاهي يا كتبي مطرح نمايد. در انتهای فرم قید گردد : اينجانب موارد فوقالذکر را خواندم و فهميدم و بر اساس آن رضايت آگاهانه خود را براي شركت در اين پژوهش اعلام ميکنم. اينجانب ……………… خود را ملزم به اجراي تعهدات مربوط به مجري در مفاد فوق دانسته و متعهد ميگردم در تأمين حقوق و ايمني شركت كننده در اين پژوهش تلاش نمايم | |
| پرسشنامه یا فرم اطلاعاتی | فرم جمع آوری اطلاعات دموگرافیک بیماران سابقه سفر تعداد دفعات ابتلا به مالاریا داروی مصرفی در ابتلای قبلی منطقه سکونت جنس سن ردیف ندارد دارد خارج استان بومی 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 |
| نام فایل | تاریخ درج فایل | اندازه فایل | دانلود |
|---|---|---|---|
| dr. safaree nahayee.docx | 1395/01/29 | 109064 | دانلود |
| nahaee.pdf | 1395/03/01 | 487502 | دانلود |
