بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی و وجود اینتگرون های 1 ، 2 و3 در سویه های اشرشیاکلی جداشده از بیماران مراجعه کننده به بیمارستان امام علی (ع) زاهدان درسال 1403

Today, the problem of antibiotic resistance among pathogenic bacteria has become a big problem in the treatment. During the last 5 decades, an increase in Escherichia coli resistance has also been seen. An example of the types of antibiotic resistance in Escherichia coli is resistance to two antibiotics, sulfamethoxazole and trimethoprim (cotrimoxazole), both of which are antifolate drugs, and once they were the first-line drugs for the treatment of urinary tract infections, but nowadays, due to resistance, they are not very effective. are not used Since the pattern of drug resistance is affected by the epidemiology of each region and due to the lack of research aimed at investigating the pattern of antibiotic resistance caused by the integrons of Escherichia coli bacteria in Zahedan city, therefore identifying the molecular mechanism by which bacteria can develop resistance genes To spread antibiotics among themselves and to identify the pattern of antibiotic resistance of local strains of each region, it is necessary to carry out this study. Therefore, this research will be conducted with the aim of investigating the pattern of antibiotic resistance and the presence of integrons 1, 2 and 3 in Escherichia coli strains isolated from patients referred to Imam Ali (AS) Zahedan Hospital in order to use these results to treat To help patients and reduce their treatment costs.

باکتری اشرشیاکلی را برای اولین بار یک متخصص کودکان و یک باکتریولوژیست المانی بنام تئودور اشریش در سال 1885 شناسایی کرد که در حال حاضر در خانواده انتروباکتریاسه قرار دارد(1). اشرشیاکلی یکی از شایع ترین پاتوژن های عفونی در بیمارستان ها می باشد که عامل بسیاری از مرگ و میرها در جهان است. این باکتری عامل بیش از 90 درصد از عفونتهای بدست آمده از جامعه و 50 درصد ازعفونتهای بیمارستانی می باشد (2). اشرشیاکلی باسیل از خانواده انتروباکتریاسه، گرم منفی، بی هوازی اختیاری و فاقد اسپور است(3).

باوجود اینکه اشرشیا کلی یک فلورنرمال طبیعی بدن است اما دارای پنج پاتوتیپ می باشد که عامل بیماری های روده ای است ، همچنین سویه های این باکتری سبب بسیاری از عفونتهای خارج روده ای است . Enteropathogenic E. coli (EPEC) با آسیب مستقیم به بافت روده موجب اسهال در کودکان می‌شود،Enterohemorrhagic E. coli (EHEC) با ترشح توکسین شیگا (stx toxin) موجب اسهال خونی می‌شود،E.coli Enterotoxigenic (ETEC) با تولید سم‌های LT یا ST موجب مسمومیت غذایی (اسهال مسافران) می‌شود،Enteroinvasive E. coli (EIEC) همانند شیگلا به‌طور مستقیم با تهاجم بافتی به سلول‌های روده آسیب می‌رساند، Enteroaggregation (EAEC)که باعث اسهال های حاد و مزمن میشود و Uropathogenic E. coli (UPEC) که باعث عفونت مجرای ادراری به ‌ویژه التهاب مثانه می شود (4). بعلاوه اشرشیاکلی عامل بیماری های عفونی مختلف از جمله پیلونفریت، سیستیت،آبسه های شکمی،پنومونی،استئومیلیت، عفونت بافت نرم ، باکتریمی و... می باشد.E.coli شایع ترین عامل عفونت‌های دستگاه ادراری (UTIs) ( دومین عفونت شایع اکتسابی جامعه ) و یکی از عوامل اصلی عفونت های بیمارستانی است که سالانه 150 میلیون مورد از این عفونت خارج روده‌ای در سراسر جهان رخ می‌دهد (5و6). بطور کلی اشرشیاکلی یکی از عوامل عفونت های بیمارستانی است که طبق آمار سازمان بهداشت جهانی ، عفونت های بیمارستانی ناشی از این باکتری در حدود 5 تا10 درصد در کشور های توسعه یافته و در کشور های درحال توسعه به بیش از 25 درصد گزارش شده است(7). طبق بررسی هایی که در طی سالهای 1997 تا 2016 در بیش از200 مرکز بهداشتی در 45 کشور مختلف صورت گرفت میزان عفونت خون که توسط اشرشیاکلی ایجاد میشود 20/5 درصد تشخیص داده شده که با این میزان باکتری اشرشیاکلی را می توان دومین عامل عفونی جریان خون معرفی کرد(8). شیوع UTI در آمریکا 9/12 درصد، در اروپا 6/19 درصد و در کشورهای در حال توسعه 24 درصد می باشد، همچنین براساس مطالعه ای در ایران، شیوع UTI حدود 13/3 درصد است و UPEC شایع ترین عامل ایجاد کننده آن است (9). رایج ترین نوع درمان برای عفونتهای ایجاد شده از اشرشیاکلی استفاده از انتی بیوتیک های مختلف می باشد که به دلیل استفاده های بی رویه از ان امروزه مقاومت به ترکیبات ضدباکتریایی در اشریشیا کلی یک پدیده معمول می باشد(10).

امروزه مسئله مقاومت آنتی بیوتیکی در بین باکتریهای پاتوژن به یک معضل بزرگ درموضوع درمان تبدیل شده است. در طول 5 دهه گذشته افزایش مقاومت در اشریشیاکلی نیز دیده شده است(11). یک نمونه از انواع مقاومت آنتی بیوتیکی در اشرشیاکلی مقاومت به دو آنتـی بیوتیـک سولفامتوکسازول و تریمتوپریم (کوتریموکسازول) است که هر دو از داروهـای آنتی فولات می باشند و روزی به عنوان داروی خط اول درمان عفونـتهـای دستگاه ادراری بودند ولی امـروزه بـه دلیـل مقاومـت، چندان قابل استفاده نیستند(8). طبق مطالعه مروری که در سال 2019 روی شیوع مقاومت آنتی بیوتیکی اشرشیاکلی صورت گرفت، میزان شیوع مقاومت به آنتی بیوتیک های سیپروفلوکساسین 7/7%، تری متوپریم 22/2%، سولفامتوکسازول 22/5%، کلرامفنیکل 6/6%، کوتریموکسازول 11/5%، تتراسایکلین 37/3%، آموکسی سیلین 53/4%، جنتامایسین 5%، آمپی سیلین 33/4%، استرپتومایسین 27/7%(12). در مطالعه دیگر بین سویه های E.coli عامل UTI، بیشترین مقاومت مربوط به تتراسایکلین (92/86 %) و پس از آن سولفونامید (71/43 %) و آمپی سیلین (52/38 %) گزارش شده است و تنها 26/19% و 11/91% از سویه ها به ترتیب به جنتامایسین و سیپروفلوکساسین مقاوم بودند(13). همچنین در عربستان، میزان بیشترین مقاومت سویه های E. coli جدا شده از بیماریهای عفونی مختلف برای آمپی سیلین، سیپروفلوکساسین و جنتامایسین به ترتیب 84/2%، 57/9% و 56/8 % گزارش شده است و اهمیت نقش اینتگرون ها در انتشار ژن های مقاومت ضد میکروبی در این گونه باکتری ایفا می کردند (14). در سالهای اخیر باکتری E.coli مقاومت دارویی گسترده ای نشان داده که یکی از دلایل ان وجود اینتگرون در ژنوم این باکتری ها است. در ابتدا تصور میشد که انتقال ژنهای مقاومتی در باکتری ها، عمدتا از طریق کونژوگاسیون و ترانسداکشن توسط پلاسمیدها، فاژها و ترانسپوزونها صورت می گیرد، اما در سال 1995 دو دانشمند به نامهای Hall و Colli مکانیسم دیگری از انتقال ژنهای مقاومتی را شناسایی کردند که توسط عناصرژنتیکی به نام اینتگرون انجام می شد. اینتگرونها واحدهای ژنتیکی متحرکی هستند که با قرارگیری در پلاسمیدها، کروموزومها و ترانسپوزون ها، ژنهای مقاومتی را در حالی که در داخل کاستهای ژنی قرار دارند حمل و جا به جا می‌کنند(15). اینتگرون‌ها نقش مهمی در مقاومت آنتی‌بیوتیکی سویه‌های اشرشیاکلی بالینی بازی می‌کنند، زیرا می‌توانند توالی‌های ژنی را که مقاومت آنتی‌بیوتیکی را کد می‌کنند و به آنها کاست های ژنی گفته می شود را، دریافت و بیان کنند (15)، انتقال افقی اینتگرون ها بعنوان موفق ترین راه انتشار ژن های مقاوم به انتی بیوتیک و پیدایش گونه های مقاوم مطرح می باشد(16). کاست ها عناصر متحرک هستند که چندین ژن را رمزگذاری می کنند ، از جمله ژن های مقاومت به آنتی بیوتیک. تنوع بزرگی در کلاس های اینتگرون از طریق به دست آوردن کاست های ژنی مختلف ایجاد می شود. مطالعات زیادی درباره منشأ کاست های ژنی انجام شده است ، اما تاکنون بدون نتیجه مانده است(15).

از نظر ساختاری تمامی اینتگرونها از سه جزء اصلی شامل انتهای '5 حفاظت شده، انتهای'3 حفاظت شده و یک ناحیه مرکزی متغیر بین ناحیه '3 و'5 تشکیل شده اند.

اجزای ضروری ناحیه '5 تمام اینتگرونها شامل:

1 ) ژن اینتگراز IntI ))که سایت نوترکیبی اختصاصی را کد می‌کنند. پروتئین اینتگراز می تواند یک نوترکیبی بین کاست ژنی ورودی و attI را کاتالیز کند.

2 ) سایت گیرنده attI که به وسیله اینتگراز شناسایی می شود و در مجاورت ژن IntI قرار گرفته است ، به طوری که attI در بالادست intI قرار دارد ، به جز گونه Treponema .

3 ) توالی پروموتر شامل دو پروموتر Pc و Pint که درون intI یا بین intI و attI قرار دارد و به ترتیب برای بیان ژنهای موجود در کاست ژنی که در اینتگرون ادغام شده و بیان اینتگراز می باشند(17).

شکل 1: ساختار کلی اینتگرون

       ʹ3 ʹ5

انتهای ´3 دارای سه ساختار متفاوت است که در اینتگرون کلاس 1 بدین صورت است(18):

1_ ژن qacEΔ1 باعث کد کردن مقاومت به ترکیبات امونیوم چهارظرفیتی و دزانفکتانت ها می باشد.

2_ژن Sul1 باعث کد کردن مقاومت به سولفانامید ها می شود.

3_ ORF5,6 باعث کد کردن پروتئین هایی با عملکرد نامشخص می باشد.

(18)

انتهای´3 در اینتگرون های کلاس 2 دارای ساختارهای :

1_ژن های ترانسپوزیشن) tni ) و ژن های رزولوشن (res) می باشد .

2_دارای 9 پروتئین orf با عملکرد نامشخص را کد می کند.

همچنین انتهای ´3 در اینتگرون های کلاس 3 شامل:

1_ ژن های qaceΔ1 و Sul1 .

2_ دارای ORF5,6 می باشد(18).

تاکنون 9 کلاس از اینتگرون ها براساس تفاوت ها در ژن اینتگراز شناسایی شده است که اینتگرون های کلاس 1 و همچنین اینتگرون های کلاس 2 و3 بعنوان شایع ترین کلاس ها در بین ایزوله های بالینی بدست آمده مطرح هستند(19). میزان تشخیص اینتگرون های کلاس 1 در سویه های بالینی بالاترین میزان در بین تمام این عناصر با 50 تا 70 درصد دارا می باشد و این مورد با تولید و انتشار باکتری های مقاوم به مواد ضد میکروبی مرتبط است(15). شناسایی کلاس های مختلف اینتگرون ها در باکتری ها، بر اساس ژن کد کننـده اینتگـراز ( Int )آنهـا اسـت(19)، همچنین، چهار دسته از اینتگرون ها بر اساس شباهت ژن intI و حدود 200 کاست ژن که به آمینوگلیکوزید، بتالاکتام ها، کلرامفنیکل، کینولون ها و تری متوپریم مقاومت می دهند، شناسایی شده اند. ترکیب بیش از یک کاست در اینتگرون با مقاومت به چندین آنتی بیوتیک و سویه های مقاومت دارویی متعدد ([1]MDR) همراه است. مطالعات قبلی رابطه قوی بین حضور اینتگرون ها و مقاومت دارویی چندگانه را به ویژه در اعضای خانواده انتروباکتریاسه که به عنوان عوامل بسیار فرصت طلب نیز شناخته می شوند، تایید کردند (20).

ادغام کاست های ژنی با ژن اینتگراز بین دو سایت بازسازی (attI ، attC) انجام می شود که این فرآیند قابل برگشت است و کاست ها می توانند به شکل DNA آزاد از اینتگرون ها آزاد شوند (شکل ۲) (17). توالــی attachment site (attc) کــه ناحیه نوترکیبــی اختصاصـی اینتگـراز اسـت و بـه عنـوان عوامل 59 بـازی ( bp element ) نیــز شــناخته شده اند. بیــش از 130 کاســت ژنــی مقاومــت میتوانند باعث نوترکیبــی بیــن توالــی attI و عنصــر 59 بــازی شوند و می توانند بــه درون اینتگــرون هــا وارد شــوند. کاســت های ژنــی، مقاومــت بــه انــواع آنتــی بیوتیــک هــا شــامل استرپتومایســین، اسپکتینومایسـین، جنتامایسـین و مقاومـت بـه آنتـی بیوتیـک هـای جدیدتــری ماننــد کارباپنــم هــا را انتقــال می دهنــد. شیوع اینتگرون کلاس 1 در ایزوله‌های بالینی: 22-55% در باکتری های گرم منفی و 22-59% در باکتری های گرم مثبت و اما اینتگرون های 2 و3 درصد کمتری از شیوع در بین انواع باکتری به خود اختصاص می دهند(15).

کاستهای ژنتیکی که دارای ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی هستند توسط اینتگرون ها در بین سویه های مختلف باکتریایی بصورت افقی منتقل شده و باعث مقاوم شدن سویه های مختلف به انتی بیوتیک ها می شود، لذا، شناسایی این نوع از ژنهای مقاومت آنتی بیوتیکی در جهت اجرای برنامه های کنترل عفونت و ممانعت از انتشار سویه های مقاوم از اهمیت بالایی برخوردار می باشد. تاکنون، مطالعات زیادی در مورد رابطه بین شیوع اینتگرونها و مقاومتهای دارویی چندگانه(MDR) یا مقاومت به چندین کلاس آنتی بیوتیک در سویه های اشرشیا کلی صورت گرفته است (21-22).

بنابراین، شناسایی مکانیسم‌های مولکولی که توسط آن، باکتری‌ها می‌توانند ژن‌های مقاومت را در بین خود پخش کنند و الگوهای مقاومت آنتی‌بیوتیکی سویه‌های بومی هر منطقه را شناسایی کنند، ضروری است. از آنجا که الگوی مقاومت دارویی متأثر از اپیدمیولوژی هر منطقه است و باتوجه به نبود پژوهشی با هدف بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی ناشی از اینتگرون در شهر زاهدان ، انجام این مطالعه ضرورت دارد. از این رو، این پژوهش با هدف تعیین الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی و وجود اینتگرون های 1 ، 2 و3 در سویه های اشرشیاکلی جداشده از بیمارستان امام علی (ع) زاهدان انجام خواهد شد تا با بهره گیری از این نتایج به درمان صحیح بیماران و کاهش هزینه های درمانی آنان کمک شود.

مرور متون گذشته

مطالعات داخل کشور

برزگر و همکاران در مطالعه ای مقطعی به بررسی 163 ایزوله E. coli از بیماران مبتلا به عفونت ادراری پرداختند، شیوع نمونه های MDR 84/7درصد بود که نشان دهنده سطح بالای مقاومت آنتی بیوتیکی در این ایزوله ها بود. شیوع UPEC مقاوم به چند دارو در سایر نقاط ایران به ترتیب از 10/5 تا 79/2 درصد مربوط به استان‌های کاشان و همدان است. همچنین شیوع جهانی سویه های MDR به ویژه در کشورهای در حال توسعه به دلیل استفاده نادرست و بیش از حد از آنتی بیوتیک ها در حال افزایش است. در این مطالعه بیشترین مقاومت به آمپی سیلین (89/6 درصد)، تری متوپریم- سولفامتوکسازول (73/6 درصد) و سفازولین (60/7 درصد) و کمترین مقاومت به نیتروفورانتوئین (1/2 درصد) گزارش شد. میزان مقاومت آنتی بیوتیکی ایمی پنم 36/2 درصد بود که نسبت به مطالعاتی که در گذشته صورت گرفته بود بیشتر بود. مطالعه انجام شده توسط برزگر و همکاران نشان داد که نیتروفورانتوئین، آمیکاسین و جنتامایسین موثرترین آنتی بیوتیک ها علیه ایزوله های MDR هستند.بروز اینتگرون های کلاس 1 و 2 به ترتیب در 39/9 درصد و 14/1 درصد از جدایه ها به دست آمد. اینتگرون کلاس 3 در هیچ یک از جدایه ها یافت نشد(20).

حاجی احمدی و همکاران در مطالعه ای 500 ایزولــه جــدا شــده از نمونه هــای بالینــی مختلــف از

بیمارسـتانهای شـهر همـدان، 129 ایزولـه کلبسـیلا پنومونیـه و 118 ایزولـه اشریشـیا کلـی جمع‌آوری شده بود را مورد بررسی قرار دادند. سـپس سـویه های جـدا شـده بـا اسـتفاده از تسـتهای بیوشـیمیایی اســتاندارد مختلــف تأییــد شــدند. در مرحلــه بعــد شناســایی اینتگــرون هــای کلاسI و II وکاســت های ژنــی مربوطـه بـا اسـتفاده از پرایمرهـای اختصاصـی و بـا روش PCR انجـام شـد.

نتیجه بررسی های انجام شده نشان داد که  از 118 ایزولــه اشریشــیا کلــی،56 ایزوله (47/5%)مولـد اینتگـرون هـای کلاس I و همچنیـن 5 ایزولـه (4/2%) مولــد اینتگــرون کلاس II بودنــد (23).

محبی و همکاران در مطالعه ای ، 60 سویه اشرشیاکلی از نمونه های بالینی دو بیمارستانی در شهر کرمان جدا کردند. بیشترین و کمترین میزان حساسیت آنتی‌بیوتیکی در E.coli جدا شده به ترتیب به آمیکاسین و ایمی‌پنم (3/3%) و آمپی سیلین (66/6%) بود. مقاومت چند دارویی در 43/3 درصد از نمونه ها تشخیص داده شد. اینتگرون کلاس I در 60 درصد سویه ها شناسایی شد (24).

در مطالعه رنجبران و همکاران 50 E.coli و 50 K.pneumoniae جدا شده از نمونه ادرار بیماران مراجعه کننده به بیمارستان ولیعصر (عج) اراک، مورد مطالعه قرار گرفتند. تمامی نمونه های جدا شده با تست های استاندارد بیوشیمیایی تایید شدند. بیشترین میزان مقاومت آنتی بیوتیکی برای ایزوله های E.coli نسبت به کوتریموکسازول (88%)، سفتریاکسون (76%)، آموکسی سیلین-کلاوولونیک اسید (74%)، سفتازیدیم (72%) و سفوتاکسیم (72%).تمام ایزوله‌های E.coli نسبت به ایمی‌پنم حساس بودند. 86 درصد از سویه های E. coli دارای اینتگرون های کلاس 1 بودند، در حالی که اینتگرون های کلاس 2 در 8٪ از جدایه های E. coli یافت شدند، اما اینتگرون های کلاس 3 یافت نشد(25).

خرم روز و همکاران در یک مطالعه مقطعی، تعداد 200 سویه E.coli از 1820 بیمار مبتلا به UTI که در فاصله زمانی بهمن 1392 تا آبان 1392 به دو آزمایشگاه بالینی در شهر یاسوج در جنوب غربی ایران مراجعه کرده بودند، جمع آوری کردند. بیشترین میزان مقاومت نسبت به سفالوتین (99%) و آموکسی سیلین (76%) مشاهده شد در حالی که تنها دو سویه (1%) مقاومت به ایمی پنم نشان دادند.به طور کلی، 79 درصد از سویه ها مقاوم به چند دارو (MDR) بودند.اینتگرون های کلاس 1 و 2 به ترتیب در 104 ایزوله (52%) و 5 (2/5%) ایزوله شناسایی شدند، در حالی که هیچ یک از جدایه ها برای اینتگرون های کلاس 3 مثبت نبودند. در مطالعه ای که انجام شد، سویه های با شیوع بالا MDR در باکتری E. coli مشاهده شد.ارتباط معنی دار بین اینتگرون های کلاس 1 و مقاومت به سیپروفلوکساسین، نالیدیکسیک اسید، کوتریموکسازول، آموکسی سیلین، سفتازیدیم و تتراسایکلین نشان داد که اینتگرون های کلاس 1 نقش مهمی در مقاومت به این آنتی بیوتیک ها در شهر یاسوج داشتند(26).

فاتح پور و همکاران در مطالعه ای که با هدف بررسی شیوع اینتگرون های کلاس I , II , III در میان سویه های اوروپاتوژن اشرشیاکلی (UPEC) جدا شده از 50 بیمار مبتلا به عفونت دستگاه ادراری (UTI) انجام دادند،دریافتند که 42 % از جدایه ها دارای مقاومت چند دارویی بودند .بیشترین مقاومت و حساسیت آنتی بیوتیکی به ترتیب مربوط به تری متوپریم / سولفامتوکسازول (52 درصد) و جنتامایسین (90 درصد) بود.بین وجود اینتگرون کلاس I و مقاومت به آمیکاسین و سیپروفلوکساسین , بین حضور اینتگرون کلاس II و مقاومت به جنتامایسین و بین وجود اینتگرون کلاس III و مقاومت به تری متوپریم / سولفامتوکسازول و اسید نالیدیکسیک رابطه معنی داری وجود داشت و شیوع اینتگرون های کلاس I,II,III به ترتیب 92%،64%و10% گزارش شد (27).

مطالعات خارج از کشور

هوانگ و همکاران در مطالعه ای که هدف از آن تعیین شیوع اینتگرون‌ها در میان سویه‌های E. coli ST131 در چین بود،دریافتند که به طور کلی، 26/5٪ (83/22) از سویه های E. coli ST131 دارای اینتگرون های کلاس 1 بودند.اینتگرون های کلاس 2 و 3 در این مطالعه یافت نشد (28).

AL-Nuaeyme و همکاران مطالعه ای در مجموع روی 152 ایزوله اشرشیاکلی انجام دادند. پس از انجام تست های سنجش مقاومت آنتی بیوتیکی نشان دهنده مقاومت 42 ازوله به تمام آنتی بیوتیک ها بود . همچنین برای سنجش حضور اینتگرون در ژنوم این سویه های مقاوم به آنتی بیوتیک از روش PCR استفاده شد که نتیجه آن مشاهده اینتگرون کلاس یک و دو که به ترتیب 31(73/80%) و 7(16/66%) و نیز عدم وجود اینتگرون کلاس سه بود(29).

لی و همکاران در مطالعه ای، مجموع 138 سویه E. coli از بیماران بستری در بیمارستان جمع آوری کردند که بیشتر نمونه های جدا شده ادراری بودند (41/30٪)، که تعداد آن 57 نمونه از 138بود.مقاومت ضد میکروبی به آمپی سیلین 89/86٪ که شایع ترین بود، همچنین 79/99٪ از سویه ها مقاوم به چند دارو (MDR) بودند. ژن اینتگرون اینتگراز کلاس 1 intI1 در 67/39 درصد از سویه ها شناسایی شد (93/138). از 93 سویه intI1 مثبت، 5 پروموتر مشترک مختلف شناسایی شد.به طور خلاصه، مقاومت ضد میکروبی و MDR در بین ایزوله های E. coli در شهر Weifang در شاندونگ پروونس چین شایع بود (30).

1_ فراوانی سویه های E.coli جدا شده از نمونه های بالینی چگونه است؟

2_ فراوانی مقاومت آنتی بیوتیکی در سویه های E.coli جدا شده از نمونه های بالینی چگونه است؟

3_ فراوانی سویه های اشرشیاکلی دارای اینتگرون های کلاس 1چگونه است؟

4_ فراوانی سویه های اشرشیاکلی دارای اینتگرون های کلاس 2 چگونه است؟

5_ فراوانی سویه های اشرشیاکلی دارای اینتگرون های کلاس3 چگونه است؟

تعیین الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی و وجود اینتگرون های کلاس 1 ،2و3 در سویه های اشرشیاکلی جدا شده از بیمارستان امام علی (ع) زاهدان درسال 1403

1_تعیین فراوانی سویه های باکتری اشرشیا کلی از نمونه های بالینی بدست امده.

2_تعیین فراوانی سویه های مقاوم به انتی بیوتیک.

3_تعیین فراوانی سویه های اشرشیاکلی دارای اینتگرون های کلاس 1.

4_ تعیین فراوانی سویه های اشرشیاکلی دارای اینتگرون های کلاس2.

5_ تعیین فراوانی سویه های اشرشیاکلی دارای اینتگرون های کلاس3.

تمام بیمارستان ها، مراکز تحقیقاتی، آزمایشگاهای دولتی و خصوصی

با بهره گیری از این نتایج به درمان صحیح بیماران و کاهش هزینه های درمانی آنان کمک شود.

اینتگرون:

تعریف نظری: اینتگرون ها از جمله عوامل ژنتیکی متحرکی هستند که توانایی حمل ژن های مربوط به مقاومت نسبت به ترکیبات ضد باکتریایی در باکتری های مختلف از جمله اشرشیاکلی را دارند (31).

تعریف عملی: در این مطالعه تعریف عملی همان تعریف نظری می باشد.

ESBL :

تعریف نظری: بتالاکتامازهای طیف گسترده ([1]ESBL)، نوعی آنزیم یا ماده شیمیایی هستند که توسط برخی باکتری‌ها تولید می‌شوند. این آنزیم‌ها برخی از آنتی بیوتیک‌ها که دارای حلقه بتالاکتام هستند ‌اثر گذاشته و بر روند درمان بیماری تاثیر می‌گذارند. در واقع ESBL یکی از علل اصلی مقاومت آنتی بیوتیکی باکتری‌ها هستند(32).

تعریف عملی: در این مطالعه تعریف عملی همان تعریف نظری می باشد.

MDR :

تعریف نظری:سویه های باکتریایی مقاوم به چندین کلاس (بیش از دو کلاس) مختلف از  انتی بیوتیک ها(33).

تعریف عملی: در این مطالعه تعریف عملی همان تعریف نظری می باشد.

PCR :

تعریف نظری:آزمایش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ([2]PCR) در دماهای مختلف که برای تشخیص مواد ژنتیکی از یک ارگانیسم خاص مانند ویروس انجام می‌شود(34).

تعریف عملی: در این مطالعه تعریف عملی همان تعریف نظری می باشد.

[3]UTI :

تعریف نظری: عفونت ادراری (UTI) یکی از شایع‌ترین عفونت‌ها در انسان است که اصولا هر قسمت از دستگاه ادراری یعنی کلیه‌ها، مثانه و مجرای ادراری را می تواند درگیر کند. این عفونت بیشتر در بخش تحتانی دستگاه ادراری یعنی مثانه و مجرای ادراری خود را نشان می‌دهد(35).

تعریف عملی: در این مطالعه تعریف عملی همان تعریف نظری می باشد.

این مطالعه از نوع مقطعی به روش توصیفی می باشد که در سال 1403 در بیمارستان علی ابن ابی طالب (ع) شهر زاهدان انجام خواهد شد.

ایزوله های جدا شده اشرشیاکلی از تمام بیماران مبتلا به عفونت مراجعه کننده به بیمارستان علی ابن ابی طالب (ع) شهر زاهدان می باشد.

معیار ورود: نمونه هایی که از بیماران مراجعه کننده به بیمارستان علی ابن ابیطالب(ع) در شهر زاهدان با اخذ شرایط مواجعه با اشرشیاکلی گرفته خواهد شد.

معیار خروج : نمونه هایی که در هنگام جمع آوری و فرایند آزمایشات دچار آسیب و آلودگی جدی شده اند و امکان انجام تست های آزمایشگاهی فراهم نیست.

برای تعیین حجم نمونه، با استفاده از مطالعه مشابه انجام گرفته  Wanxiang Liو همکاران(30) در کشور چین با عنوان ' مقاومت ضد میکروبی و خصوصیات مولکولی کاست های ژنی از اینتگرون های کلاس 1 در سویه های اشریشیا کلی' مشخص شد 79/9 % این افراد دارای عفونت اشرشیاکلایی مقاوم به چند کلاس انتی بیوتک (MDR) را داشتند. با احتساب دقت 5 درصد و سطح اطمینان 95 درصد با استفاده از فرمول:

P=0.27

α=.05

d=.06

با درنظر گرفتن اثر طرح^[1] محاسبه شد و همچین مطالعات مشابه ای که در گذشته انجام شده(6،11،27،25،26،28و29) ، بنابراین برای به دست آوردن حجم موثر مناسب 200 نمونه به عنوان حجم نمونه کل در نظر گرفته شدند.

نمونه های بالینی مختلف شامل تراشه،خلط،ادرار،خون،مایع آسیت ،کاتتر و مایع مغزی نخاعی و... که از بخش های مختلف در بیمارستان علی ابن ابیطالب(ع) جداسازی می شوند مورد بررسی قرار خواهند گرفت.

ابزار جمع آوری داده ها در این مطالعه شامل فرم اطلاعاتی نمونه بیماران می باشد:

الف) فرم اطلاعاتی به منظور ثبت اطلاعات نمونه ها

ب) استفاده از سایر مواد و ابرازها ( سمپلر متغییر 5/0-10 میکرولیتر و 10-100 میکرولیتر، بافرلودینگ، دستگاه ترموسایکلر

پرایمر،ترازو، میکروفیوژ، آگارز ، الکتروفورز، ارلن مایر و ظروف حجمی در اندازه های مختلف، آب مقطر، میکروتیوب5/0-5/1 و 2/0 میلی لیتر و رک آنها، سرسمپلر کریستالی، سرسمپلر زرد و رک های مربوط به آن، نرمال سالین، سانتریفیوژ، بن ماری، محیط کشت مک کانکی، تست اندول، اکسیداز، کاتالاز، بافر 5/0 TBE، MASTERMIX، دستگاه Gel document، Ladder، محیط کشت EMBو محیطKIA )

پس از تصویب پایان نامه در معاونت تحقیقات و کمیته اخلاق دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، پژوهشگر به صورت حضوری به آزمایشگاه بیمارستان علی ابن ابی طالب (ع) شهر زاهدان مراجعه می نماید.

در این مطالعه ، در ابتدا نمونه های خون ، ادرار ، مایع آسیت ، مایع مغزی نخاعی و... از افراد مشکوک به عفونت مراجعه کننده به بیمارستان امام علی (ع) اخذ می شود و جهت انتقال به آزمایشگاه با حفظ شرایط استریل مثل استفاده از ظروف و لوله ای استریل مثل لوله استریل حاوی ماده EDTA استفاده میشود. پس از دریافت نمونه مذکور توسط آزمایشگاه ، نمونه با حفظ شرایط استریل بوسیله لوپ استریل برروی محیط های کشت مک کانکی آگار ، بلاد آگار و شکلات آگار کشت داده شده و به مدت 18-24 ساعت درون انکوباتور قرار میگیرد ، پس از طی شدن زمان لازم درصورت عفونی بودن نمونه باکتری ها برروی محیط های کشت داده شده مشاهده می شوند و جهت تشخیص عامل عفونی تست های بیوشیمیایی مثل اکسیداز ، کاتالاز و... گذاشته میشود. پس تشخیص عامل عفونی اشرشیاکلی ، آزمایشگاه امام علی(ع) محیط کشت حاوی عامل عفونی اشرشیاکلی به پژوهشگر ارجاع خواهد داد که پس از طی کردن مراحل فوق تعداد 200 ایزوله E. coli از نمونه های عفونی بیماران مراجعه کننده به بیمارستان‌های امام علی(ع) دانشگاه علوم پزشکی زاهدان (درسال1403)استخراج می گردد و جهت نگهداری سویه ها را در محیط BHI براث حاوی گلیسرول(15%) تلقیح خواهد شد(27).

سپس نمونه های ایزوله شده برای تشخیص عامل عفونت مورد سنجش قرار خواهد گرفت و آزمایش‌های بیوشیمیایی مانند رنگ‌آمیزی گرم، آزمایش‌های اکسیداز و کاتالاز، تولید ایندول، متیل رد، (Voges-Proskauer VP)، سیترات سیمونز، سولفید هیدروژن و آزمایش‌های هیدرولیز اوره ، اورنیتین دکربوکسیلاز ، لایزین دکربوکسیلاز ، آرژنین دهیدرولاز ، تخمیر قندها و... برای شناسایی اولیه و تایید ایزوله‌های E.coli استفاده می گردد(36).

پس از تشخیص عامل عفونی به روش های بیوشیمیایی از روش دیسک دیفیوژن برای تشخص حساسیت نسبت به آنتی بیوتیک استفاده خواهد شد.

تست حساسیت ضد میکروبی

روش انتشار دیسک Kirby-Bauer برای تعیین مشخصات حساسیت ضد میکروبی ایزوله ها به آنتی بیوتیک بر اساس دستورالعمل های موسسه استانداردهای بالینی و آزمایشگاهی (CLSI) مورد استفاده قرار می گیرد(27).

در این روش ابتدا سوسپانسیون میکروبی از ایزوله ها بالینی که در مرحله تشخیص اولیه تشخیص داده می شوند با کدورت 0/5 مک فارلند تهیه خواهد شد ، سپس روی محیط مولر اگار هینتون بصورت چمنی کشت داده می شود ، پس از ان دیسک های انتی بیوتیک خریداری شده از شرکت که این دیسک های آنتی بیوتیکی عبارتند از: سیپروفلوکساسین 5 میکروگرم، سفازولین5 میکروگرم، تری متوپریم 1/25 میکروگرم، سفکسیم 5 میکروگرم، سفالکسین 30 میکروگرم، سفتریاکسون 30 میکروگرم، نالیدیکسیک اسید 30 میکروگرم، جنتامایسین 10 میکروگرم، آمیکاسین 30 میکروگرم ، نیتروفورانتوئین 300میکروگرم ،سولفامتوکسازول 23/75 میکروگرم ، پیپراسیلین_تازوباکتام ، امی پنم، لوفلوکساسین این دیسک های آنتی بیوتیکی را روی محیط قرار می دهیم و پس انکوباسیون در دمای 35 درجه سانتی گراد به مدت 20 ساعت ، قطر هاله عدم رشد با استفاده از خط کش استاندارد اندازه گیری شده و براساس معیار های موسسه استاندارد های ازمایشگاهی و بالینی گزارش خواهد شد.

در این مطالعه از سویه E. coli ATCC 25922 به عنوان کنترل برای تست حساسیت دارویی استفاده میشود.

سویه هایی به بیش از کلاس 2 آنتی بیوتیک مقاوم باشند که به عنوان سویه MDR در نظر گرفته میشوند.

سویه هایی که از نظر حساسیت به انتی بیوتیک مورد سنجش قرار گرفتند و نسبت ب انتی بیوتیک ها مقاومت نشان دادند جهت ادامه آزمایش مورد استفاده قرار خواهند گرفت و DNA آنها اسخراج خواهد شد(27).

استخراج DNA

جهت استخراج ژنوم از ایزوله ها از روش Boiling استفاده می شود. به طور خلاصه، کلنی ها از پلیت های آگار مغذی کشت تازه 18 ساعته برداشته می شوند و در میکروتیوب حاوی نرمال سالین تلقیح میکنیم ، بطوری که یک سوسپانسیون یکنواخت حاصل شود ، سپس این سوسپانسیون در بن ماری جوش به مدت 20 دقیقه قرار می دهیم و بعد از بن ماری خارج نموده ، پس از کمی خنک شدن به مدت 15 دقیقه در دور 12500rpm سانتریفیوژ می نماییم و سپس با سمپلر حدود 100 از مایع رویی که حاوی DNA استخراج شده از برمیداریم و به میکروتیوب 0/5 میلی لیتری اضافه می کنیم و تا زمان انجام PCR در دمای 20- درجه سانتی گراد نگهداری می کنیم.

پس از استخراج DNA از ایزوله هایی که نسبت به آنتی بیوتیک ها مقاومت نشان دادند ، برای تشخیص وجود اینتگرون ها و نوع آن از روش PCR استفاده خواهیم کرد.

تشخیص اینتگرون های کلاس 1، 2 و 3 با واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR)

برای تشخیص اینتگرون ها در سویه های MDR E. coli، از 3 مجموعه اختصاصی پرایمر همانطور که در مطالعه کارگر و همکارانش توضیح داده شد، استفاده میشود.

واکنش PCR با حجم نهایی 25 میکرولیتر شامل 7/5 میکرولیتر اب مقطر، 12/5 میکرولیتر مسترمیکس، 1 میکرولیتر از هرکدام از پرایمر های forward و reverse و 3 میکرولیتر از DNA برای هر واکنش استفاده شد. مشخصات دمایی هر ژن با شرایط موجود بهینه سازی خواهد شد.با استفاده از دستگاه ترموسایکلر ژن های مربوط تکثیر خواهند شد ، سپس محصولات PCR بر روی ژل اگارز 2 درصد الکتروفورز خواهند شد. در نهایت محصولات PCR توسط دستگاه GEL DOCUMENT قابل مشاهده خواهند شد. از سویه کنترل مثبت25922 ATCC E.coli جهت تأیید تکثیر ژنهای اینتگرون کلاس 1، 2 و 3 استفاده خواهد شد(27).

یک واکنش PCR بدون DNA یا پرایمر به عنوان کنترل منفی استفاده می گردد.

در این مطالعه برای تحلیل داده ها از نرم افزار آمار SPSS نسخه 22 استفاده خواهد شد. همچنین برای نشان داده آماره های توصیفی از میانگین، انحراف معیار، دامنه تغییرات و برای بخش تحلیل و بررسی برای ارتباط بین رابطه عدلت و کارایی از آزمون T test و آنالیز واریانس و سایر آزمون های مرتبط استفاده خواهد شد.سطح معنی داری کمتر از 05/0 در نظر گرفته شد(P<0.05).

کدهای 2، 4، 7، 10 ، 13، 22، 25 و 27 تا 31 از راهنمای عمومی اخلاق در پژوهش‌های علوم پزشکی دارای آزمودنی انسانی در جمهوری اسلامی ایران مد نظر است که شامل موارد زیر است : کد 1: هدف اصلی هر پژوهش‌باید ارتقای سلامت انسان‌ها توأم با رعایت کرامت و حقوق ایشان باشد.

کد 2: در پژوهش بر آزمودنی انسانی، سلامت و ایمنی فرد فرد آزمودنی‎ها در طول و بعد از اجرای پژوهش، بر تمامی مصالح دیگر اولویت دارد.

کد 4: مواردی از قبیل سرعت، سهولت کار، راحتی پژوهشگر، هزینه‌ی پایین‌تر و/ یا صرفاً عملی بودن آن به هیچ وجه نباید موجب قرار دادن آزمودنی در معرض خطر یا زیان افزوده یا تحمیل هر گونه محدودیت اختیار اضافی به وی شود.

کد 7: اگر در حین اجرای پژوهش مشخص شود که خطرات شرکت در این پژوهش برای آزمودنی‌ها بیش از فواید بالقوه‌ی آن است، باید آن پژوهش بلافاصله متوقف شود.

کد 10: هر پژوهشی باید بر اساس و منطبق بر یک طرح‌نامه (پروپوزال) به انجام برسد. در کارآزمایی‌های بالینی باید علاوه بر طرح نامه، دستورالعمل (پروتکل) نیز تهیه و ارائه شود. طرح‌نامه و دستورالعمل باید شامل تمامی اجزای ضروری باشد. از جمله بخش ملاحظات اخلاقی، اطلاعات مربوط به بودجه، حمایت کننده‌ها، وابستگی‌های سازمانی، موارد تعارض منافع بالقوه‌ی دیگر، مشوق‌های شرکت کنندگان، پیش بینی درمان و یا جبران خسارت افراد آسیب دیده در پژوهش .در مواردی که لازم است رضایت‌نامه‌ی آگاهانه به‌صورت کتبی اخذ شود، فرم رضایت‌نامه باید تدوین و به طرح‌نامه پیوست شده باشد. پیش از تصویب یا تأیید طرح‌نامه از سوی کمیته‌ی مستقل اخلاق در پژوهش، نباید اجرای پژوهش شروع شود

کد 13: کسب رضایت آگاهانه و آزادانه در هر پژوهشی که بر روی آزمودنی انسانی اجرا می‌شود، الزامی است. این رضایت باید به شکل کتبی باشد. در مواردی که اخذ رضایت آگاهانه‌ی کتبی غیر ممکن یا قابل صرف‌نظر باشد، باید موضوع با ذکر دلایل به کمیته‌ی اخلاق منتقل شود. در صورت تأیید کمیته‌ی اخلاق، اخذ رضایت کتبی قابل تعویق یا تبدیل به رضایت شفاهی یا ضمنی خواهد بود.

کد 22: از گروه‌های آسیب‌پذیر هیچ‌گاه نباید (به دلایلی چون سهولت دسترسی ) به عناون آزمودنی ترجیحی استفاده شود. پژوهش پزشکی با استفاده از گروه‌ها یا جوامع آسیب‌پذیر تنها در صورتی موجه است که با هدف پاسخگویی به نیازهای سلامت و اولویت‌های همان گروه یا جامعه طراحی و اجرا شود و احتمال معقولی وجود داشته باشد که همان گروه یا جامعه از نتایج آن پژوهش سود خواهد برد.

کد 25: پژوهشگر مسؤول رعایت اصل رازداری و حفظ اسرار آزمودنی‌ها و اتخاذ تدابیر مناسب برای جلوگیری از انتشار آن است. هم‌چنین، پژوهشگر موظف است که از رعایت حریم خصوصی آزمودنی‌ها در طول پژوهش اطمینان حاصل کند. هرگونه انتشار داده‌ها یا اطلاعات به‌دست آمده از بیماران باید بر اساس رضایت آگاهانه انجام گیرد.

کد 27: در پایان پژوهش، هر فردی که به‌عنوان آزمودنی به آن مطالعه وارد شده است، این حق را دارد که درباره‌ی نتایج مطالعه آگاه شود و از مداخلات یا روش‌هایی که سودمندی‌شان در آن مطالعه نشان داده شده است، بهره‌مند شود.

کد28: پژوهشگران موظفند که نتایج پژوهش‌های خود را صادقانه ، دقیق، و کامل منتشر کنند. نتایج، اعم از منفی یا مثبت، و نیز منابع تأمین بودجه، وابستگی سازمانی، و تعارض منافع – در صورت وجود – باید کاملاً آشکارسازی شوند. پژوهشگران نباید در هنگام عقد قرارداد انجام پژوهش، هیچ گونه شرطی را مبنی بر حذف یا عدم انتشار یافته‌هایی که از نظر حمایت کننده‌ی پژوهش مطلوب نیست، بپذیرند.

کد29: نحوه‌ی گزارش نتایج پژوهش باید ضامن حقوق مادی و معنوی تمامی اشخاص مرتبط با پژوهش، از جمله خود پژوهشگر یا پژوهشگران، آزمودنی‌ها و مؤسسه‌ی حمایت کننده‌ی پژوهش باشد

کد 30: گزارش‌ها و مقالات حاصل از پژوهش‌هایی که مفاد این راهنما را نقض کرده‌اند، نباید برای انتشار پذیرفته شوند.

کد 31: روش پژوهش نباید با ارزش‌های احتماعی، فرهنگی و دینی جامعه در تناقض باشد.

عدم همکاری برخی کارکنان در اجازه انجام پژوهش که در این صورت یا شخص توجیه شده و یا با همکاری سطح بالاتر در معاونت درمان این محدودیت تا حدودی بر طرف خواهد شد.

عدم دسترسی به تجهیزات پیشرفته و عدم طبقه بندی، مخدوش بودن، در دسترس نبودن اطلاعات نمونه ها، که در این یا با پیگیری اطلاعات کامل پرونده را بدست آورده و یا یک نمونه دیگر جایگزین می شود

اینتگرون، اشرشیاکلی، مقاومت آنتی بیوتیکی

1. Martinson JNV, Walk ST. Escherichia coli Residency in the Gut of Healthy Human Adults. EcoSal Plus. 2020 Sep;9(1):10.1128/ecosalplus.ESP-0003-2020. doi: 10.1128/ecosalplus.ESP-0003-2020. PMID: 32978935; PMCID: PMC7523338.

2. Abo-Alella D, Abdelmoniem W, Tantawy E, Asaad A. Biofilm-producing and carbapenems-resistant Escherichia coli nosocomial uropathogens: a cross-sectional study. Int Microbiol. 2024 Mar 15. doi: 10.1007/s10123-024-00495-w. Epub ahead of print. PMID: 38489099.

3. Nhu NTK, Phan MD, Hancock SJ, Peters KM, Alvarez-Fraga L, Forde BM, Andersen SB, Miliya T, Harris PNA, Beatson SA, Schlebusch S, Bergh H, Turner P, Brauner A, Westerlund-Wikström B, Irwin AD, Schembri MA. High-risk Escherichia coli clones that cause neonatal meningitis and association with recrudescent infection. Elife. 2024 Apr 16;12:RP91853. doi: 10.7554/eLife.91853. PMID: 38622998; PMCID: PMC11021048.

4. Hall GS. Bailey & Scott’s diagnostic microbiology, 15th edn.

5. Bonten M, Johnson JR, van den Biggelaar AH, Georgalis L, Geurtsen J, de Palacios PI, et al. Epidemiology of Escherichia coli bacteremia: a systematic literature review. Clinical Infectious Diseases. 2021;72(7):1211-9.

6. Moghaddam MJM, Mirbagheri AA, Salehi Z, Habibzade SM. Prevalence of class 1 integrons and extended spectrum beta lactamases among multi-drug resistant Escherichia coli isolates from north of Iran. Iranian biomedical journal. 2015;19(4):233.

7. Kousha A, Kavakebi N, Alikhah F. Reporting problems of National Nosocomial Infections Surveillance System (NNIS) in Tabriz hospitals.

8. Diekema DJ, Hsueh P, Mendes RE, Pfaller MARolston KV, Sader HS, Jones RN.2019.The Microbiology of Bloodstream Infection: 20-Year Trends from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program. Antimicrob Agents Chemother63:10.1128/aac.00355-19.https://doi.org/10.1128/aac.00355-19.

9. Salehi M, Robati D, SeyedAlinaghi S, Seifi A, Aliramezani A, Dehghan Manshadi SA, Afarinesh Khaki P, Zamani F. Clinical and microbiological patterns in critically ill patients with catheter-associated UTI: A report from Iran. J Infect Dev Ctries. 2023 Jan 31;17(1):129-134. doi: 10.3855/jidc.17084. PMID: 36795925.

10. Bimanand L, Pakzad I, Sayehmiri K, Yasemi M, Sayehmiri F, Peyman H, et al. Prevalence of Urinary Tract Infection and Associated Microorganisms in Iran; A meta-Analysis Study. Research Journal of Pharmaceutical Biological and Chemical Sciences. 2017;8(1):1255-62.

11. Ahani F, Pirouzi A, Mohsenzadeh M, Khaledi A. Evaluate the presence of class 1 integrons among uropathogenic Escherichia coli recovered from children urinary tract infection; a systematic review and meta-analysis. Gene Reports. 2020;20:100698.

12. Pormohammad A, Nasiri MJ, Azimi T. Prevalence of antibiotic resistance in Escherichia coli strains simultaneously isolated from humans, animals, food, and the environment: a systematic review and meta-analysis. Infection and drug resistance. 2019:1181-97.

13. Córdoba G, Holm A, Hansen F, Hammerum AM, Bjerrum L. Prevalence of antimicrobial resistant Escherichia coli from patients with suspected urinary tract infection in primary care, Denmark. BMC Infect Dis. 2017 Oct 10;17(1):670. doi: 10.1186/s12879-017-2785-y. PMID: 29017466; PMCID: PMC5635483.

14. Taha MME, Homeida HE, Dafalla OME, Abdelwahab SI. Multidrug resistance, prevalence and phylogenetic analysis of genes encoding class II and III integrons in clinically isolated Escherichia coli. Cell Mol Biol (Noisy-le-grand ). 2018 Apr 30;64 (5):122-126. PMID: 29729705.

.

15. Sabbagh P, Rajabnia M, Maali A, Ferdosi-Shahandashti E. Integron and its role in antimicrobial resistance: A literature review on some bacterial pathogens. Iranian Journal of Basic Medical Sciences. 2021;24(2):136.

16. Rahman MM, Hossain MMK, Rubaya R, Halder J, Karim ME, Bhuiya AA, et al. Association of Antibiotic Resistance Traits in Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) Isolates. Canadian Journal of Infectious Diseases and Medical Microbiology. 2022;2022.

17. Kumar G, Balakrishna K, Mukhopadhyay C, Kalwaje Eshwara V. Comparison of integron mediated antimicrobial resistance in clinical isolates of Escherichia coli from urinary and bacteremic sources. BMC Microbiol. 2024 Mar 28;24(1):102. doi: 10.1186/s12866-024-03250-3. PMID: 38539090; PMCID: PMC10976749.

18. Gillings MR, Gaze WH, Pruden A, Smalla K, Tiedje JM, Zhu Y-G. Using the class 1 integron-integrase gene as a proxy for anthropogenic pollution. The ISME journal. 2015;9(6):1269-79.

19. Pormohammad A, Pouriran R, Azimi H, Goudarzi M. Prevalence of integron classes in Gram-negative clinical isolated bacteria in Iran: a systematic review and meta-analysis. Iran J Basic Med Sci. 2019 Feb;22(2):118-127. doi: 10.22038/ijbms.2018.32052.7697. PMID: 30834075; PMCID: PMC6396983.

20. Barzegar S, Arzanlou M, Teimourpour A, Esmaelizad M, Yousefipour M, MohammadShahi J, Teimourpour R. Prevalence of the integrons and ESBL genes in multidrug-resistant strains of Escherichia coli isolated from urinary tract infections, Ardabil, Iran. Iranian Journal of Medical Microbiology. 2022;16(1):56-65.

21. Petty NK, Ben Zakour NL, Stanton-Cook M, Skippington E, Totsika M, Forde BM, et al. Global dissemination of a multidrug resistant Escherichia coli clone. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2014;111(15):5694-9.

22. Fonseca ÉL, Vicente AC. Integron functionality and genome innovation: an update on the subtle and smart strategy of integrase and gene cassette expression regulation. Microorganisms. 2022 Jan 20;10(2):224.

23. Haji Ahmadi, Safari, Alijani, Rabiei, Masoomian, Neda, Arabi. Investigating the prevalence of class I and II integrons in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates isolated from Hamedan hospitals. Ibn Sina Journal of Clinical Medicine. 2016 Dec 15;23(3):193-201

24. Mohebi, Hosseini Noh, Nowrozi, Amin, Kahraman, Mohammadreza Kendekar, Taati Moghadam. Investigating the presence of broad-spectrum beta-lactamase enzymes on class I integron in Escherichia coli isolated from clinical samples of Kerman hospitals. Journal of Mazandaran University of Medical Sciences (JMUMS). 2016 Jun 15;26(138).‎

25. Ranjbaran M, Zolfaghari M, Japoni-Nejad A, Amouzandeh-Nobaveh A, Abtahi H, Nejad M, Ghaznavi Rad E. Molecular investigation of integrons in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolated from urinary tract infections. Journal of Mazandaran University of Medical Sciences. 2013;23(105):20-7.

26. Khoramrooz SS, Sharifi A, Yazdanpanah M, Hosseini SAAM, Emaneini M, Gharibpour F, et al. High frequency of class 1 integrons in Escherichia coli isolated from patients with urinary tract infections in Yasuj, Iran. Iranian Red Crescent Medical Journal. 2016;18(1).

27. Shariat A, Fathpoor F. Prevalence of Class I, II and III Integrons in Uropathogenic Escherichia Coli Strains Isolated from Patients with Urinary Tract Infection in Shiraz, Iran. Jundishapur Scientific Medical Journal. 2022;21(4):500-13.

28. Huang J, Lan F, Lu Y, Li B. Characterization of integrons and antimicrobial resistance in Escherichia coli sequence type 131 isolates. Canadian Journal of Infectious Diseases and Medical Microbiology. 2020;2020.

29. AL-Nuaeyme HA, Ali MR. Typing and Integron Distribution among Multi-Drug Resistance Escherichia coli. Journal for Research in Applied Sciences and Biotechnology. 2024 Mar 7;3(1):232-7.

30. Li W, Ma J, Sun X, Liu M, Wang H. Antimicrobial Resistance and Molecular Characterization of Gene Cassettes from Class 1 Integrons in Escherichia coli Strains. Microb Drug Resist. 2022;28(4):413-8.

31. Öner SZ, Karaday E, Çalışkan A, Demir M, Şenol H, Kaleli İ. Integron distribution and relationship to antimicrobial resistance in E. coli isolated from blood culture. Indian J Med Microbiol. 2024 Mar 5;48:100554. doi: 10.1016/j.ijmmb.2024.100554. Epub ahead of print. PMID: 38408609.

32. Farzi S, Ranjbar R, Niakan M, Ahmadi MH. Molecular Characterization of Antibiotic Resistance Associated with TEM and CTX-MESBL in Uropathogenic E. coli Strains Isolated from Outpatients. Iran J Pathol. 2021 Fall;16(4):386-391. doi: 10.30699/IJP.20201.521669.2556. Epub 2021 Jul 6. PMID: 34567187; PMCID: PMC8463749.

33. Ranjani S, Hemalatha S. Nanoformulation target virulence genes to break antibiotic resistance in MDR E. coli. Applied Nanoscience. 2023 Aug;13(8):5615-26.

34. Shibata N, Doi Y, Yamane K, Yagi T, Kurokawa H, Shibayama K, Kato H, Kai K, Arakawa Y. PCR typing of genetic determinants for metallo-beta-lactamases and integrases carried by gram-negative bacteria isolated in Japan, with focus on the class 3 integron. J Clin Microbiol. 2003 Dec;41(12):5407-13. doi: 10.1128/JCM.41.12.5407-5413.2003. PMID: 14662918; PMCID: PMC309014.

35. Kornfält Isberg H, Gröndal H, Tyrstrup M. Men with lower UTI in primary healthcare. General practitioners' experiences of diagnosis and treatment in relation to clinical guidelines. A qualitative interview-based study. BJGP Open. 2024 Apr 15:BJGPO.2023.0254. doi: 10.3399/BJGPO.2023.0254. Epub ahead of print. PMID: 38621790.

36. Mahon CR, Lehman DC, Manuselis G. Textbook of diagnostic microbiology-e-book: Elsevier Health Sciences; 2014.

از آنجا که الگوی مقاومت دارویی متأثر از اپیدمیولوژی هر منطقه است و باتوجه به نبود پژوهشی با هدف بررسی الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی ناشی از اینتگرون در شهر زاهدان ، انجام این مطالعه ضرورت دارد. از این رو، این پژوهش با هدف تعیین فراوانی مقاومت آنتی بیوتیکی عفونت های دستگاه ادراری ناشی از باکتری اشرشیاکلی دارای اینتگرون های 1 ، 2 و3 در سویه های جداشده از بیمارستان امام علی (ع) زاهدان انجام خواهد شد تا با بهره گیری از این نتایج به درمان صحیح بیماران و کاهش هزینه های درمانی آنان کمک شود.

ندارد

با بهره گیری از این نتایج به درمان صحیح بیماران و کاهش هزینه های درمانی آنان کمک شود.

داده ها با استفاده از اطلاعات ثانویه و پرونده های بایگانی بیماران جمع اوری خواهد شد 

جبران عوارض احتمالی بر عهده مجری و تیم پژوهش می باشد 

هزینه های مربوط به انجام طرح تحقیقاتی بر عهده تیم پژوهش می باشد  .

ضمنا داده از طریق پرونده بیمار   موجود در بایگانی  استخراج خواهد شد

ندارد

داده از طریق پرونده بیمار   موجود در بایگانی  استخراج خواهد شد و تمام اطلاعات بی نام جمع اوری خواهد شد 

داده از طریق پرونده بیمار   موجود در بایگانی  استخراج خواهد شد و تمام اطلاعات بی نام جمع اوری خواهد شد 

داده  ها از طریق اطلاعات بی نام و  ثانویه استخراج می شود 

داده  ها از طریق اطلاعات بی نام و  ثانویه استخراج می شود